Résumé
Présentation synthétique de la science génomique (étude structurale et et informationnelle des génomes) et post-génomique (analyse fonctionnelle des gènes), ainsi que des tendances et pistes de recherche de ces disciplines.
- Autre(s) auteur(s)
- Éditeur(s)
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Date
- DL 2009
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Notes
- Bibliogr. p. XI. Webliogr. p. XII. Index
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Langues
- Français
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Description matérielle
- 1 vol. (XII-128 p.) : ill. ; 19 cm
- Collections
- Sujet(s)
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ISBN
- 978-2-8041-0132-9
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Indice
- 575 Génétique générale
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Quatrième de couverture
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1er Cycle - PCEM - PCEP
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Les notions de base de Génomique en moins de 140 pages !
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Les schémas aident à la compréhension des notions complexes et donnent une vision d'ensemble.
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Tables des matières
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Génomique
Sophie Gaudriault
Rachel Vincent
- IntroductionIX
- Chapitre 1. Connaissances des génomes dans l'ère pré-génomique1
- 1.1 Structure des génomes1
- 1.1.1 Génomes procaryotes1
- 1.1.2 Génomes eucaryotes4
- 1.2 Dynamique des génomes9
- 1.2.1 Réplication9
- 1.2.2 Intégration et excision plasmidique chez les bactéries11
- 1.2.3 Les remaniements chromosomiques12
- Chapitre 2. Les techniques de séquençage19
- 2.1 Les premières techniques de séquençage, un prix Nobel19
- 2.1.1 La technique de Maxam et Gilbert19
- 2.1.2 La technique de Sanger20
- 2.2 Automatisation de la méthode de Sanger24
- 2.3 Les nouvelles techniques de séquençage25
- 2.3.1 La technique de pyroséquençage26
- 2.3.2 La technique de séquençage illumina28
- 2.3.3 Comparaison des techniques29
- Chapitre 3. Séquençage de génomes complets37
- 3.1 Stratégie aléatoire ou « shot gun »37
- 3.1.1 La construction des banques37
- 3.1.2 La phase de « shot gun »38
- 3.1.3 L'assemblage39
- 3.1.4 La finition39
- 3.2 Stratégie ordonnée ou « clone par clone »40
- 3.2.1 Établissement d'une carte physique recouvrant l'ensemble du génome40
- 3.2.2 Séquençage selon la stratégie « shot gun » d'un ensemble minimal de grands clones chevauchant40
- Chapitre 4. L'annotation des génomes47
- 4.1 Annotation syntaxique : la recherche d'objets génétiques48
- 4.1.1 Principe48
- 4.1.2 La recherche de signaux de séquence codante chez les procaryotes49
- 4.1.3 La recherche de signaux de séquences codantes chez les eucaryotes52
- 4.1.4 Analyse de contenu en base des séquences codantes55
- 4.1.5 Des méthodes informatiques pour l'annotation syntaxique56
- 4.2 Annotation fonctionnelle : la recherche de fonctions potentielles57
- 4.2.1 Les outils de comparaison de séquence58
- 4.2.2 Les bases de données consultées58
- 4.2.3 Développement d'un langage unifié pour l'annotation61
- 4.3 Annotation relationnelle63
- Chapitre 5. La comparaison génomique67
- 5.1 Relations d'homologie entre les gènes67
- 5.1.1 Homologie et identité de séquence67
- 5.1.2 Homologie et origine ancestrale68
- 5.1.3 Classifications fonctionnelles des protéines70
- 5.1.4 Phylogénomique70
- 5.2 Relations de synténie entre les génomes71
- 5.2.1 Définition de la synténie71
- 5.2.2 Plateformes informatiques d'étude de la synténie71
- 5.2.3 La synténie comme aide à l'annotation73
- 5.2.4 La synténie comme marqueur de proximité phylogénétique73
- 5.2.5 La synténie comme marqueur d'événements chromosomiques74
- Chapitre 6. La génomique fonctionnelle79
- 6.1 Les analyses transcriptomiques79
- 6.1.1 Les techniques fondées sur la migration électrophorétique80
- 6.1.2 Les techniques fondées sur l'hybridation80
- 6.1.3 Les techniques fondées sur le séquençage en masse90
- 6.2 Les analyses protéomiques91
- 6.2.1 La séparation des protéines92
- 6.2.2 L'identification des protéines94
- 6.3. Les analyses des interactions moléculaires97
- 6.3.1 Les puces à protéines98
- 6.3.2 La ChIP-Seq99
- Chapitre 7. La génomique : transformation d'un outil de production massive d'informations en l'élaboration de nouvelles connaissances107
- 7.1. Une nouvelle vision de l'organisation du règne du vivant108
- 7.1.1 Complexité des organismes et complexité des génomes108
- 7.1.2 Complexité génomique et nombre de gènes109
- 7.1.3 La métagénomique, une nouvelle vision de la diversité microbienne110
- 7.2 Une nouvelle vision de la structure des génomes bactériens112
- 7.2.1 Opéron et colocalisation de gènes112
- 7.2.2 Domaines chromosomiques113
- 7.2.3 Biais de composition de la séquence et biais de distribution des gènes114
- 7.2.4 La plasticité sous contrôle des génomes bactériens117
- 7.3. Une nouvelle vision de la notion de gène eucaryote117
- 7.3.1 Le projet Encode118
- 7.3.2 Mise en évidence d'un grand nombre de longs transcrits119
- 7.3.3 Mise en évidence d'une régulation dispersée120
- 7.3.4 Mise à jour de la définition du gène120
- Index123
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Origine de la notice:
- FR-751131015 ;
- Electre
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Disponible - 575 GAU
Niveau 2 - Sciences
