Cours de microbiologie générale avec problèmes et exercices corrigés
Alphonse Meyer/José Deiana/Alain Bernard
Doin
AvertissementIV
Tableau des abréviations des genres microbiens utilisées dans cet ouvrageXI
Chapitre 1 : Les microbes parmi nous
1. Histoire de la microbiologie1
1.1. Origines1
1.2. Époque pastorienne1
1.3. Période moderne5
2. Le monde microbien6
2.1. Classification contemporaine6
2.2. Cellule eucaryote et cellule procaryote6
Autoévaluation, exercices et corrigés12
Chapitre 2 : Morphologie et structure des micro-organismes
1. Techniques d'étude13
1.1. Observation de la cellule13
1.2. Séparation des constituants cellulaires14
1.3. Analyse fine ultrastructurale15
2. Cellule bactérienne15
2.1. Morphologie cellulaire16
2.2. Paroi18
2.3. Membrane cytoplasmique32
2.4. Cytoplasme38
2.5. Appareil nucléaire41
2.6. Plasmides51
2.7. Transposons54
2.8. Éléments inconstants54
2.8.1. Capsule54
2.8.2. Éléments extérieurs à la paroi56
2.8.3. Cils et flagelles57
2.8.4. Pili ou frimbriae61
2.9. Spores bactériennes61
2.10. Bactéries intracellulaires68
3. Levures et moisissures69
3.1. Levures69
3.2. Moisissures72
4. Classification des micro-organismes75
4.1. Classification bactérienne75
4.1.1. Unité taxonomique75
4.1.2. Caractères phénotypiques : taxonomie phénotypique77
4.1.3. Caractères génétiques : taxonomie génétique78
4.1.4. Caractères immunologiques : taxonomie immunologique81
4.1.5. Caractères chimiques : chimiotaxonomie83
4.1.6. Nomenclature84
4.2. Classification des levures et des moisissures86
5. Applications au laboratoire88
5.1. Étude des caractères morphologiques88
5.2. Test de stérilité89
5.3. Étude des caractères antigéniques89
5.4. Lysotypie90
5.5. Génotypie90
Autoévaluation, exercices et corrigés92
Chapitre 3 : Nutrition et croissance des bactéries et des champignons
1. Besoins nutritifs102
1.1. Besoins élémentaires102
1.2. Autres éléments minéraux103
1.3. Besoins spécifiques : facteurs de croissance104
1.4. Facteurs physiques106
2. Multiplication des bactéries et des champignons111
2.1. Multiplication bactérienne111
2.2. Multiplication des levures113
2.3. Multiplication des moisissures115
3. Croissance d'une population bactérienne116
3.1. Techniques d'étude de la croissance116
3.2. Croissance en milieu non renouvelé123
3.3. Croissance en milieu renouvelé : croissance continue130
4. Culture des bactéries et des champignons133
4.1. Milieux de culture : généralités133
4.2. Recherche et identification des bactéries et des champignons135
4.3. Obtention et conservation des cultures pures137
4.4. Fermentations industrielles140
Autoévaluation, exercices et corrigés152
Chapitre 4 : Métabolisme
1. Introduction165
1.1. Aspect énergétique165
1.2. Transport des substances166
1.3. Biosynthèse166
2. Enzymes bactériennes167
2.1. Localisation167
2.2. Classification167
3. Métabolisme énergétique168
3.1. Différentes sources d'énergie168
3.2. Types respiratoires171
3.3. Étude du métabolisme énergétique176
3.4. Stockage et utilisation de l'énergie177
3.5. Conclusion178
4. Métabolisme glucidique179
4.1. Catabolisme179
4.1.1. Glucose179
4.1.2. Catabolisme des disaccharides187
4.1.3. Catabolisme des polysaccharides189
4.1.4. Catabolisme des dérivés des sucres190
4.2. Anabolisme190
5. Métabolisme des protéines190
5.1. Catabolisme190
5.2. Anabolisme ou biosynthèse193
6. Autres métabolismes198
6.1. Métabolisme des lipides198
6.2. Métabolisme des acides nucléiques198
7. Types métaboliques198
7.1. Lithotrophes aérobies198
7.2. Lithotrophes anaérobies200
7.3. Organotrophes aérobies200
7.4. Organotrophes anaérobies200
7.5. Organismes fermentants201
7.6. Archéobactéries201
8. Applications du métabolisme202
8.1. Applications agroalimentaires203
8.2. Applications industrielles204
8.3. Biodégradation des polluants207
8.4. Applications au laboratoire207
Autoévaluation, exercices et corrigés210
Chapitre 5 : Agents antimicrobiens
1. Généralités217
1.1. Définitions217
1.2. Action antimicrobienne219
1.3. Classification220
2. Agents physiques221
2.1. Température221
2.2. Radiations229
2.3. Pression230
2.4. Élimination mécanique230
3. Agents chimiques231
3.1. Mode d'action231
3.2. Classification233
3.3. Choix des molécules désinfectantes240
3.4. Mesure de l'activité bactéricide240
4. Agents chimiothérapeutiques242
4.1. Historique242
4.2. Classification243
4.3. Mode d'action des antibiotiques243
4.3.1. Méthodes d'approche245
4.3.2. Mécanismes d'action des principaux antibiotiques245
4.3.3. Mesure de l'activité des antibiotiques251
4.3.4. Antibiotiques et conservation des aliments257
5. Résistance aux agents antimicrobiens257
5.1. Phénomène de résistance257
5.2. Évolution de la résistance261
6. Notion sur les antifongiques262
6.1. Généralités262
6.2. Principaux antifongiques263
6.3. Résistance antifongique265
7. Applications pratiques au laboratoire266
Autoévaluation, exercices et corrigés267
Chapitre 6 : Génétique
1. Information génétique276
1.1. Organisation276
1.2. Lésion et réparation276
2. Mutations279
2.1. Mise en évidence du phénomène279
2.2. Caractères des mutations279
2.3. Bases chimiques du phénomène281
3. Transferts génétiques285
3.1. Phénomène de restriction-modification285
3.2. Transformation286
3.3. Conjugaison288
3.4. Transduction et conversion292
4. Applications296
4.1. Mutagenèse296
4.2. Génie génétique297
Autoévaluation, exercices et corrigés305
Chapitre 7 : Micro-organismes et milieu
1. Écologie microbienne du milieu naturel311
1.1. Principales flores311
1.2. Grands cycles biologiques313
2. Écologie microbienne de l'homme et des animaux317
2.1. Généralités317
2.2. Flores microbiennes normales319
3. Infection microbienne320
3.1. Modalités du pouvoir pathogène320
3.2. Mesure d'effet létal321
3.3. Notion de virulence322
3.4. Toxinogenèse325
3.4.1. Classification et structure des toxines325
3.4.2. Mode d'action des toxines328
3.4.3. Applications : toxinotypie332
3.4.4. Mycotoxines333
3.5. Mécanismes de défense de l'hôte336
3.6. Maladie infectieuse et évolution340
3.7. Épidémiologie343
3.7.1. Modes de transmission343
3.7.2. Autres circonstances épidémiologiques344
3.7.3. Infections bactériennes346
3.7.4. Infections fongiques347
3.7.5. Infections parasitaires348
3.7.6. Infections dites émergentes349
3.7.7. Infections nosocomiales349
4. Vaccination, sérothérapie352
4.1. Immunité active : la vaccination353
4.2. Immunité passive : la sérothérapie358
Autoévaluation, exercices et corrigés359
Chapitre 8 : Virologie
1. Structure et classification des virus368
1.1. Méthodes d'étude368
1.2. Éléments de structure369
1.3. Architecture et assemblage369
1.4. Classification et nomenclature372
2. Interactions virus-cellules375
2.1. Virus et cellules animales375
2.2. Cycle de multiplication377
2.3. Virus et bactéries : les bactériophages382
3. Interactions virus-organisme392
3.1. Transmission des virus392
3.2. Pathogénie392
3.3. Quelques exemples d'infections virales393
Autoévaluation, exercices et corrigés397
Chapitre 9 : Les risques biologiques et la sécurité microbiologique
1. Risques biologiques403
1.1. Voies de contamination403
1.2. Différentes classes de micro-organismes et de cellules406
2. Mesures de sécurité au laboratoire408
2.1. Conception et équipement du laboratoire de base408
2.2. Bonnes pratiques de laboratoire409
2.3. Niveaux de sécurité409
2.4. Charte d'hygiène et de sécurité412
2.5. Postes de sécurité microbiologique413
3. Sécurité dans les bio-industries417
4. Procédés de décontamination418
4.1. Nettoyage des locaux418
4.2. Décontamination par voie aérienne419
4.3. Décontamination des mains419
4.4. Décontamination du linge420
4.5. Décontamination du matériel420
4.6. Élimination des déchets au laboratoire420
Autoévaluation, exercices et corrigés421
Biographies de quelques personnages qui ont marqué la microbiologie423