Génomes

Traduction de : Genomes

Auteur(s) :

Brown, Terence A. (1953-....) Découvrir l'auteur

Résumé

Ouvrage qui rend compte des derniers progrès dans ce domaine. Divisé en 4 parties principales : génome humain et transcriptions, étude du génome (cartographie, séquençage), fonctionnement du génome, modalités de réplication du génome (clonage, applications médicales). En fin de chapitre des problèmes pour l'auto-évaluation. Un glossaire de 1.200 termes.

Contributeur(s)
- Mowszowicz, Irène. Traducteur
Éditeur(s)
- Flammarion médecine-sciences
Date
- 2004
Notes
- Index. Glossaire
Langues
- Français
- , traduit de : Anglais
Description matérielle
- XXVII-572 p. : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. ; 28 cm
Titre(s) en relation
- Genomes
Sujet(s)
ISBN
- 2-257-15113-5
Indice
- 575 Génétique générale
Quatrième de couverture
- D'extraordinaires progrès ont été réalisés en génétique ces cinq dernières années, en particulier le séquençage complet du génome de centaines d'organismes, des bactéries à l'homme, a révolutionné notre compréhension des êtres vivants et de leurs interrelations.
  «Génomes» est un ouvrage exceptionnel qui rend compte de tous ces progrès. Il est divisé en 4 parties principales : le génome humain et les transcriptions, l'étude du génome, en particulier la cartographie et le séquençage du génome, le fonctionnement du génome, avec des chapitres importants sur la synthèse de l'ARN, la régulation de l'activité du génome, les modalités de réplication du génome, le clonage, les applications, notamment médicales.
  Dans tout l'ouvrage, l'auteur a eu le souci constant d'une pédagogie la plus efficace possible : avec, en début de chapitre, la liste des 10 à 15 points importants à retenir, de nombreux encadrés mettant en valeur les points clés du chapitre, des notes techniques encadrées, de nombreuses figures en 5 couleurs très clairement commentées, des encadrés de couleur différente sur l'état de la recherche sur la question traitée ; le lecteur trouvera en fin de chaque chapitre 10 à 15 questions et 5 à 10 problèmes, pour s'auto-évaluer ; l'ouvrage se termine enfin par un glossaire de 1 200 termes.
  Au total, un livre unique de 585 pages et 450 illustrations couleurs, indispensable à l'étudiant pour son examen de génétique et support de cours incomparable pour l'enseignant.
  L'ouvrage est signé par Terry Brown, généticien, professeur de biologie moléculaire et de sciences biomoléculaires à l'université de Manchester. Il est l'auteur de très nombreux articles scientifiques et de 7 ouvrages de génétique traduits en plusieurs langues.
  La traduction française a été réalisée par Irène Mowszowicz, professeur de biochimie et de biologie moléculaire, d'abord à l'hôpital Pitié-Salpêtrière, puis depuis 15 ans, à l'hôpital Necker-Enfants Malades ; elle a travaillé en collaboration avec Alain Raisonnier, professeur de biochimie à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière et le docteur Françoise Wright, maître de conférence en biochimie et biologie moléculaire.
  Ce livre s'adresse à un large public : tous les étudiants en médecine, sciences, pharmacie ; les chercheurs et les enseignants en biologie moléculaire et génétique et tous les praticiens soucieux d'actualiser leurs connaissances dans la discipline.
Tables des matières
- - Génomes
  - T.A. Brown
  - Médecine-Sciences Flammarion
  - Abréviations xvii
  - Préface à la seconde édition xxi
  - Préface à la première édition xxiii
  - Introduction à Génomes xxv
  - Partie 1 Génomes, transcriptomes et protéomes 1
  - Chapitre 1 Le génome humain 3
  - 1.1 ADN 5
  - 1.1.1 Les gènes sont faits d'ADN 6
  - Les gènes bactériens sont faits d'ADN6
  - Les gènes viraux sont faits d'ADN8
  - 1.1.2 Structure de l'ADN 8
  - Nucléotides et polynucléotides9
  - ARN10
  - 1.1.3 La double hélice 11
  - Arguments qui ont conduit à la double hélice13
  - Principales caractéristiques de la double hélice14
  - Encadré 1.1 : Appariement des bases dans l'ARN 14
  - La structure de la double hélice est flexible14
  - Encadré 1.2 : Unités de longueur des molécules d'ADN 16
  - 1.2 Le génome humain 16
  - 1.2.1 Contenu en gènes du génome nucléaire humain 18
  - Gènes et séquences qui s'y rapportent19
  - Fonction des gènes humains21
  - Encadré 1.3 : Combien y a-t-il de gènes dans le génome humain ? 22
  - Pseudogènes et autres reliquats de l'évolution22
  - Séquences répétées à travers le génome et microsatellites22
  - Encadré 1.4 : Organisation du génome humain 23
  - 1.2.2 Le génome mitochondrial humain 24
  - 1.3 Pourquoi le projet Génome humain est-il important ? 24
  - Exercices 26
  - Chapitre 2 Anatomie des génomes 29
  - 2.1 Vue générale sur l'anatomie des génomes 30
  - 2.1.1 Génomes des eucaryotes 31
  - 2.1.2 Génomes des procaryotes 33
  - 2.2 Anatomie du génome eucaryote 35
  - 2.2.1 Génome eucaryote nucléaire 35
  - Empaquetage de l'ADN dans les chromosomes35
  - Note technique 2.1 : Électrophorèse sur gel d'agarose 37
  - Aspects particuliers des chromosomes en métaphase37
  - Encadré 2.1 : Types inhabituels de chromosomes 39
  - Quels sont les gènes présents dans le génome eucaryote ?41
  - Note technique 2.2 : Techniques d'ultracentrifugation 42
  - Familles de gènes43
  - Encadré 2.2 : Deux exemples d'organisation inhabituelle de gènes 44
  - 2.2.2 Génome eucaryote des organelles 46
  - Caractéristiques physiques du génome des organelles46
  - Contenu génétique du génome des organelles46
  - Origine du génome des organelles46
  - 2.3 Anatomie du génome procaryote 49
  - 2.3.1 Structure physique du génome procaryote 50
  - Vue traditionnelle du «chromosome» bactérien50
  - Variations sur le thème de E. coli50
  - Note de recherche 2.1 : Domaines superenroulés dans le nucléoïde de Escherichia coli 52
  - 2.3.2 Organisation génétique du génome procaryote 54
  - Les opérons : traits caractéristiques du génome procaryote55
  - Génome procaryote et concept d'espèces56
  - Encadré 2.3 : Mécanismes possibles pour le transfert de gènes entre les procaryotes 57
  - Spéculations sur le contenu minimal du génome et la réalité des distinctions entre gènes58
  - 2.4 L'ADN répété des génomes 59
  - 2.4.1 Répétitions en tandem d'ADN 59
  - L'ADN satellite est trouvé au niveau des centromères et aussi ailleurs dans les chromosomes eucaryotes59
  - Minisatellites et microsatellites60
  - 2.4.2 Répétitions dispersées dans le génome 60
  - Transposition par un intermédiaire ARN61
  - Transposons d'ADN63
  - Exercices 66
  - Chapitre 3 Transcriptomes et protéomes 69
  - 3.1 Généralités sur l'expression du génome 70
  - Encadré 3.1 : Éléments du Chapitre 3 détaillés dans la 3^e Partie de Génomes 71
  - 3.2 Contenu en ARN de la cellule 72
  - 3.2.1 ARN codant et non codant 72
  - Encadré 3.2 : ARN non codants codés par le génome humain 74
  - 3.2.2 Synthèse des ARN 74
  - Maturation des transcrits primaires d'ARN74
  - 3.2.3 Le transcriptome 78
  - Transcriptome de la levure78
  - 3.3 Contenu en protéines de la cellule 80
  - 3.3.1 Structure des protéines 80
  - Les quatre niveaux de la structure protéique80
  - Encadré 3.3 : Liaisons non covalentes dans les protéines 82
  - 3.3.2 Relation entre le transcriptome et le protéome 83
  - Le code génétique détermine la traduction de la séquence nucléotidique de l'ARNm en séquence d'acides aminés de la protéine84
  - Note de recherche 3.1 : Élucidation du code génétique 85
  - Le code génétique n'est pas universel86
  - Encadré 3.4 : Origine et évolution du code génétique 87
  - 3.3.3 Relation entre le protéome et la biochimie de la cellule 88
  - La séquence en acides aminés d'une protéine détermine sa fonction88
  - Multiplicité de fonctions des protéines89
  - Exercices 90
  - Partie 2 Méthodes d'étude des génomes 93
  - Chapitre 4 Étude de l'ADN 95
  - 4.1 Enzymes utilisées dans l'étude de l'ADN 97
  - Note technique 4.1 : Marquage de l'ADN 98
  - 4.1.1 ADN polymérases 98
  - Mode d'action d'une ADN polymérase dépendante de l'ADN98
  - Les différentes ADN polymérases utilisées en recherche100
  - 4.1.2 Nucléases 102
  - Les endonucléases de restriction permettent de scinder l'ADN en des points bien définis102
  - Examen des produits de digestion des enzymes de restriction103
  - 4.1.3 Ligases 105
  - 4.1.4 Enzymes de modification terminale 107
  - 4.2 Clonage de l'ADN 108
  - 4.2.1 Les vecteurs et leur utilisation 109
  - Les plasmides de E. coli en tant que vecteurs de clonage109
  - Note technique 4.2 : Purification de l'ADN 110
  - Les vecteurs de clonage obtenus à partir du génome des bactériophages de E. coli112
  - Vecteurs utilisés pour cloner de longs fragments d'ADN113
  - Note technique 4.3 : Utilisation d'une banque génomique 117
  - Le clonage dans des organismes autres que E. coli117
  - 4.3 Amplification sélective d'un fragment d'ADN 119
  - Note technique 4.4 : Techniques d'étude des ARN 120
  - 4.3.1 Modalités pratiques de la PCR 120
  - 4.3.2 Applications de la PCR 121
  - Exercices 123
  - Chapitre 5 Cartographie des génomes 125
  - 5.1 Cartographie génétique et cartographie physique 128
  - 5.2 Cartographie génétique 128
  - 5.2.1 Les gènes ont été les premiers marqueurs utilisés 129
  - 5.2.2 Marqueurs sur l'ADN et cartographie génétique 129
  - Polymorphismes de restriction de l'ADN (RFLP)130
  - Polymorphismes de restriction à séquences simples (SSLP)130
  - Polymorphismes nucléotidiques (SNP)130
  - Encadré 5.1 : Pourquoi les sites polymorphes ponctuels ou sites SNP ne présentent-ils que deux allèles ? 131
  - Note technique 5.1 : Microarrays et puces à ADN ou biopuces 133
  - 5.2.3 L'analyse de liaison : base de la cartographie génétique 134
  - Patrimoine héréditaire et découverte des liaisons génétiques134
  - La liaison partielle est due au comportement des chromosomes lors de la méiose137
  - De la liaison partielle à la cartographie génétique139
  - 5.2.4 Analyse de liaison dans différents types d'organismes 140
  - Analyse de liaison avec expériences de croisements planifiées140
  - Encadré 5.2 : Échanges de matériel génétique en plusieurs points 141
  - Cartographie des gènes et analyse de l'arbre généalogique chez l'homme142
  - Cartographie génétique chez les bactéries144
  - 5.3 Cartographie physique 145
  - 5.3.1 Cartes de restriction 145
  - Méthodologie de base des cartes de restriction147
  - L'échelle des cartes de restriction est limitée par la taille des fragments de restriction147
  - Examen direct des sites de restriction des molécules d'ADN150
  - 5.3.2 Hybridation in situ avec sonde fluorescente (FISH) 152
  - Hybridation in situ au moyen d'une sonde radioactive ou fluorescente152
  - Utilisation pratique de la technique du FISH153
  - 5.3.3 Cartographie au moyen des sites à séquences marquées ou sites STS 153
  - Peut-on utiliser n'importe quelle séquence ADN en tant que site STS ?154
  - Fragments d'ADN pouvant servir à la cartographie STS du génome155
  - Note de recherche 5.1 : Cartographie du génome de la souris au moyen des hybrides d'irradiation 156
  - Une banque de clones peut être utilisée en tant que réactif de cartographie pour analyse de sites STS159
  - Exercices 161
  - Chapitre 6 Séquençage des génomes 125
  - 6.1 Séquençage de l'ADN : méthodologie 164
  - 6.1.1 La méthode enzymatique de Sanger 165
  - Principes de la méthode enzymatique de Sanger165
  - Note technique 6.1 : Électrophorèse sur gel de polyacrylamide 165
  - Encadré 6.1 : ADN polymérases et séquençage du génome par la méthode enzymatique de Sanger 166
  - La méthode de séquençage enzymatique de Sanger nécessite une matrice ADN monocaténaire168
  - L'amorce permet de déterminer la région de l'ADN matrice qui sera ensuite séquencée169
  - Le séquençage par PCR est une alternative au séquençage de l'ADN par les techniques classiques170
  - L'utilisation d'amorces fluorescentes permet l'automatisation du séquençage170
  - Encadré 6.2 : Séquençage du génome par la méthode de dégradation chimique de Maxam et Gilbert 170
  - 6.1.2 Innovations à partir des techniques conventionnelles de séquençage 171
  - 6.2 Assemblage de séquences ADN adjacentes 172
  - 6.2.1 Assemblage de séquences par la technique du coup de fusil 173
  - La technique du coup de fusil a été utilisée avec succès pour le séquençage du génome de Haemophilus influenzae173
  - 6.2.2 Assemblage de séquences par la technique des clones adjacents 176
  - Des clones adjacents peuvent être construits pas à pas le long du chromosome, mais la méthode est laborieuse173
  - Nouvelles méthodes plus rapides pour l'assemblage des clones adjacents178
  - 6.2.3 Séquençage par la technique du coup de fusil sur génome entier 179
  - Caractéristiques clés de la méthode de séquençage par la technique du coup de fusil sur génome entier180
  - 6.3 Projets de séquençage du génome humain 181
  - 6.3.1 La cartographie génomique dans le projet Génome humain 181
  - 6.3.2 Séquençage du génome humain 182
  - 6.3.3 Projets Génome humain : l'avenir 182
  - Exercices 184
  - Chapitre 7 Analyse d'une séquence génomique 187
  - 7.1 Localisation des gènes dans une séquence de génome 188
  - 7.1.1 Localisation des gènes par inspection de la séquence 188
  - Les régions codantes des gènes sont des cadres ouverts de lecture189
  - La simple inspection d'ORF est moins efficace dans l'analyse de l'ADN des eucaryotes supérieurs189
  - Les recherches d'homologies donnent une dimension supplémentaire à l'inspection de séquence191
  - 7.1.2 Techniques expérimentales de localisation de gènes 191
  - Les analyses par hybridation permettent la mise en évidence d'une séquence transcrite192
  - Le séquençage d'ADNc permet de cartographier des gènes dans un fragment d'ADN192
  - Il existe des méthodes permettant la cartographie précise des extrémités des transcrits193
  - Les frontières exon-intron peuvent également être déterminées avec précision194
  - 7.2 Comment déterminer les fonctions des gènes 196
  - 7.2.1 Analyse par ordinateur 196
  - L'homologie est un reflet de l'évolution196
  - L'analyse d'homologies peut fournir des informations sur la fonction d'un gène entier ou seulement sur un segment de ce gène196
  - Recherche d'homologies dans le projet «génome» de la levure197
  - 7.2.2 Attribution d'une fonction à un gène par analyse expérimentale 198
  - Analyse fonctionnelle par inactivation d'un gène198
  - Les gènes peuvent être inactivés individuellement par recombinaison homologue198
  - Inactivation d'un gène sans recombinaison homologue199
  - Encadré 7.1 : L'effet de l'inactivation d'un gène sur le phénotype est parfois difficile à discerner 200
  - La surexpression d'un gène peut aussi permettre d'apprécier sa fonction200
  - Note de recherche 7.1 : Analyse du chromosome I de Caenorhabditis elegans par interférence d'ARN 202
  - 7.2.3 Étude détaillée de l'activité d'une protéine codée par un gène inconnu 204
  - La mutagenèse dirigée peut être utilisée pour tester la fonction d'un gène204
  - Note technique 7.1 : Mutagenèse dirigée 205
  - Les gènes reporters et l'immunocytochimie permettent de définir le lieu et le temps de l'expression d'un gène206
  - 7.3 Études de l'activité globale du génome 207
  - 7.3.1 Étude du transcriptome 207
  - Analyse de la composition d'un transcriptome par SAGE207
  - Utilisation de la technologie des puces d'ADN et des microarrays dans l'étude du transcriptome207
  - 7.3.2 Étude du protéome 208
  - La protéomique est la méthodologie qui permet de caractériser le contenu en protéine d'une cellule208
  - Identification des protéines qui interagissent entre elles211
  - Cartes d'interactions protéiques211
  - 7.4 Génomique comparée 213
  - 7.4.1 Génomique comparée comme aide à la cartographie des gènes 214
  - 7.4.2 Génomique comparée et études des maladies humaines 215
  - Exercices 217
  - Partie 3 Fonctionnement des génomes 219
  - Chapitre 8 Accès au génome 221
  - 8.1 À l'intérieur du noyau 222
  - 8.1.1 Architecture interne du noyau eucaryote 222
  - Encadré 8.1 : Accessibilité du génome procaryote 223
  - Note technique 8.1 : Retour de fluorescence après décoloration à la lumière (FRAP) 224
  - 8.1.2 Domaines de la chromatine 224
  - Les domaines fonctionnels sont limités par des séquences isolatrices226
  - Certains domaines fonctionnels contiennent des régions de contrôle227
  - 8.2 Modifications de la chromatine et expression du génome 228
  - 8.2.1 Activation du génome 228
  - Les modifications des histones déterminent la structure de la chromatine228
  - Influence du remodelage des nucléosomes sur l'expression individuelle des gènes229
  - 8.2.2 Inhibition du génome 231
  - La désacétylation des histones est l'un des mécanismes d'inhibition de l'expression du génome231
  - Encadré 8.2 : Modification de la chromatine par les protéines HMGN 231
  - Note de recherche 8.1 : Découvertes des méthyltransférases des mammifères 232
  - Inhibition du génome par méthylation de l'ADN234
  - Rôle de la méthylation dans l'empreinte génomique et l'inactivation du chromosome X235
  - Exercices 237
  - Chapitre 9 Assemblage du complexe d'initiation de la transcription 239
  - 9.1 Importance des protéines de liaison à l'ADN 241
  - 9.1.1 Localisation des sites de liaison à l'ADN sur un génome 242
  - Le retard à la migration sur gel permet d'identifier les fragments d'ADN qui lient des protéines242
  - Les analyses de protection définissent le site de liaison avec une plus grande précision242
  - La modification par interférence permet d'identifier les nucléotides les plus importants pour la liaison des protéines244
  - 9.1.2 Purification d'une protéine de liaison à l'ADN 245
  - 9.1.3 Étude de la structure des protéines et des complexes ADN-protéines 246
  - La cristallographie aux rayons X a de nombreuses applications pour l'analyse structurale246
  - La résonance magnétique nucléaire (IRM) fournit une information détaillée sur la structure des petites protéines248
  - 9.1.4 Caractéristiques particulières des protéines de liaison à l'ADN 248
  - Le motif hélice-tour-hélice (HTH) est présent dans les protéines procaryotes et eucaryotes249
  - Les doigts à zinc sont fréquents dans les protéines eucaryotes250
  - Encadré 9.1 : Motifs de liaison à l'ARN 250
  - Autres motifs de liaison à l'ADN251
  - Encadré 9.2 : La structure de l'hélice de reconnaissance d'une protéine permet-elle de prédire la spécificité de liaison à l'ADN ? 252
  - 9.1.5 Interaction entre l'ADN et ses protéines de liaison 252
  - Lecture directe de la séquence nucléotidique252
  - La séquence nucléotidique a des effets indirects sur la structure de l'hélice253
  - Contacts entre ADN et protéines253
  - 9.2 Interaction ADN-protéine pendant l'initiation de la transcription 254
  - 9.2.1 ARN polymérases 254
  - Encadré 9.3 : ARN polymérases des mitochondries et des chloroplastes 255
  - 9.2.2 Séquences de reconnaissance pour l'initiation de la transcription 255
  - Les ARN polymérases des bactéries se lient à des séquences promotrices255
  - Les promoteurs des eucaryotes sont plus complexes256
  - 9.2.3 Assemblage du complexe d'initiation de la transcription 257
  - Initiation de la transcription chez E. coli257
  - Initiation de la transcription par l'ARN polymérase II258
  - Encadré 9.4 : Initiation de la transcription chez les archéobactéries 258
  - Initiation de la transcription par les ARN polymérases I et III259
  - Note de recherche 9.1 : Ressemblance entre TFIID et l'octamère central des histones 260
  - 9.3 Régulation de l'initiation de la transcription 261
  - 9.3.1 Stratégie de contrôle de l'initiation de la transcription chez les bactéries 261
  - La structure du promoteur détermine le niveau de base de l'initiation de la transcription261
  - Régulation de l'initiation de la transcription chez les bactéries262
  - Encadré 9.5 : Cis et trans 263
  - 9.3.2 Contrôle de l'initiation de la transcription chez les eucaryotes 265
  - Activateur de l'initiation de la transcription chez les eucaryotes265
  - Contacts entre les activateurs et le complexe de pré-initiation266
  - Répresseurs de l'initiation de la transcription chez les eucaryotes266
  - Encadré 9.6 : Structure modulaire des promoteurs de l'ARN polymérase II 267
  - Contrôle de l'activité des activateurs et des répresseurs268
  - Exercices 271
  - Chapitre 10 Synthèse et maturation de l'ARN 273
  - 10.1 Synthèse et maturation de l'ARNm 274
  - 10.1.1 Synthèse de l'ARNm chez les bactéries 274
  - Phase d'élongation de la transcription bactérienne274
  - Terminaison de la transcription chez les bactéries275
  - Contrôle du choix entre élongation et transcription277
  - Note de recherche 10.1 : Structure de l'ARN polymérase bactérienne 278
  - Encadré 10.1 : Anti-terminaison au cours du cycle infectieux du bactériophage Lambda 280
  - 10.1.2 Synthèse de l'ARNm chez les eucaryotes par l'ARN polymérase II 283
  - La mise en place de la coiffe des transcrits de l'ARN polymérase II s'effectue immédiatement après l'initiation de la transcription283
  - Élongation des ARNm eucaryotes284
  - Terminaison de la synthèse d'ARNm et polyadénylation sont simultanées286
  - 10.1.3 Épissage des introns 287
  - Des séquences conservées indiquent les sites d'épissage des introns GU-AG288
  - Description de la voie d'épissage des introns GU-AG288
  - Les ARNsn et les protéines qui leur sont associées sont les principaux composants du système d'épissage289
  - L'épissage alternatif est fréquent chez les eucaryotes291
  - Les introns AU-AC ressemblent aux introns GU-AG mais ont besoin d'un système d'épissage différent294
  - 10.2 Synthèse et maturation des ARN non codants 295
  - 10.2.1 Élongation et terminaison des transcrits par les ARN polymérases I et III 295
  - 10.2.2 Réactions de coupure au cours de la maturation des ARNr et ARNt bactériens et eucaryotes 295
  - 10.2.3 Introns dans les trancrits primaires d'ARNr et d'ARNt eucaryotes 296
  - Les introns des transcrits primaires d'ARNr eucaryotes subissent un autoépissage296
  - Les introns des ARNt eucaryotes sont variables, mais sont tous épissés selon le même mécanisme298
  - 10.3 Maturation des transcrits primaires ARN par modifications chimiques 298
  - 10.3.1 Modifications chimiques des transcrits primaires d'ARNr 299
  - Encadré 10.2 : Autres types d'introns 302
  - 10.3.2 Édition de l'ARN 303
  - 10.4 Dégradation des ARNm 304
  - Encadré 10.3 : Formes complexes d'édition de l'ARN 305
  - 10.4.1 Les ARNm bactériens sont dégradés dans le sens 3'Vecteur5' 305
  - 10.4.2 Les mécanismes de dégradation des ARN sont plus diversifiés chez les eucaryotes 306
  - 10.5 Transport des ARN dans la cellule eucaryote 308
  - Exercices 310
  - Chapitre 11 Synthèse et maturation du protéome 313
  - 11.1 Rôle des ARNt dans la synthèse protéique 314
  - 11.1.1 Acylation des acides aminés : liaison des acides aminés aux ARNt 315
  - Tous les ARNt ont la même structure315
  - Les aminoacyl-ARNt synthétases fixent les acides aminés sur les ARNt316
  - 11.1.2 Interactions codon-anticodon : liaison des ARNt à l'ARNm 317
  - 11.2 Rôle du ribosome dans la synthèse protéique 319
  - 11.2.1 Structure du ribosome 321
  - Les techniques d'ultracentrifugation ont permis de mesurer la taille des ribosomes et de leurs composants321
  - Mise en évidence de la structure fine des ribosomes322
  - 11.2.2 Initiation de la traduction 323
  - L'initiation chez les bactéries se fait sur un site de liaison interne au ribosome324
  - Chez les eucaryotes, la coiffe et la queue poly(A) de l'ARNm sont les intermédiaires de l'initiation325
  - Initiation de la traduction chez les eucaryotes sans recherche du codon d'initiation328
  - Régulation de l'initiation de la traduction328
  - 11.2.3 Élongation de la traduction 328
  - Élongation chez les bactéries et les eucaryotes328
  - Décalage de cadre et autres événements inhabituels au cours de l'élongation330
  - Note de recherche 11.1 : La peptidyl transférase est une ribozyme 332
  - 11.2.4 Terminaison de la traduction 333
  - Encadré 11.1 : Traduction chez les archéobactéries 334
  - 11.3 Maturation post-traductionnelle des protéines 335
  - 11.3.1 Repliement des protéines 335
  - Toutes les protéines ne se replient pas spontanément dans un tube à essai335
  - Dans les cellules, des molécules chaperonnes facilitent le repliement337
  - 11.3.2 Maturation par coupure protéolytique 339
  - Coupure des extrémités des polypeptides339
  - Maturation protéolytique des polyprotéines339
  - 11.3.3 Maturation par modifications chimiques 340
  - 11.3.4 Intéines 342
  - 11.4 Dégradation des protéines 343
  - Exercices 346
  - Chapitre 12 Régulation de l'activité du génome 347
  - 12.1 Changements transitoires de l'activité du génome 350
  - 12.1.1 Transmission du signal par importation d'un composé extracellulaire 351
  - La lactoferrine est une protéine extracellulaire qui agit comme activateur de la transcription352
  - Certaines des molécules-signal importées dans la cellule modifient directement l'activité de facteurs protéiques préexistants352
  - Certaines molécules-signal modifient l'activité du génome indirectement354
  - 12.1.2 Transmission du signal par les récepteurs de la surface cellulaire 354
  - Transduction du signal ne comportant qu'une étape entre le récepteur et le génome356
  - Transduction du signal comportant plusieurs étapes entre le récepteur et le génome358
  - Transduction du signal par l'intermédiaire de deuxièmes messagers359
  - 12.2 Changements permanents ou semi-permanents de l'activité du génome 360
  - 12.2.1 Réarrangements du génome 360
  - Les types d'appariement des levures sont déterminés par conversion génique360
  - Les réarrangements du génome sont responsables de la diversité des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T361
  - 12.2.2 Changements de structure de la chromatine 362
  - 12.2.3 Régulation du génome par boucles de rétrocontrôle 363
  - Note de recherche 12.1 : Comment démêler une voie de transduction du signal 364
  - 12.3 Régulation de l'activité du génome pendant le développement 365
  - 12.3.1 Sporulation chez Bacillus 366
  - La sporulation implique la coordination des activités de deux types cellulaires distincts366
  - Des sous-unités Sigma particulières contrôlent l'activité du génome pendant la sporulation366
  - 12.3.2 Développement de la vulve chez Caenorhabditis elegans 369
  - C. elegans est un modèle de développement d'eucaryote multicellulaire369
  - Comment se détermine le destin d'une cellule au cours du développement de la vulve de C. elegans369
  - Note de recherche 12.2 : Lien entre réplication du génome et sporulation chez Bacillus 370
  - 12.3.3 Développement de Drosophila melanogaster 372
  - Les gènes à effet maternel établissent un gradient protéique dans l'embryon de la drosophile372
  - Une cascade d'expression de gènes convertit l'information positionnelle en un profil de segmentation374
  - L'identité des segments est définie par les gènes homéotiques375
  - Encadré 12.1 : Bases génétiques du développement des fleurs 375
  - Les gènes homéotiques sont une caractéristique universelle du développement des eucaryotes supérieurs376
  - Exercices 378
  - Partie 4 Réplication et évolution des génomes 381
  - Chapitre 13 Réplication du génome 383
  - 13.1 Problème topologique 384
  - 13.1.1 Preuve expérimentale du schéma de Watson-Crick de réplication de l'ADN 385
  - Expérience de Meselson-Stahl386
  - 13.1.2 Les ADN topoisomérases fournissent la solution du problème topologique 388
  - 13.1.3 Variations sur le thème semi-conservatif 389
  - 13.2 Mécanismes de la réplication 391
  - 13.2.1 Initiation de la réplication du génome 391
  - Initiation à l'origine de réplication de E. coli391
  - Les origines de réplication ont été clairement définies chez la levure392
  - Les origines de réplication sont plus difficiles à identifier chez les eucaryotes supérieurs393
  - 13.2.2 Phase d'élongation de la réplication 393
  - ADN polymérases des bactéries et des eucaryotes395
  - Synthèse du brin retardé (appelé aussi discontinu) et problème de l'amorçage396
  - Que se passe-t-il sur la fourche de réplication des bactéries ?397
  - Fourche de réplication chez les eucaryotes : variations sur le thème bactérien400
  - 13.2.3 Terminaison de la réplication 401
  - La réplication du génome de E. coli se termine dans une région définie402
  - La terminaison de la réplication chez les eucaryotes est mal connue403
  - Encadré 13.1 : Réplication du génome chez les archéobactéries 403
  - 13.2.4 Maintenance des extrémités de la molécule d'ADN linéaire 404
  - L'ADN télomérique est synthétisé par la télomérase405
  - La longueur des télomères est impliquée dans les mécanismes de sénescence et de cancer405
  - Encadré 13.2 : Télomères de Drosophila 408
  - 13.3 Régulation de la réplication du génome eucaryote 409
  - 13.3.1 Coordination entre réplication du génome et division cellulaire 409
  - La formation du complexe de pré-réplication permet à la réplication du génome de commencer409
  - Note de recherche 13.1 : Réplication du génome de la levure 410
  - Régulation de l'assemblage de pré-RC412
  - 13.3.2 Contrôle pendant la phase S 412
  - Origines de réplication précoce et tardive412
  - Points de contrôle au sein de la phase S413
  - Exercices 415
  - Chapitre 14 Mutation, réparation et recombinaison 417
  - Encadré 14.1 : Terminologie pour décrire les mutations ponctuelles 419
  - 14.1 Mutations 420
  - 14.1.1 Les causes des mutations 420
  - Les erreurs de réplication sont source de mutations ponctuelles420
  - Les erreurs de réplication peuvent aussi conduire à des insertions ou à des délétions423
  - Des mutations sont aussi produites par des agents mutagènes chimiques et physiques424
  - 14.1.2 Les effets des mutations 428
  - Les effets des mutations sur les génomes428
  - Note technique 14.1 : Détection des mutations 429
  - Effets des mutations sur les organismes multicellulaires431
  - Effets des mutations sur les microorganismes432
  - 14.1.3 Hypermutation et possibilité de mutations programmées 433
  - 14.2 Réparation de l'ADN 434
  - 14.2.1 Les systèmes de réparation directe ferment les brèches et corrigent certaines modifications des nucléotides 434
  - Note de recherche 14.1 : Mutations programmées ? 435
  - 14.2.2 Réparation par excision 437
  - L'excision de base peut réparer de nombreuses formes de nucléotides lésés437
  - La réparation par excision de nucléotides est utilisée pour réparer des dommages plus étendus437
  - 14.2.3 Réparation des mésappariements : correction des erreurs de réplication 440
  - 14.2.4 Réparations des coupures sur l'ADN double brin 441
  - 14.2.5 Contournement des lésions de l'ADN au cours de la réplication du génome 442
  - 14.2.6 Les défauts de la réparation de l'ADN sont causes de maladies humaines, notamment de cancers 444
  - 14.3 Recombinaison 444
  - 14.3.1 Recombinaison homologue 444
  - Le modèle Holliday de recombinaison homologue445
  - Protéines participant à la recombinaison homologue chez E. coli446
  - Le modèle de brèche double brin pour la recombinaison chez la levure447
  - Encadré 14.2 : Les voies de recombinaison RecE et RecF chez Escherichia coli 447
  - 14.3.2 Recombinaison spécifique de site 448
  - L'intégration de l'ADN Lambda dans le génome de E. coli nécessite une recombinaison spécifique de site448
  - 14.3.3 Transposition 450
  - Encadré 14.3 : Méthylation de l'ADN et transposition 450
  - Transposition réplicative et conservative des transposons d'ADN451
  - La transposition de rétroéléments454
  - Exercices 546
  - Chapitre 15 Comment les génomes évoluent 459
  - 15.1 Génomes : les premiers 10 milliards d'années 460
  - 15.1.1 Les origines des génomes 460
  - Les premiers systèmes biologiques étaient centrés sur l'ARN461
  - Les premiers génomes d'ADN462
  - En quoi la vie est-elle unique ?463
  - 15.2 Acquisition de nouveaux gènes 465
  - 15.2.1 Acquisition de nouveaux gènes par duplication de gènes 465
  - Les duplications de génomes entiers peuvent provoquer des augmentations brutales du nombre de gènes465
  - Note de recherche 15.1 : Duplications segmentaires dans les génomes de l'homme et de la levure 468
  - Les duplications de gènes individuels ou de groupes de gènes sont survenues fréquemment dans le passé470
  - Encadré 15.1 : Duplication de gène et redondance génétique 471
  - L'évolution du génome se fait aussi par des réarrangements des gènes existants472
  - 15.2.2 Acquisition de nouveaux gènes à partir d'autres espèces 473
  - 15.3 ADN non codant et évolution du génome 476
  - 15.3.1 Éléments transposables et évolution du génome 476
  - Encadré 15.2 : L'origine d'un microsatellite 476
  - 15.3.2 L'origine des introns 477
  - «Introns anciens» et «introns tardifs» : deux hypothèses en compétition477
  - Les données actuelles ne réfutent aucune de ces hypothèses478
  - Encadré 15.3 : Rôle de l'ADN non codant 479
  - 15.4 Le génome humain : les derniers 5 millions d'années 479
  - Exercices 482
  - Chapitre 16 Phylogénétique moléculaire 483
  - 16.1 Les origines de la phylogénétique moléculaire 484
  - Encadré 16.1 : Phénétique et cladistique 486
  - 16.2 La reconstruction des arbres phylogénétiques à partir de l'ADN 487
  - 16.2.1 Principales caractéristiques des arbres phylogénétiques construits à partir de l'ADN 487
  - Les arbres de gènes ne sont pas équivalents aux arbres d'espèces488
  - Encadré 16.2 : Terminologie pour la phylogénétique moléculaire 488
  - 16.2.2 Reconstruction d'un arbre 489
  - L'alignement des séquences est le préliminaire essentiel de la reconstruction de l'arbre490
  - Passer d'un alignement à un arbre phylogénétique491
  - Note technique 16.1 : Analyse phylogénétique 491
  - Comment on vérifie l'exactitude d'un arbre493
  - Les horloges moléculaires permettent d'estimer l'âge des séquences ancestrales493
  - 16.3 Les applications de la phylogénétique moléculaire 494
  - 16.3.1 Exemples d'utilisation des arbres phylogénétiques 494
  - La phylogénétique de l'ADN a permis de mieux comprendre les relations entre les hommes et les autres primates494
  - L'origine du SIDA495
  - 16.3.2 La phylogénétique moléculaire permet l'étude de la préhistoire humaine 496
  - Les études intraspécifiques nécessitent des loci très variables496
  - Les origines des hommes actuels - venus d'Afrique ou pas ?496
  - Encadré 16.3 : Les gènes dans la population 497
  - Les voies des migrations plus récentes en Europe sont aussi controversées498
  - Note de recherche 16.1 : ADN et Néandertal 499
  - Migrations humaines préhistoriques vers le Nouveau Monde502
  - Exercices 504
  - Appendice 507
  - Rester à jour 507
  - Rester à jour en lisant la littérature 507
  - Rester à jour grâce l'Internet 507
  - Glossaire 511
  - Index 551
Origine de la notice:
- FR-751131015 ;
- Electre