Introduction à la bioinformatique

Auteur(s) :

Gibas, Cynthia Découvrir l'auteur

Résumé

Panorama des différents outils et techniques informatiques actuellement disponibles afin d'analyser l'information biologique et produire de nouvelles connaissances. Conseils pour utiliser au mieux les logiciels existants et les adapter aux besoins spécifiques du chercheur.

Éditeur(s)
- O'Reilly
Date
- 2002
Notes
- Bibliogr. Index
Langues
- Français
- , traduit de : Anglais
Description matérielle
- XV-375 p. : ill. ; 24 x 18 cm
Sujet(s)
- Biologie -- Informatique
- Intelligence artificielle
ISBN
- 2-84177-144-X
Indice
- 681.7 Intelligence artificielle. Systèmes experts
Quatrième de couverture
- La bioinformatique est une discipline récente qui propose et développe des modèles, des méthodes et des outils afin d'analyser l'information biologique disponible et produire de nouvelles connaissances. C'est à ce titre une science interdisciplinaire en développement rapide, qui fait appel à des connaissances pointues en mathématique, en informatique et en biologie.
  Introduction à la bioinformatique est un ouvrage d'initiation. Il offre un panorama des différents outils et techniques actuellement disponibles. Il livre également des conseils pour utiliser au mieux les les logiciels existants et les adapter aux besoins spécifiques du chercheur. Les différents thèmes abordés dans ce livre sont :
- la station de travail bioinformatique, notamment sous Linux ;
- les techniques de recherche d'informations biologiques sur le Web ;
- l'analyse et la comparaison de séquences ;
- les alignements multiples de séquences ;
- la visualisation de structures protéiques et le calcul de propriétés structurales ;
- la prédiction de la structure et de la fonction d'une protéine à partir de sa séquence ;
- les outils pour la génomique et la protéomique ;
- l'automatisation de l'analyse de données avec Perl ;
- le développement de bases de données biologiques ;
- la visualisation et la fouille de données (data mining).

Tables des matières

- Introduction à la bioinformatique
- Cynthia Gibas/Per Jambeck
- Editions O'Reilly
- Préfaceix
- A qui s'adresse ce livre ?x
- Structure de ce livrexi
- Notre approche de la bioinformatiquexiii
- Conventions typographiquesxiii
- Pour nous contacterxiii
- Pour être tenu au courant de nos publicationsxiii
- Remerciementsxiv
- Edition françaisexv
- I Introduction1
- 1. La biologie à l'ère de l'informatique1
- Comment l'informatique transforme-t-elle la biologie ?4
- Le but de la bioinformatique serait-il seulement de créer des bases de données ?8
- Que représente l'informatique pour les biologistes ?12
- Quels défis la biologie offre-t-elle aux informaticiens ?12
- Comment configurer son PC pour faire de la recherche en bioinformatique ?14
- Quels sont les informations et les logiciels disponibles ?15
- Est-il possible d'apprendre un langage de programmation sans enseignement ?16
- Quels sont les informations et les logiciels disponibles ?17
- Comment ranger, visualiser et interpréter ses données ?17
- Comment écrire un programme pour aligner deux séquences biologiques ?18
- A quelles questions la bioinformatique permet-elle de répondre ?18
- 2. Approches informatiques de quelques questions biologiques21
- Mécanismes fondamentaux en génétique moléculaire21
- Quelles modélisations en biologie ?25
- Une expérience en bioinformatique34
- II. Station de travail bioinformatique39
- 3. Installation d'une station de travail41
- Travailler sur un système Unix41
- Installer une station de travail sous Linux44
- Comment faire fonctionner les logiciels ?52
- 4. Fichiers et répertoires sous Unix59
- Les notions de base d'un système de fichiers59
- Commandes opérant sur les répertoires et les fichiers64
- Travailler dans un environnement multi-utilisateurs71
- 5. Travailler sur un système Unix83
- Les shells Unix83
- Emettre une commande sous Unix84
- L'affichage et l'édition des fichiers89
- Transformations et filtres95
- Les statistiques sur les fichiers et les comparaisons101
- Le langage des expressions régulières103
- Les scripts shell Unix106
- Communiquer avec d'autres ordinateurs107
- Bien s'entendre avec les autres dans un environnement partagé112
- Tableaux récapitulatifs124
- III. Outils pour la bioinformatique129
- 6. Recherche d'informations biologiques sur le Web131
- Retrouver des articles scientifiques132
- Les bases publiques de données biologiques137
- Recherche d'informations dans les banques de données biologiques142
- Soumission de données dans les banques publiques148
- Recherche de logiciels149
- Juger de la qualité de l'information149
- 7. Analyse et comparaison de séquences151
- Prédiction de gènes152
- Traduction et traduction inverse153
- Comparaison de séquences deux à deux154
- Comparaison d'une séquence contre toutes les séquences d'une banque de données biologiques163
- Outils multifonctions pour l'analyse de séquence168
- 8. Alignements multiples de séquences, arbres et profils171
- Alignement multiple de séquences171
- Analyse phylogénétique175
- Profils et motifs181
- 9. Visualisation de structures protéiques et calcul de propriétés structurales189
- Les formats des données de structures protéiques190
- La structure chimique des protéines190
- Outils web pour l'analyse de la structure des protéines202
- Visualisation des structures204
- Classification des structures210
- Alignement structural215
- CE et CL217
- VAST (Vector Alignment Search Tool)218
- Analyse Structurale218
- Accessibilité au solvant et interactions221
- Calcul des propriétés physicochimiques224
- Optimisation d'une structure226
- Bases de données de protéines230
- Presage231
- En résumé231
- 10. Prédiction de la structure et de la fonction d'une protéine à partir de sa séquence235
- Détection de caractéristiques fonctionnelles dans les séquences protéiques235
- Détermination expérimentale de structures protéiques236
- Prédiction de structures protéiques240
- Prédiction de structure secondaire242
- Prédiction de la structure 3D248
- En résumé : un projet de modélisation de protéine252
- Conclusion256
- 11. Outils pour la génomique et la prétéomique259
- Du séquençage des gènes au séquençage des génomes260
- Accéder aux informations génomiques sur le Web266
- L'annotation et l'analyse de séquences de génomes complets269
- Génomique fonctionnelle : les nouveaux défis de l'analyse de données272
- Protéomique277
- Les bases de données de voies métaboliques281
- Modélisation de la cinétique et de la physiologie284
- Résumé286
- IV. Bases de données et visualisation289
- 12. Automatisation de l'analyse des données avec Perl291
- Pourquoi Perl ?291
- Les bases de Perl292
- Recherche de motif et expressions régulières298
- Traiter une sortie de BLAST en utilisant Perl299
- Utiliser Perl en bioinformatique304
- LWP306
- 13. Construire des bases de données biologiques309
- Différents types de bases de données309
- Logiciels pour les SGBD315
- Introduction à SQL317
- Installer le système de gestion de base de données MySQL322
- Conception de la base de données326
- Développer un programme web pour interagir avec des bases de données330
- 14. Visualisation et fouille de données337
- Préparer les données337
- Affichage de documents graphiques338
- Visualisation de séquences339
- Visualisation des réseaux et voies métaboliques342
- Travailler avec des données numériques343
- Visualisation : récapitulation349
- Fouille de données et information biologique350
- Bibliographie355
- Unix355
- Administration Système355
- Perl356
- Références générales356
- Bioinformatique356
- Biologie moléculaire - Biologie357
- Structure des protéines et Biophysique357
- Génomique357
- Biotechnologie357
- Bases de données358
- Visualisation358
- Fouille de données358
- Index361