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Livre

Appareils et méthodes en biochimie et biologie moléculaire

Auteur(s) : Hainque, Bruno

Résumé

Décrit les appareils, leur mode d'utilisation, les précautions à prendre, les limites et les pièges des diverses méthodes. Les renseignements pratiques, les schémas et les tableaux qu'il contient en font aussi bien une initiation qu'un accompagnement performant pour la pratique quotidienne. Pour les étudiants en médecine, en science, en pharmacie, chercheurs et professionnels des laboratoires.


  • Autre(s) auteur(s)
  • Éditeur(s)
  • Date
    • 2008
  • Langues
    • Français
  • Description matérielle
    • 450 p. ; 25 x 17 cm
  • Collections
  • Sujet(s)
  • ISBN
    • 978-2-257-16545-9
  • Indice
  • Quatrième de couverture
    • Appareils et méthodes en biochimie et biologie moléculaire

      L'ouvrage expose de façon complète et pratique la plupart des méthodes de laboratoire utilisées en biochimie et biologie moléculaire. Il suit une progression logique en commençant par les unités, la préparation des réactifs et des échantillons biologiques incluant les méthodes d'extraction et de fractionnement ainsi que les bonnes pratiques de laboratoire. Viennent ensuite les méthodes d'identification et de dosage avec les méthodes spectroscopiques et spectrométriques, la spectrométrie de masse, les méthodes électrochimiques et potentiométriques, isotopiques, enzymatiques, immunologiques, chromatographiques et électrophorétiques. Suivent les méthodes d'étude des macromolécules incluant leur purification. Les méthodes d'étude en biologie moléculaire ainsi que celles de caractérisation et de manipulation des acides nucléiques sont ensuite présentées avec leurs principes et les outils élémentaires d'étude des acides nucléiques, le clonage de l'ADN et les puces à ADN utilisées dans le cadre des méthodes d'étude du génome et du transcriptome. Enfin sont exposées les méthodes d'étude des interactions moléculaires et en particulier les interactions ligands-récepteurs et acides nucléiques-protéines.

      Dans tous les chapitres, sont décrits les outils, les appareils, les méthodes et leurs résultats, faisant de ce livre un outil indispensable.


  • Tables des matières
      • Appareils et méthodes en biochimie et biologie moléculaire

      • Bernard Hainque

      • Bruno Baudin

      • Philippe Lefebvre

      • Flammarion

      • Avant-propos, par B. Baudin, B. Hainque et Ph. LefebvreXVII
      • Méthodes générales
      • Chapitre 1. Unités, instrumentation et métrologie, par B. Baudin, P. Kamoun et N. Mario3
      • Unités3
      • Unités de base3
      • Unités dérivées3
      • Unités d'électricité usuelles5
      • Utilisation des gaz5
      • Commercialisation des gaz5
      • Utilisation des gaz5
      • Production de vide8
      • Trompes à vide8
      • Pompes à vide8
      • Production de chaleur8
      • Combustion d'un gaz8
      • Chauffage d'une résistance électrique9
      • Autres modes de chauffage11
      • Production de froid et lyophilisation11
      • Réfrigérateurs et congélateurs11
      • Neige carbonique et azote liquide11
      • Lyophilisation11
      • Volumétrie et matériel courant de laboratoire12
      • Matériel de volumétrie12
      • Matériel courant au laboratoire14
      • Balances15
      • Caractéristiques des balances et différents types15
      • Dosages gravimétriques16
      • Chapitre 2. Préparation des réactifs, par B. Baudin, P. Kamoun et N. Mario17
      • Purification de l'eau17
      • Eau de ville17
      • Les différents types d'eau purifiée17
      • Conservation et utilisation des eaux purifiées18
      • Mesure du pH et solutions tampons18
      • Mesure du pH18
      • Étalonnage et solutions d'étalonnage20
      • Solutions tampons21
      • Produits et réactifs chimiques24
      • Produits chimiques24
      • Préparation des solutions24
      • Osmolalité d'une solution tampon26
      • Bioréactifs27
      • Principes de marquage et méthodes quantitatives27
      • Méthodes qualitatives et amplification du signal28
      • Chapitre 3 Préparation des échantillons biologiques, par B. Baudin et N. Mario30
      • Sang30
      • Modes de prélèvement30
      • Conditions de prélèvement30
      • Utilisation du prélèvement30
      • Anticoagulants31
      • Conservation31
      • Interférences31
      • Urines32
      • Autres liquides biologiques32
      • Tissus32
      • Chapitre 4. Méthodes d'extraction et de fractionnement, par B. Baudin, D. Bonnefont-Rousselot, P. Kamoun et D. Sternberg34
      • Précipitations et extractions sélectives34
      • Précipitation des protéines34
      • Extraction des protéines membranaires35
      • Extraction des acides nucléiques35
      • Dialyse40
      • Membranes de dialyse40
      • Facteurs influençant la dialyse40
      • Méthodes de dialyse41
      • Applications de la dialyse42
      • Filtration42
      • Principes42
      • Procédés de filtration42
      • Différents types de filtres43
      • Ultrafiltration44
      • Centrifugation et ultracentrifugation45
      • Définitions45
      • Principes de la centrifugation45
      • Appareillages46
      • Ultracentrifugation préparative47
      • Applications de la centrifugation en biochimie et biologie moléculaire49
      • Chapitre 5. Bonnes pratiques de laboratoire, par N. Mario50
      • Notions générales50
      • Définition de la qualité50
      • Réglementation50
      • Procédures51
      • Phase pré-analytique51
      • Prélèvement des échantillons51
      • Conservation et transport des échantillons51
      • Réception et enregistrement des échantillons52
      • Phase analytique52
      • Instrumentation et réactifs52
      • Validation d'une méthode d'analyse quantitative (dosage)52
      • Contrôle de qualité55
      • Phase post-analytique56
      • Méthodes d'identification et de dosage des biomolécules
      • Chapitre 6. Méthodes spectroscopiques, par D. Fompeydie et Ph. Lefebvre59
      • Propriétés de la lumière, par Ph. Lefebvre59
      • Nature de la lumière59
      • Différents domaines des ondes électromagnétiques60
      • Diffraction de la lumière60
      • Réflexion et réfraction de la lumière61
      • Diffusion de la lumière62
      • Spectrophotométrie d'absorption moléculaire, par Ph. Lefebvre62
      • Émission de rayonnements62
      • Absorption de la lumière63
      • Appareillage64
      • Spectrophotométrie dérivée, par D. Fompeydie78
      • Principe de la méthode78
      • Aspect des courbes78
      • Conséquences78
      • Appareillage79
      • Intérêt de la dérivation79
      • Applications80
      • Photométrie des milieux troubles : turbidimétrie et néphélométrie, par D. Fompeydie et Ph. Lefebvre81
      • Principe81
      • Appareillage81
      • Applications81
      • Chapitre 7. Spectroscopie moléculaire par luminescence, par N. Auzeil et A. Regazzetti83
      • Généralités. Principes de la fluorescence83
      • Excitation de la molécule par absorption d'un photon84
      • Devenir d'une molécule excitée84
      • Signal de fluorescence85
      • Grandeurs caractéristiques du processus de fluorescence86
      • Disparition de la fluorescence90
      • Phénomènes liés à la fluorescence93
      • Anisotropie et polarisation de fluorescence93
      • Fluorescence par transfert d'énergie par résonance (FRET)95
      • Spectrofluorimétrie96
      • Spectrofluorimètres97
      • Recommandations pour les analyses effectuées par spectrofluorimétrie98
      • Molécules fluorescentes99
      • Généralités99
      • Fluorophores intrinsèques99
      • Fluorophores extrinsèques100
      • Quelques applications de la fluorescence109
      • Applications biochimiques de la polarisation de fluorescence109
      • Détection et dosage par CLHP couplée à une détection par fluorescence111
      • Chimiluminescence et bioluminescence111
      • Chimiluminescence111
      • Bioluminescence114
      • Applications115
      • Chapitre 8. Spectrométries d'absorption et d'émission atomiques, par J. Poupon120
      • Principe général120
      • Aspects théoriques et appareillage120
      • Atome et théorie quantique120
      • Spectrométrie d'absorption atomique en flamme (SAAF)122
      • Spectrométrie d'absorption atomique électrothermique (SAAET)123
      • Spectrométrie d'émission atomique en flamme (photométrie de flamme)127
      • Spectrométrie d'émission atomique en plasma couplé induit haute fréquence (ICP-OES)127
      • Couplages et spéciation129
      • Chapitre 9. Spectrométrie de masse130
      • Introduction générale et définitions, par M.-C. Menet130
      • Spectromètre de masse130
      • Spectre de masse131
      • Masse131
      • Exactitude de masse132
      • Résolution132
      • Sensibilité132
      • Limite de masse132
      • Ions132
      • Analyse des molécules organiques : biomolécules simples et macromolécules, par M.-C. Menet132
      • Principes et appareillages132
      • Couplage des méthodes séparatives avec la spectrométrie de masse144
      • Applications144
      • Analyse des molécules inorganiques et des éléments minéraux par spectrométrie de masse en plasma induit, par J. Poupon153
      • Principes et appareillages153
      • Interférences en ICP-MS et systèmes de correction des interférences154
      • Applications156
      • Chapitre 10. Méthodes électrochimiques et potentiométriques, par A. Dugay158
      • Méthodes électrochimiques158
      • Voltamétrie ou voltampérométrie158
      • Potentiométrie, ampérométrie et coulométrie161
      • Applications des méthodes électrochimiques163
      • Méthodes potentiométriques166
      • Électrodes indicatrices métalliques166
      • Électrodes indicatrices à membrane sélective ou électrodes spécifiques168
      • Méthodes de calcul de la concentration176
      • Applications de la potentiométrie en biochimie clinique177
      • Chapitre 11. Méthodes isotopiques, par P. Kamoun et J.-M. Villette180
      • Structure de l'atome180
      • Radioactivité180
      • Émission alpha (alpha)180
      • Émission bêta (bêta)180
      • Émission gamma (gamma)181
      • Lois de la radioactivité181
      • Détection et mesure de la radioactivité182
      • Chapitre 12. Méthodes enzymatiques, par B. Baudin187
      • Définition des enzymes et spécificité187
      • Spécificité187
      • Site actif187
      • Mécanismes de la catalyse187
      • Aspects cinétiques188
      • Relation de Michaelis-Menten et inhibiteurs enzymatiques189
      • Enzymes allostériques191
      • Classification des enzymes et principales coenzymes192
      • Détermination des activités enzymatiques194
      • Dosage de substrats par des méthodes enzymatiques196
      • Enzymes-réactifs de laboratoire198
      • Marquage des enzymes pour immunodosage198
      • Biocapteurs enzymatiques199
      • Autres emplois des enzymes199
      • Purification des enzymes199
      • Chapitre 13. Méthodes immunologiques, par J.-M. Bidart et L. Lacroix201
      • Principes généraux201
      • Anticorps et antigène201
      • Réaction antigène-anticorps202
      • Production des anticorps202
      • Production et caractéristiques des anticorps polyclonaux202
      • Production et caractéristiques des anticorps monoclonaux203
      • Ingénierie des anticorps204
      • Principales méthodes immunologiques205
      • Méthodes fondées sur la précipitation ou l'agglutination205
      • Méthodes fondées sur l'utilisation de réactifs marqués206
      • Vers des méthodes immunologiques sans anticorps212
      • Méthodes multiplex212
      • De la sensibilité des immunodosages213
      • De la modification des anticorps à leur substitution par des aptamères214
      • Chapitre 14. Méthodes chromatographiques : généralités, par Ph. Lefebvre216
      • Différents types de chromatographies216
      • Chromatographie planaire216
      • Chromatographie en phase gazeuse216
      • Chromatographie en phase liquide216
      • Principaux mécanismes de séparation chromatographique216
      • Chromatographie d'adsorption216
      • Chromatographie de partage217
      • Chromatographie d'échange d'ions217
      • Chromatographie d'exclusion stérique217
      • Chromatographie d'affinité217
      • Principales données théoriques217
      • Coefficient de partage217
      • Grandeurs de rétention218
      • Efficacité de la colonne218
      • Qualité de la séparation219
      • Chapitre 15. Chromatographie planaire, par Ph. Lefebvre221
      • Chromatographie sur papier221
      • Chromatographie sur couches minces221
      • Principe221
      • Mécanismes de séparation221
      • Conduite d'une CCM222
      • Grandeurs caractéristiques224
      • Chapitre 16. Chromatographie en phase gazeuse, par J.-P. Gramond et Ph. Lefebvre226
      • Principes de la séparation226
      • Interactions moléculaires dispersives226
      • Interactions moléculaires polaires226
      • Appareillage226
      • Gaz vecteur226
      • Colonne227
      • Modes d'injection229
      • Détection235
      • Préparation de l'échantillon237
      • Extraction237
      • Dérivation237
      • Optimisation de l'analyse237
      • Choix du gaz vecteur237
      • Température d'analyse238
      • Anomalies rencontrées lors de l'acquisition d'un chromatogramme238
      • Quantification : méthode de l'étalonnage interne238
      • Chapitre 17. Chromatographie liquide à haute performance240
      • Interactions moléculaires, par M.-C. Menet240
      • Moment dipolaire241
      • Interactions241
      • Évaluation de la polarité d'une molécule organique241
      • Évaluation de l'hydrophobie d'une molécule organique242
      • Couples phase stationnaire/phase mobile. Mécanismes de rétention, par M.-C. Menet242
      • Chromatographie d'adsorption242
      • Chromatographie de partage243
      • Chromatographie d'échange d'ions245
      • Chromatographie d'exclusion stérique247
      • Séparation des molécules chirales249
      • Optimisation en chromatographie en phase liquide, par M.-C. Menet251
      • Augmentation de la résolution par modification du facteur de rétention k(...)251
      • Augmentation de la résolution par augmentation de la sélectivité alpha252
      • Augmentation de la résolution par augmentation de l'efficacité N252
      • Appareillage en chromatographie liquide, par P. Lefebvre et M.-C. Menet254
      • Pompes254
      • Systèmes d'injection257
      • Colonnes257
      • Détecteurs258
      • Chapitre 18. Dérivation en chromatographie, par Ph. Lefebvre262
      • Dérivation en chromatographie en phase gazeuse262
      • Réactions de silylation262
      • Réactions d'acylation264
      • Réactions d'alkylation266
      • Dérivation en chromatographie liquide à haute performance266
      • Dérivation pour l'extraction266
      • Dérivation pour la séparation267
      • Dérivation pour la détection270
      • Dérivation pré- ou post-colonne271
      • Chapitre 19. Méthodes électrophorétiques, par B. Baudin274
      • Principes généraux de l'électrophorèse274
      • Mobilité électrophorétique et facteurs influants274
      • Courants électro-osmotiques et effet Joule275
      • Électrophorèse de zone275
      • Définition et ionisation des macromolécules biologiques275
      • Caractéristiques276
      • Supports276
      • Méthodologies en électrophorèse de zone277
      • Méthodes de révélation282
      • Électrophorèse préparative284
      • Électrophorèse préparative sur gel284
      • Électrophorèse préparative sur colonne284
      • Électrophorèse à écoulement libre ou free flow electrophoresis285
      • Électrophorèse en veine liquide et électrophorèse capillaire285
      • Principes et avantages de l'électrophorèse capillaire285
      • Principales méthodes utilisées en électrophorèse capillaire286
      • Appareils288
      • Méthodes d'étude des macromolécules
      • Chapitre 20. Purification des macromolécules par chromatographie liquide, par B. Baudin291
      • Matériels291
      • Colonnes291
      • Pompes292
      • Détecteurs292
      • Collecte des fractions et traitement du signal292
      • Aspects quantitatifs293
      • Chromatographie d'exclusion stérique293
      • Principe293
      • Colonnes d'exclusion stérique et tampons de travail293
      • Applications préparatives aux macromolécules294
      • Chromatographie d'échange d'ions296
      • Principe général296
      • Application aux protéines296
      • Application aux acides nucléiques et autres molécules biologiques297
      • Colonnes et tampons de travail297
      • Chromatographies d'adsorption et de partage298
      • Chromatographie sur hydroxyapatite298
      • Chromatographie sur colorants chimiques298
      • Chromatographie sur chélates métalliques ou immobilized metal affinity chromatography298
      • Chromatographie d'interactions hydrophobes299
      • Chromatographie en phases inversées300
      • Chromatographie d'affinité300
      • Affinité chimique300
      • Affinité biologique301
      • Chapitre 21. Méthodes d'étude structurale des macromolécules, par B. Baudin, F. Dardel et D. Sternberg303
      • Purification et dosage des protéines, par B. Baudin303
      • Purification des protéines303
      • Dosage des protéines304
      • Quantification de l'ADN et l'ARN, par D. Sternberg306
      • Purification des acides nucléiques306
      • Dosage de l'ADN et de l'ARN306
      • Étude de la structure primaire, par B. Baudin, avec D. Sternberg308
      • Composition chimique des protéines et peptides308
      • Détermination de la séquence309
      • Détermination de la masse, de la taille et de la forme, par B. Baudin314
      • Notions de masse moléculaire, de forme et de taille314
      • Méthodes d'étude directes et méthodes biochimiques314
      • Analyses de sédimentation par ultracentrifugation315
      • Méthodes utilisant la diffusion de la lumière317
      • Méthodes d'analyse des structures secondaire et tertiaire317
      • Rappel sur les différents niveaux structuraux des macromolécules, par B. Baudin317
      • Dichroïsme circulaire appliqué à l'étude des protéines, par B. Baudin318
      • Études par radiocristallographie et RMN-2D, par F. Dardel319
      • Méthodes d'étude en biologie moléculaire
      • Chapitre 22. Principes, méthodes et outils en biologie moléculaire, par D. Sternberg329
      • L'hybridation, propriété fondamentale des acides nucléiques330
      • Forces à l'origine de l'appariement en double hélice330
      • Facteurs de transition entre état apparié et état non apparié330
      • Notion de température de fusion (Tm) et de courbe de fusion330
      • Méthodes de caractérisation du génome ou du transcriptome fondées sur la reconnaissance par hybridation332
      • Outils enzymatiques de modification et de synthèse des acides nucléiques334
      • Introduction et revue générale334
      • Endonucléases de restriction de l'ADN double brin335
      • Propriétés des ADN polymérases utilisant des matrices ADN et ARN335
      • Méthodes d'étude de l'ARN utilisant la synthèse d'ADN à partir d'ARN (transcription inverse)336
      • Introduction générale336
      • Types d'amorçage pour la RT (synthèse des brins antisens)337
      • Transcriptases inverses utilisables pour la RT338
      • Méthodes utilisées pour la synthèse du second brin (si nécessaire)338
      • Problème de la représentativité qualitative et quantitative du produit final de RT éventuellement amplifié339
      • Méthodes de polymérisation en chaîne de l'ADN (PCR)339
      • Présentation générale de la réaction339
      • Historique de la PCR340
      • Cinétiques théorique et réelle de la synthèse d'ADN au cours de la PCR341
      • Variétés des réactifs et des conditions réactionnelles en PCR341
      • Échantillons d'ADN ou d'ARN introduits dans le mélange réactionnel de la PCR343
      • Utilisation de standards dans une PCR344
      • Les conditions thermiques de la réaction de PCR et leur contrôle344
      • Optimisation d'une PCR345
      • Quantification du nombre de copies d'une séquence d'acide nucléique par (RT-)PCR en temps réel345
      • Dispositifs moléculaires d'émission de fluorescence utilisés346
      • Normalisation par rapport à un fluorochrome passif348
      • Modes d'expression des mesures348
      • Gamme dynamique et efficacité348
      • (RT-)PCR quantitative avec standard endogène et méthode des deltadeltaCt349
      • Méthodes de détection de mutations ponctuelles de l'ADN350
      • Méthode fondée sur la détection des polymorphismes de restriction (RFLP)350
      • Étude des polymorphismes conformationnels des simples brins par SSCP351
      • Méthodes fondées sur la détection des hétéroduplex ou des mésappariements353
      • Électrophorèse sur gel en gradient de dénaturation (DGGE)353
      • Chromatographie liquide à haute performance en conditions de dénaturation (DHPLC)358
      • Chapitre 23. Aperçus sur le clonage de l'ADN, par D. Sternberg362
      • Les quatre étapes du clonage362
      • Génération des fragments d'ADN : étape 1362
      • Choix et préparation du vecteur, et jonction de l'ADN d'intérêt à l'ADN vecteur : étape 2362
      • Introduction de l'ADN vecteur greffé dans les cellules hôtes : étape 3362
      • Criblage des cellules hôtes ayant incorporé le vecteur greffé : étape 4364
      • Quelques vecteurs de clonage365
      • Contraintes concernant l'ADN insérable365
      • Plasmides bactériens sauvages366
      • Phages367
      • Systèmes hybrides369
      • Conclusion371
      • Chapitre 24. Puces à ADN. Méthodes d'étude du génome et du transcriptome, par J.-M. Bidart et L. Lacroix372
      • Principe général373
      • Les différents types de puces à ADN375
      • Densité375
      • Support375
      • Système de détection376
      • Type de séquences utilisées comme sondes377
      • Fabrication des puces à ADN378
      • Préparation des échantillons, amplification, marquage et hybridation des cibles378
      • Préparation des échantillons d'acides nucléiques378
      • Amplification et marquage des cibles378
      • Hybridation et lavage378
      • Analyse bio-informatique et biostatistique379
      • Acquisition des images379
      • Normalisation, filtrage et représentation des données379
      • Analyse biostatistique des données d'expression génique380
      • Conclusion382
      • Exemple d'application383
      • Méthodes d'étude des interactions moléculaires
      • Chapitre 25. Interactions ligands-récepteurs, par B. Baudin et B. Hainque387
      • Classification des interactions moléculaires387
      • Principes de caractérisation des liaisons ligand-site récepteur387
      • Méthodes expérimentales389
      • Méthodes ne modifiant pas l'équilibre389
      • Méthodes susceptibles de modifier l'équilibre389
      • Analyse des interactions en temps réel389
      • Mise en évidence de résidus fonctionnels et de zones d'interactions390
      • Méthodes physiques390
      • Méthodes chimiques392
      • Méthodes biologiques394
      • Étude des complexes protéiques395
      • Méthodes d'étude des interactions protéine-protéine in vivo395
      • Méthodes d'étude des interactions protéine-protéine in vitro406
      • Chapitre 26. Interactions acides nucléiques-protéines, par B. Hainque408
      • Diversité des objectifs et des approches méthodologiques408
      • Place des méthodes de purification dans l'étude des interactions acides nucléiques-protéines409
      • Place des méthodes de clonage dans l'étude des interactions acides nucléiques-protéines410
      • Détermination des caractéristiques des interactions acides nucléiques-protéines411
      • Méthodes d'étude des interactions ADN-protéines412
      • Filtration sur membrane de nitrocellulose412
      • Retardement sur gel412
      • Balises moléculaires et FRET ou BRET414
      • Empreinte in vitro (protection de l'ADN vis-à-vis de réactifs de clivage, enzymatiques ou chimiques)415
      • Interférence par modification de nucléotides419
      • Formation de liaisons covalentes ADN-protéines par irradiation UV420
      • Empreinte in vivo par méthylation des purines421
      • Identification des protéines de liaison à l'ADN par le système simple hybride422
      • Identification des motifs nucléotidiques par sélection itérative et amplification par PCR des sites de liaison à partir d'un pool d'oligonucléotides de séquence variable424
      • Exploration de la localisation génomique des protéines associées in vivo à la chromatine par immunoprécipitation425
      • Méthodes d'étude des interactions ARN-protéines427
      • Retardement sur gel427
      • Empreinte in vitro (protection de l'ARN vis-à-vis de réactifs de clivage chimiques)427
      • Formation de liaisons covalentes ARN-protéines par irradiation UV428
      • Reconstitution in vitro et purification des complexes ARN-protéines429
      • Identification des protéines de liaison aux ARN par le système triple hybride429
      • Sélection in vitro des ARN fonctionnels431
      • L'essor de nouvelles méthodes431
      • Liste des abréviations433
      • Index437

  • Origine de la notice:
    • Electre
  • Disponible - 577.4 HAI

    Niveau 2 - Sciences