Bioinformatique avec Python et Biopython

Auteur(s) :

Jaspard, Emmanuel Découvrir l'auteur

Résumé

Des réponses à des questions de biologie sont apportées grâce aux outils de la bioinformatique et la programmation en Python et Biopython. Les scripts présentés en exemple sont expliqués afin d'établir un lien avec le concept biologique et de pouvoir ensuite les adapter ou bien établir ses propres scripts. ©Electre 2024

Autre(s) auteur(s)
- Hunault, Gilles (1957-....)
Éditeur(s)
- Dunod
Date
- DL 2024
Notes
- La couv. porte en plus : "Cours, exercices d'application" ; "Les + en ligne"
Langues
- Français
Description matérielle
- 1 vol. (207 p.) : ill. en coul. ; 24 cm
Collections
- Sciences sup
Sujet(s)
ISBN
- 978-2-10-085887-3
Indice
- 681.234(07) Python. Manuels
Quatrième de couverture
- Bioinformatique avec Python et Biopython
  La bioinformatique est une discipline essentielle de la biologie. L'objectif de cet ouvrage est de montrer par l'exemple des scripts Python et Biopython et d'établir un lien avec le concept biologique afférent, afin que le lecteur puisse développer ses propres scripts ou adapter ceux existants.
  Le langage Python, par sa simplicité d'apprentissage, est particulièrement utilisé pour développer des applications. Biopython est un ensemble de scripts et d'outils, librement disponibles, permettant de développer des bibliothèques et des applications Python pour les besoins des travaux en bioinformatique.
  Les plus
  
  Un outil pédagogique et pratique
  
  De très nombreux exercices corrigés
  
  Un résumé des points clefs à la fin de chaque chapitre
  
  Le public
  
  Étudiants en Licences 2 et 3 de Biologie
  
  Chercheurs, ingénieurs et enseignants en Biologie
Tables des matières
- - Bioinformatique avec Python et Biopython
  - Emmanuel Jaspard
  - Gilles Hunault
  - Dunod
  - Introduction1
  - Chapitre 1 Dénombrement des nucléotides et calculs associés (%GC, Tm)7
  - 1. Rappel sur la structure des nucléotides7
  - 2. La composition en nucléotides de l'ADN et des ARN8
  - 3. Illustration des îlots CpG9
  - 4. Calculs du pourcentage de GC et de la température de fusion Tm10
  - 5. Buts du script gctm.py11
  - 6. Code du script gctm.py12
  - 7. Explications du code gctm.py12
  - 8. Code de l'auto-test pour le script gctm.py14
  - 9. Calculs de %GC et de Tm avec Biopython15
  - L'essentiel16
  - Bibliographie16
  - Ressources Web16
  - Exercices18
  - Chapitre 2 Écriture de séquences d'acides nucléiques19
  - 1. Les séquences d'acides nucléiques19
  - 2. Les formats des fichiers bioinformatiques - le format FASTA20
  - 3. Buts du script brinscomp.py22
  - 4. Code du script brinscomp.py23
  - 5. Explications du code brinscomp.py23
  - 6. Code de l'auto-test pour le script brinscomp.py24
  - L'essentiel25
  - Bibliographie25
  - Ressources Web25
  - Exercices26
  - Chapitre 3 Séquences et expressions régulières27
  - 1. Rappels sur les caractéristiques des expressions régulières27
  - 2. Utilisation des expressions régulières dans l'analyse des données bioinformatiques28
  - 3. Buts du script rchmotif.py29
  - 4. Code du script rchmotif.py30
  - 5. Explications du code rchmotif.py31
  - 6. Code de l'auto-test pour le script rchmotif.py31
  - L'essentiel32
  - Bibliographie32
  - Ressources Web32
  - Exercices33
  - Chapitre 4 Recherches bibliographiques dans PubMed35
  - 1. Rappel sur les données bibliographiques et le moteur de recherche Entrez35
  - 2. Buts du script rchbiblio.py37
  - 3. Code du script rchbiblio.py38
  - 4. Explications du code rchbiblio.py39
  - 5. Code de l'auto-test pour le script rchbiblio.py40
  - L'essentiel41
  - Bibliographie41
  - Ressources Web41
  - Exercices42
  - Chapitre 5 Profil d'une famille de protéines43
  - 1. Rappel sur les domaines structuraux des protéines43
  - 2. Profils, domaines et bases de données de familles de protéines44
  - 3. Méthode de construction des alignements PFAM45
  - 4. Buts du script familprot.py45
  - 5. Code du script familprot.py47
  - 6. Explications du code familprot.py48
  - 7. Code de l'auto-test pour le script familprot.py51
  - L'essentiel52
  - Bibliographie52
  - Ressources Web52
  - Exercices53
  - Chapitre 6 Profil d'hydrophobicité d'une protéine - fenêtre de taille variable55
  - 1. Propriétés physico-chimiques des acides aminés55
  - 2. Calcul de l'hydrophobicité d'une séquencé d'acides aminés avec une fenêtre glissante56
  - 3. Exemple d'un récepteur couplé à une protéine G (RCPG)57
  - 4. Buts du script profilhyd.py57
  - 5. Code du script profilhyd.py58
  - 6. Explications du code profilhyd.py59
  - 7. Code de l'auto-test pour le script profilhyd.py60
  - 8. Code du script profilhyd_utils.py61
  - 9. Explications du code profilhyd_utils.py62
  - 10. Calculs avec les fonctions de Biopython62
  - L'essentiel63
  - Bibliographie63
  - Ressources Web63
  - Exercices64
  - Chapitre 7 Position de cystéines impliquées dans un pont disulfure65
  - 1. Propriétés physico-chimiques et particularité de la cystéine65
  - 2. Pont disulfure et structure 3D des protéines66
  - 3. La base de données « Protein DataBank » ou PDB67
  - 4. Buts du script disulfure.py69
  - 5. Code du script disulfure.py70
  - 6. Explications du code disulfure.py71
  - 7. Code de l'auto-test pour le script disulfure.py73
  - L'essentiel74
  - Bibliographie74
  - Ressources Web74
  - Exercices75
  - Chapitre 8 Calcul du barycentre d'une chaîne polypeptidique repliée77
  - 1. Structure tridimensionnelle des protéines77
  - 2. Calcul du barycentre des carbones ? des acides aminés d'une chaîne polypeptidique repliée78
  - 3. Buts du script barycentre.py78
  - 4. Code du script barycentre.py79
  - 5. Explications du code barycentre.py80
  - 6. Code de l'auto-test pour le script barycentre.py82
  - L'essentiel83
  - Bibliographie83
  - Ressources Web83
  - Exercices84
  - Chapitre 9 Diagrammes de Ramachandran85
  - 1. La liaison peptidique85
  - 2. Les angles de torsion86
  - 3. Les diagrammes de Ramachandran87
  - 4. Buts du script ramachandran.py87
  - 5. Code du script ramachandran.py89
  - 6. Explications du code ramachandran.py90
  - 7. Code de l'auto-test pour le script ramachandran.py91
  - 8. Code du script ramachandran_utils.py92
  - 9. Explications du code ramachandran_utils.py94
  - L'essentiel96
  - Bibliographie96
  - Ressources Web96
  - Exercices97
  - Chapitre 10 Contacts entre résidus d'acides aminés dans les structures 3D99
  - 1. Interactions entre résidus d'acides aminés au sein des protéines99
  - 2. Contacts et distances entre résidus d'acides aminés100
  - 3. Buts du script contacts.py101
  - 4. Code du script contacts.py102
  - 5. Explications du code contacts.py102
  - 6. Code de l'auto-test pour le script contacts.py103
  - 7. Code du script structure_pdb.py103
  - 8. Explications du code structure_pdb.py104
  - 9. Code du script contacts_utils.py105
  - 10. Explications du code contacts_utils.py106
  - L'essentiel108
  - Bibliographie108
  - Ressources Web108
  - Exercices109
  - Chapitre 11 Superposition de structures protéiques111
  - 1. Superposition de structures de protéines et scores de distances interatomiques111
  - 2. Exemples de scores de mesure de similarité de structures112
  - 3. L'algorithme AlphaFold113
  - 4. Buts du script superp.py114
  - 5. Code du script superp.py115
  - 6. Explications du code superp.py116
  - 7. Code dé l'auto-test pour le script superp.py116
  - 8. Code du script superp_pdb.py117
  - 9. Explications du code superp_pdb.py118
  - L'essentiel120
  - Bibliographie120
  - Ressources Web120
  - Exercices121
  - Chapitre 12 Les protéines ou régions intrinsèquement désordonnées123
  - 1. Découverte des protéines ou régions intrinsèquement désordonnées -123
  - 2. Abondance et fonctions biologiques des IDP/IDR125
  - 3. Prédiction des IDP/IDR126
  - 4. Buts du script repliement.py126
  - 5. Code du script repliement.py127
  - 6. Explications du code repliement.py128
  - 7. Code de l'auto-test pour le script repliement.py129
  - L'essentiel130
  - Bibliographie130
  - Ressources Web130
  - Exercices131
  - Chapitre 13 Alignements de séquences et protéines homologues133
  - 1. Notions élémentaires d'alignement de séquences133
  - 2. Description de BLAST (« Basic Local Alignment Search Tool »)135
  - 3. Principe de PHI-BLAST (« Pattern Hit Initiated-BLAST »)136
  - 4. Buts du script homologues.py138
  - 5. Code du script homologues.py139
  - 6. Explications du code homologues.py140
  - 7. Code de l'auto-test pour le script homologues.py141
  - 8. Code du script homologues_utils.py142
  - 9. Explications du code homologues_utils.py144
  - L'essentiel146
  - Bibliographie146
  - Ressources Web146
  - Exercices147
  - Réponses aux questions149
  - Chapitre 1149
  - Chapitre 2152
  - Chapitre 3155
  - Chapitre 4158
  - Chapitre 5160
  - Chapitre 6161
  - Chapitre 7165
  - Chapitre 8166
  - Chapitre 9167
  - Chapitre 10169
  - Chapitre 11171
  - Chapitre 12172
  - Chapitre 13176
  - Annexes181
  - Annexe 1 : rappels Python183
  - Annexe 2 : expressions régulières191
  - Annexe 3 : présentation de Biopython197
  - Annexe 4 : liste des scripts dans les chapitres199
  - Annexe 5 : liste des scripts dans les réponses aux questions201
  - Annexe 6 : packages et modules cités203
  - Index205
Origine de la notice:
- Electre