Initiation à la génétique des populations naturelles : application aux parasites et à leurs vecteurs

Auteur(s) :

Meeûs, Thierry de Découvrir l'auteur

Résumé

Présentation des principales méthodes de la génétique empirique des populations naturelles et des modèles de base utilisés, appliqués à des cas concrets analysés pas à pas. ©Electre 2021

Éditeur(s)
- IRD éditions
- Estimprim
Date
- 2021
Notes
- Glossaire. Bibliogr.
Langues
- Français
Description matérielle
- 1 vol. (393 p.) : ill. ; 24 cm
Collections
- Didactiques (Bondy)
Sujet(s)
ISBN
- 978-2-7099-2867-0
Indice
- 577.6 Microbiologie, bactériologie, parasitologie
Quatrième de couverture
- 2^e édition revue et augmentée
  La compréhension de l'épidémiologie d'une maladie infectieuse ou parasitaire passe par la connaissance du fonctionnement des populations vivantes concernées. L'utilisation de marqueurs génétiques et des outils de la génétique des populations permet d'avoir accès, à travers des méthodes indirectes, à des informations clés sur les agents pathogènes et leurs vecteurs : biologie, mode de reproduction, écologie, déplacements, taille des populations... De telles informations peuvent permettre d'évaluer les risques d'invasions ou d'épidémies, de préciser le potentiel de diffusion de gènes de résistance et d'anticiper les stratégies de lutte.
  Ce manuel didactique présente les principales méthodes de la génétique empirique des populations et les modèles de base utilisés, avec l'application à des cas concrets analysés pas à pas. Pour cette 2e édition, revue et augmentée, certaines approches ont été améliorées et un « guide de survie » a été ajouté en fin de volume. Ce manuel sera un auxiliaire précieux pour les étudiants, enseignants-chercheurs et personnels de santé qui souhaitent maîtriser les bases de la génétique des populations et l'utiliser comme outil d'analyse.
Tables des matières
- - Initiation à la génétique des populations naturelles
  - Application aux parasites et à leurs vecteurs
  - 2e édition
  - Thierry De Meeûs
  - IRD éditions
  - Avant-propos de la 1^reédition 9
  - Avant-propos pour la 2^e édition 13
  - Introduction 15
  - 1. Concepts théoriques et statistiques19
  - Qu'est-ce qu'un marqueur génétique ? 21
  - Notions préliminaires21
  - Marqueurs cytoplasmiques22
  - Marqueurs nucléaires dominants24
  - Marqueurs nucléaires codominants25
  - Les allozymes 26
  - Pas de tache où des traînées non interprétables sont présentes sur le gel26
  - Les taches révélées de tous les individus se retrouvent toutes au même niveau26
  - Les taches révélées ne sont pas retrouvées au même endroit27
  - Autres cas27
  - Commentaires sur les allozymes28
  - Les microsatellites 29
  - Concepts de base en génétique des populations 31
  - Calcul des fréquences alléliques à partir d'un échantillon31
  - Conformité avec les proportions d'Hardy-Weinberg31
  - Les hypothèses d'Hardy-Weinberg 31
  - L'équilibre d'Hardy-Weinberg 32
  - Relaxation des hypothèses de Hardy-Weinberg33
  - La population est de taille finie 33
  - Il y a mutation 33
  - Mutation récurrente33
  - Modèle de mutation en nombre fini d'allèles ou KAM (K Alleles Model)34
  - IAM ou Infinite Allele Model34
  - SMM ou Stepwise Mutation Model34
  - Conclusion sur la mutation34
  - Migration 34
  - Sélection 35
  - Sélection directionnelle35
  - Sous-dominance36
  - Super-dominance36
  - La sélection fréquence-dépendante37
  - Hétérosis37
  - La sélection gamétique38
  - Le régime de reproduction n'est pas panmictique 38
  - Autofécondation38
  - Les croisements systématiques entre apparentés40
  - L'homogamie40
  - L'hétérogamie40
  - La clonalité42
  - Les générations se chevauchent 42
  - La notion de déficit en hétérozygotes, définitions42
  - Populations structurées, effet Wahlund et statistiques F (F-statistics)45
  - L'exempte du modèle en îles 45
  - Le déficit en hétérozygotes dû à la structuration (effet Wahlund) 46
  - Les statistiques F de Wright (1965) 48
  - Définitions classiques48
  - Définitions en fonction des probabilités d'identité50
  - Inférer Nm à partir du F_st dans un modèle en îles51
  - Pertinence du modèle en îles52
  - Autres modèles de populations structurées 53
  - Estimateurs non biaisés des statistiques F 53
  - Mesures de différenciation génétique alternatives au F_ST 61
  - Les R-Statistiques61
  - Le F_ST maximum possible62
  - Différenciation génétique par paire d'échantillons ou d'individus62
  - Espèces haploïdes et loci liés au sexe63
  - Le problème de l'homoplasie 64
  - Structuration à plus de trois niveaux 64
  - Probabilités (ou indices) d'assignement 66
  - Les déséquilibres de liaison67
  - Tests statistiques 69
  - Bases69
  - L'hypothèse nulle 69
  - Qu'est-ce qu'un test statistique ? 70
  - Risques de première et de seconde espèce 71
  - Le principe des randomisations72
  - Intervalles de confiance de bootstrap et jackknife 73
  - Le bootstrap73
  - Bootstrap sur les loci 73
  - Bootstrap sur les populations 74
  - Le jackknife74
  - Jackknife sur les loci 74
  - Jackknife sur populations 75
  - Applications numériques pour le jackknife 75
  - Mise en garde75
  - Les permutations 76
  - Tester la panmixie locale78
  - Tester le F_IS 78
  - Tester s'il existe un déficit en hétérozygotes78
  - Tester s'il existe un excès d'hétérozygotes78
  - Tester un écart dans n'importe quelle direction (excès ou déficit)78
  - Autres méthodes pour tester l'écart à la panmixie 79
  - Tests exacts79
  - Méthode de Rousset et Raymond (1995)79
  - Tester la pangamie 79
  - Tester la structuration80
  - Tester le F_ST 80
  - La méthode basée sur le G de Goudet et al. (1996) 81
  - Test exact allélique de Rousset et Raymond (1995) 81
  - Tester la panmixie globale82
  - Tester les déséquilibres de liaison82
  - Nombre de randomisations 83
  - Correction du seuil 83
  - Remarques sur les tests de déséquilibres de liaison et leur interprétation 84
  - Le problème des tests répétés84
  - Les tests répétés sont indépendants 85
  - Tester si un signal global existe85
  - Déterminer quels sont les tests significatifs, procédures de type Bonferroni87
  - Les tests répétés ne sont pas indépendants 88
  - Tester si un signal global existe89
  - Déterminer quels sont les tests significatifs, procédure de Benjamini et Yekutieli89
  - Le cas des déséquilibres de liaison 89
  - Tester la corrélation entre distances90
  - Distances génétiques et géographiques 90
  - Les sous-échantillons sont alignés en une seule dimension91
  - Les sous-échantillons sont distribués sur deux dimensions91
  - Autres distances 92
  - Tester les biais de dispersion de certaines catégories d'individus93
  - Tester la différence entre groupes95
  - Analyses multivariées96
  - Analyse factorielle des correspondances (AFC) 96
  - Exemples96
  - Recommandations et astuces pour les utilisateurs de l'AFC98
  - Analyse en composantes principales (ACP) 98
  - Analyse canonique des correspondances (ACC) 100
  - Construction d'arbres 100
  - Trouver une sous-structure cachée101
  - Commentaires sur les algorithmes bayésiens de clusterisation103
  - Estimer des effectifs efficaces106
  - Définition de l'effectif efficace d'une population 106
  - Méthodes de calcul de l'effectif efficace des populations naturelles 107
  - Détection de goulots d'étranglement 108
  - Le cas spécial des allèles nuls 110
  - Présentation générale 110
  - Détecter la présence d'allèles nuls 110
  - Trucs et astuces pour tester la présence des allèles nuls 111
  - Le cas très spécial de la dominance des allèles courts112
  - Point de vue théorique 112
  - Du point de vue pratique : détection de la dominance des allèles courts 115
  - Méthode fastidieuse de régression multiple115
  - Méthode rapide de corrélation116
  - Le cas du « stuttering »116
  - 2. Applications à des exemples concrets119
  - La tique Ixodes ricinus et les pathogènes (Borrelia sp.) qu'elle transmet 121
  - Introduction121
  - État des lieux121
  - Premier recodage des données124
  - Premières analyses : indépendance entre allèles dans et entre loci dans les sous-échantillons124
  - Recherche d'allèles nuls et de dominance d'allèles courts131
  - Convertir le fichier pour Micro-Checker et ouverture du logiciel 131
  - Analyses des loci autosomiques du premier sous-échantillon par Micro-Checker 131
  - Analyses des autres sous-échantillons, des autres loci autosomiques et du locus IR08 133
  - Bilan des analyses avec Micro-Checker 134
  - Détection de dominance d'allèles courts par la méthode de régression multiple 135
  - Bilan de l'analyse des déficits locaux en hétérozygotes 140
  - Recherche d'une structure cachée (effet Wahlund)141
  - Introduction 141
  - Construction des fichiers BAPS 142
  - Analyse des fichiers par BAPS 142
  - Commentaires sur l'analyse des fichiers par BAPS 151
  - Conclusion sur les déficits en hétérozygotes152
  - Structure des populations et schémas de différenciation153
  - Structure génétique spécifique à chaque sexe des données brutes (sans tenir compte de BAPS) 153
  - Structure génétique spécifique à chaque sexe des données clusterisées par BAPS 156
  - Interpréter l'ensemble des résultats sur les biais de structuration 158
  - Différenciation globale et isolement par la distance 159
  - Définir différents niveaux de subdivision pour l'analyse hiérarchique159
  - Analyse hiérarchique sur données brutes (pas de cluster BAPS)159
  - Analyse hiérarchique sur données clusterisées par BAPS162
  - Test d'isolement par la distance163
  - Estimation d'effectifs efficaces, extrapolation des densités et de la dispersion 166
  - Effectifs efficaces des tiques de Suisse166
  - Extrapolation des densités et des distances de dispersion des tiques en Suisse171
  - Conclusions de la 1^reédition de ce manuel sur la biologie et la génétique des populations d'I. ricinus en Suisse171
  - Discussion des résultats obtenus par des méthodes plus récentes d'analyse pour la 2^e édition de ce manuel175
  - Interactions avec les micropathogènes transmis179
  - Introduction 179
  - Présentation des données 180
  - Distribution des différentes borrélies dans les femelles et mâles d'I. ricinus : analyses de la 1^re édition 180
  - Analyses correctes en modèles généralisés pour cette réédition184
  - Co-occurrence des différentes espèces de borrélies 188
  - Analyses de la 1^reédition 188
  - Analyses effectuées pour la réédition de ce manuel sur les occurrences des différentes espèces de borrélies dans leur environnement192
  - Co-occurrences des différentes espèces de borrélies 192
  - Distribution spatiale 194
  - Occurrence des différentes espèces de borrélies et génétique des tiques : analyses de la 1^re édition195
  - Différenciation entre tiques Infectées et non Infectées195
  - Différenciation entre tiques infectées par différentes borrélies198
  - Biais de structuration spécifique associé au pathogène198
  - Biais de structuration spécifique au pathogène et au sexe202
  - Occurrence des différentes espèces de borrélies et génétique des tiques : nouvelles analyses 203
  - Différenciation entre tiques infectées et non infectées203
  - Différenciation entre tiques infectées par différentes borrélies203
  - Différenciation génétique pathogène spécifique204
  - Tests de comparaisons de niveaux de subdivision 204
  - Pour Bbss204
  - Pour Ba205
  - Pour Bbundet205
  - Toutes borrélies confondues205
  - Tests de biais de dispersion pathogène spécifique 206
  - Conclusion sur le statut Infectieux et la génétique des tiques206
  - Conclusions de la 1^re édition sur les borrélies et I. ricinus en Suisse207
  - Conclusions sur les borrélies et I. ricinus en Suisse : 2^e édition208
  - Glossina palpalis gambiensis le long de la rivière Mouhoun au Burkina Faso 211
  - Introduction211
  - État des lieux211
  - Le cycle de vie particulier des mouches tsé-tsé et leur capture212
  - Premier recodage des données214
  - Premières analyses : indépendance entre allèles dans et entre loci215
  - Déséquilibres de liaison au sein des quatre zones 215
  - Test de la panmixie dans les quatre zones d'échantillonnage 219
  - Analyse par Micro-Checker219
  - Mise en évidence d'une sous-structuration à l'intérieur des zones A, H, C et D220
  - Analyse par piège 220
  - Clusters BAPS 223
  - Isolement par la distance entre individus 223
  - Effectifs efficaces 226
  - Densités efficaces 231
  - Conclusions : isolement par la distance intra-zone (rolling on the river) 232
  - Différenciation entre les quatre zones233
  - Analyse HierFstat du jeu de données total partitionné par BAPS 233
  - Comprendre le manque de structure inter-zones avec un peu de théorie 235
  - Comprendre le manque de structure inter-zones avec un peu de simulations 236
  - Conclusions239
  - Résultats obtenus avec les analyses pour la 2^e édition239
  - Déséquilibres de liaison et panmixie locale dans les pièges 239
  - Recherche du niveau hiérarchique minimal de structuration avec HierFstat 240
  - Déséquilibres de liaison et panmixie locale dans les zones Zs 242
  - Isolement par la distance entre les zones Zs 242
  - Isolement par la distance en une dimension243
  - Isolement par la distance en deux dimensions244
  - Effectifs efficaces et distances de dispersion 244
  - Effectifs efficaces244
  - Conclusions sur les nouveaux résultats de cette réédition 245
  - Invasion de la Nouvelle-Calédonie par la tique du bétail Rhipicephalus microplus : hétérogénéité locale, dispersion et goulots d'étranglement 247
  - Introduction247
  - État des lieux247
  - Analyse de la consanguinité relative intra-hôte250
  - Homozygotie et déséquilibre de liaison intra-hôte 250
  - Analyse hiérarchique 253
  - Bibliographie 321
  - Réponses aux questions 339
  - Glossaire 349
  - Annexe de la 2^e édition 361
  - Clé de décisions pour les études de génétique des populations empirique361
  - Liste des logiciels gratuits utilisés dans ce manuel de génétique des populations empirique376
  - Liste des méthodes utilisables pour l'analyse des données de génétique des populations384
Origine de la notice:
- FR-751131015 ;
- Electre