Youssef est un vieil Irakien moyen de confession chrétienne. Célibataire endurci, très attaché à son mode de vie oriental, fidèle à ses amitiés multiconfessionnelles, il refuse obstinément de quitter Bagdad comme l'ont fait tant de chrétiens après l'invasion américaine de l'Irak en 2003. Par suite d'un attentat djihadiste, une proche parente, Maha, vient s'installer chez lui avec son mari, mais ne rêve, elle, que de partir loin, très loin, et le plus rapidement possible. La confrontation entre les deux principaux personnages du roman, Youssef et Maha, qui se relaient pour raconter leur histoire, oppose deux générations d'irakiens, celle des nostalgiques d'un passé convivial, qui finissent par le payer de leur vie, et celle qui cherche par-dessus tout à fuir l'horreur du présent.

Après Seul le grenadier, très bien accueilli par la presse en France comme ailleurs, Sinan Antoon poursuit dans Ave Maria son exploration de la violence qui s'est emparée de son pays, dressant ses composantes confessionnelles les unes contre les autres. Il restitue un moment particulièrement douloureux, celui où l'Irak était en train de se vider de sa communauté chrétienne qui y était pourtant enracinée depuis deux millénaires.