Les micro-organismes
Du gène à la biosphère
Yves Dupuy/Paul Nougier
Ellipses
Introduction
11
Chapitre 1 Organisation des micro-organismes13
I. Interfaces avec l'environnement13
A. Plasmalemme, frontière cellulaire13
1. Sa structure chez les micro-organismes eucaryotes13
2. Sa structure chez les Procaryotes15
3. Caractéristiques et échanges avec le milieu de vie18
B. Des interfaces spécialisées19
1. Paroi des Bactéries19
2. Paroi des Eucaryotes20
3. Capside et enveloppe des Virus et Bactériophages23
II. Compartimentation cellulaire25
A. Un début de compartimentation chez les Procaryotes25
1. Un seul grand compartiment en général25
2. Une compartimentation ébauchée chez certaines Bactéries26
B. Compartimentation et le partage du travail chez les Eucaryotes26
Chapitre 2 Mise en évidence de la nature
et des caractères de l'information génétique29
I. L'ADN, support chimique de l'information génétique29
A. Mise en évidence chez les Procaryotes29
1. Expérience de Griffith (1928)29
2. Expériences de Avery, Mac Leod et Mac Carthy30
B. Mise en évidence chez les Bactériophages31
Conclusion32
II. Structure et propriétés de l'ADN32
A. Structure en double helice de l'ADN32
1. Approche historique32
2. Modèle B de l'ADN d'après Watson et Crick34
3. Des structures alternatives pour la molécule d'ADN34
B. Une molécule remarquablement stable34
1. Matériel hautement spécifique34
2. Stabilité biochimique35
III. Localisation de l'information génétique36
A. Nature et localisation dans le cas des Virus et des Procaryotes36
1. Matériel génétique des Virus et des Bactériophages36
2. Matériel génétique des Procaryotes36
B. Matériel génétique des Eucaryotes37
1. Matériel génétique nucléaire37
2. Information génétique extra-nucléaire44
Chapitre 3 Micro-organismes et transmission conforme
de l'information génétique47
I. Micro-organismes et la réplication de L'ADN47
A. Expériences de Meselson et Stahl (1958)47
B. Mécanisme de la réplication chez Bactéries et Virus48
1. Brin meneur et brin suiveur (Cairns 1963)48
2. Réplisome50
3. Régulation51
C. Mécanisme de la réplication chez les Eucaryotes52
II. Modalités de la transmission conforme54
A. Modalités chez les Phages et Virus54
1. Phages et Virus à ADN54
2. Virus à ARN57
B. Division cellulaire des Procaryotes57
C. Mitose astrale ou non astrale des Eucaryotes58
1. Mitose permet d'observer les chromosomes58
2. Déroulement en continu et phases reconnaissables58
3. Condensation du matériel génétique61
4. Matériel cinétique en jeu61
5. Séparation en deux cellules filles64
III. Contrôle de la transmission66
A. Contrôle extra-cellulaire66
B. Contrôle intracellulaire66
1. Mise en évidence66
2. Molécules du contrôle67
3. Contrôle du cycle cellulaire67
Chapitre 4 Micro-organismes et dynamisme du génome ;
la transmission non conforme
de l'information génétique69
I. Variations brutales du génome : les mutations69
A. Mise en évidence des mutations69
1. Observation de mutations69
2. Techniques de révélation69
B. Déclenchement d'une mutation70
1. Mutations spontanées70
2. Mutations induites71
C. Ampleur variable de la modification72
1. Localisation72
2. Taux de mutation72
D. Conséquences plus ou moins importantes73
1. Mutations contresens, mutations non-sens73
2. Retour au phénotype d'origine73
3. Cas plus complexe des Diploïdes75
E. Intérêts des mutations75
1. Intérêt pour le micro-organisme75
2. Intérêt pour l'Homme75
II. Évolution du génome par transfert de matériel génétique76
A. Transposition76
B. Transformation bactérienne79
C. Conjugaison80
1. Conjugaison bactérienne80
2. Conjugaison des Ciliés85
D. Transduction virale86
1. Transduction généralisée86
2. Transduction spécialisée88
III. Recombinaison génétique avec réduction chromosomique :
méiose des Eucaryotes90
A. Prophase, phase longue et essentielle90
B. Processus assurant la réduction chromatique92
C. Brassage génétique93
1. Brassage chromosomique, l'intérêt des micro-organismes93
2. Brassage intrachromosomique94
3. Brassage interchromosomique99
4. Cartographie génique101
Chapitre 5 Micro-organismes
et expression de l'information génétique107
I. Relation gène-protéine107
A. Postulat de Beadle et Tatum (1940) ; notion de gène unité de fonction107
1. Test trophique107
2. Test de complémentation109
B. Test d'allélisme et notion de cistron110
1. Test d'allélisme et la recombinaison intragénique110
2. Notion de cistron111
II. Effecteurs de l'expression112
A. Intervention des ARN112
1. Mise en évidence112
2. ARN messagers, ARN de transfert et code génétique113
B. Intervention des ribosomes116
1. Mise en évidence de leur intervention116
2. Caractéristiques des ribosomes118
C. Machinerie enzymatique119
III. Mécanismes fondamentaux de l'expression du gène120
A. Transcription : synthèse des ARN120
1. Mise en évidence de la synthèse120
2. Étapes de la synthèse122
3. ARN messager127
B. Traduction ou la synthèse des protéines129
1. Initiation129
2. Élongation130
3. Terminaison132
4. Localisation de la traduction et devenir des protéines133
IV. Régulation136
A. Contrôle global136
1. Transduction d'un signal136
2. Importance de ces systèmes137
B. Régulation de la transcription137
1. Régulation négative, régulation positive137
2. Atténuation142
3. Protéines et mécanismes régulateurs144
C. Différents niveaux de régulation146
1. Lors de la transcription-traduction147
2. Au niveau des protéines148
Chapitre 6 Micro-organismes, génie génétique
et biotechnologies149
I. Principe du génie génétique149
II. Contribution des micro-organismes au génie génétique150
A. Fourniture de différentes enzymes utilisables150
1. Caractéristiques des enzymes de restriction150
2. Mécanismes d'action des enzymes de restriction150
3. Utilisation des enzymes de restriction152
4. Autres enzymes importantes153
B. Fourniture de vecteurs et insertion dans les cellules hôtes154
1. Exemple du plasmide pBR 322154
2. Vecteurs utilisables156
3. Cellules hôtes utilisées et contrôle de leur transformation158
C. Origine de l'ADN étudié et difficultés rencontrées160
1. Gènes naturels et gènes de synthèse160
2. Difficultés rencontrées161
III. Applications du génie génétique162
A. Intérêt en recherche fondamentale162
1. Présentation générale162
2. Connaissance de l'organisation de l'information génétique162
3. Cartographie de restriction et existence de régulation de l'expression165
B. Génie génétique et biotechnologies166
1. Applications dans le domaine de la santé167
2. Applications dans le domaine agroalimentaire168
3. Applications en chimie industrielle168
4. Applications dans le domaine de l'environnement169
C. Génie génétique, technologie controversée169
1. Risques invoqués169
2. Des alternatives ?170
3. Une technologie puissante hautement contrôlée171
IV. Micro-organismes et autres biotechnologies171
A. Principes des biotechnologies microbiennes171
1. Propriétés des micro-organismes171
2. Croissance des populations et formation des produits172
3. Caractéristiques des fermentations en grand173
B. Diversité des produits utilisables obtenus par biotechnologie173
1. Dans le domaine de la santé173
2. Dans le domaine alimentaire173
3. Dans le domaine agricole et industriel175
C. Épuration biologique et dépollution176
1. Traitement des effluents176
2. Dépollution178
Chapitre 7 Importance des micro-organismes dans la biosphère179
I. Besoins des micro-organismes, diversité des métabolismes179
A. La Glycolyse anaérobie et les fermentations180
B. De l'hétérotrophie primitive à l'autotrophie182
1re voie : réaction chimique source d'énergie : la chimiosynthèse182
a. La chimio-organotrophie
183
b. La chimiolitotrophie
184
2e voie : la lumière source d'énergie : la photosynthèse190
a. La photophosphorylation sans chlorophylle
des Bactéries halophiles
190
b. Les premières photosynthèses, un seul photosystème
191
c. Les photosynthèses sensu stricto, deux photosystèmes193
C. Respiration aérobie194
D. Micro-organismes diazotrophes195
1. Enzyme de fixation, la nitrogénase196
2. Cyanobactéries : des autotrophes pour C et pour N197
a. Activité des Cyanobactéries à hétérocystes
198
b. Activité des Cyanobactéries sans hétérocystes
198
E. Conclusion200
II. Micro-organismes dans la biosphère202
A. Production de matière organique202
1. Producteurs202
2. Initiation de chaînes trophiques203
a. Les chaînes trophiques d'origine photosynthétique
203
b. Une chaîne trophique d'origine chimiosynthétique
208
B. Consommation de matière organique210
C. Décomposition de la matière organique et minéralisation des sols212
1. Étude d'un exemple :
décomposition d'une feuille morte tombée sur le sol212
a. Colonisation par la microflore mycélienne
212
b. Enfouissement et fragmentation par les animaux détritivores :
Lombrics, Vers, Cloportes, Collemboles, Myriapodes...
212
c. Décomposition de la matière organique
et minéralisation primaire rapide
213
d. Minéralisation secondaire lente et humification
214
e. Formation du complexe argilo-humique
214
2. Généralisation214
III. Associations entre micro-organismes et autres Êtres vivants216
A. Aide à la production primaire217
1. Bactéries symbiotes des Légumineuses217
a. La formation des nodosités
217
b. Le mécanisme de fixation de l'azote atmosphérique
218
c. La notion de symbiose
219
2. Mycorhizes221
a. Morphologie d'une ectomycorhize
221
b. Rôle physiologique
221
3. Lichens222
B. Aide à la consommation ou production secondaire223
1. Symbiose entre Zooxanthelles et Madrépores223
2. Symbiose entre Micro-organismes et Ruminants225
a. Anatomie et fonctionnement de la panse, rumination
225
b. Caractères physico-chimiques du rumen
225
c. Les rôles des micro-organismes
226
d. Relations métabolique entre micro-organismes et Ruminants
226
C. Nuisances aux Êtres vivants, le parasitisme228
1. Exemple de Bactérie pathogène : Agrobacterium tumefaciens228
2. Exemple de Champignon parasite : Plasmopara viticola230
a. Mycélium et nutrition
231
b. Sporocystes, spores et dissémination de l'espèce
231
c. L'oeuf et la pérennité de l'espèce
232
3. Deux exemples de Protozoaires parasites de l'Homme233
a. L'agent de la maladie du sommeil, le Trypanosome
233
b. L'agent du paludisme, le Plasmodium240
4. Un exemple de maladie virale, la Mosaïque du Tabac245
a. Structure du VMT
245
b. Caractères de la maladie
245
c. Infection virale et dissémination
246
d. Multiplication du Virus
247
e. Les moyens de protection
248
Bibliographie251
Index253