Bio-informatique moléculaire : une approche algorithmique

Traduction de : Computational molecular biology : an algorithmic approach

Auteur(s) :

Pevzner, Pavel A. Découvrir l'auteur

Résumé

Présentation des traitements algorithmiques et combinatoires de questions issues de la bio-informatique moléculaire et de la biotechnologie : cartes génétiques, comparaison de séquences et d'alignement, puces à ADN, réarrangement génomique.

Contributeur(s)
- Hachez, Delphine. Traducteur
Éditeur(s)
- Springer
Date
- DL 2006
Notes
- Bibliogr. p. 281-308. Index
Langues
- Français
- , traduit de : Anglais
Description matérielle
- 1 vol. (XV-314 p.) : ill., couv. ill. en coul. ; 24 cm
Collections
- Collection IRIS
Titre(s) en relation
- Computational molecular biology : an algorithmic approach
Sujet(s)
ISBN
- 2-287-33908-6
Indice
- 577.5 Biologie moléculaire
Quatrième de couverture
- Bio-informatique moléculaire
  Une approche algorithmique
  Cet ouvrage est la traduction française d'un texte désormais considéré comme une référence dans le domaine émergent de la bio-informatique moléculaire. Pavel A. Pevzner y traite des cartes génétiques, du problème de comparaison de séquences et d'alignement en passant par les puces à ADN et le réarrangement génomique. Il couvre ainsi une grande variété de thèmes relatifs aux traitements algorithmiques et combinatoires de questions issues de la bio-informatique moléculaire et de la bio-technologie.
  Évitant, dans la mesure du possible, les considérations théoriques et les formules complexes, l'exposé privilégie la présentation des notions de biologie et d'algorithmique qui interviennent de manière fondamentale dans les méthodes étudiées.
  Le contenu de cet ouvrage devient donc accessible aux spécialistes de l'informatique qui n'ont pas de formation spécifique en biologie comme aux biologistes ayant des connaissances limitées en informatique.
Tables des matières
- - Bio-informatique moléculaire
  - Une approche algorithmique
  - Delphine Hachez
  - Pavel A. Pevzner
  - Springer
  - Préfacev
  - 1 Recherche en génétique1
  - 1.1 Introduction1
  - 1.2 Cartographie génétique1
  - 1.3 Cartographie physique5
  - 1.4 Séquençage8
  - 1.5 Recherche de similitudes10
  - 1.6 Prédiction génétique12
  - 1.7 Analyse de mutations14
  - 1.8 Comparaison génomique14
  - 1.9 Protéomique17
  - 2 Cartographie de restriction21
  - 2.1 Introduction21
  - 2.2 Problème de la double digestion24
  - 2.3 Solutions multiples au problème de la double digestion24
  - 2.4 Cycles alternés dans les graphes coloriés27
  - 2.5 Transformations de cycles eulériens alternés29
  - 2.6 Cartes physiques et cycles eulériens alternés32
  - 2.7 Problème de la digestion partielle35
  - 2.8 Ensembles homométriques37
  - 2.9 Quelques autres problèmes et approches39
  - 2.9.1 Cartographie optique39
  - 2.9.2 Cartographie de la digestion partielle sondée40
  - 3 Assemblage de cartes41
  - 3.1 Introduction41
  - 3.2 Cartographie avec sondes non uniques46
  - 3.3 Cartographie avec sondes uniques50
  - 3.4 Graphes d'intervalles51
  - 3.5 Cartographie avec empreintes de fragments de restriction54
  - 3.6 Quelques autres problèmes et approches56
  - 3.6.1 Statistique de Lander-Waterman56
  - 3.6.2 Criblage de banques de clones57
  - 3.6.3 Cartographie par hybrides d'irradiation57
  - 4 Séquençage59
  - 4.1 Introduction59
  - 4.2 Chevauchement, agencement et consensus61
  - 4.3 Shotgun avec séquençage des deux extrémités d'un même insert63
  - 4.4 Quelques autres problèmes et approches64
  - 4.4.1 Problème de la plus courte super-chaîne64
  - 4.4.2 Phase d'achèvement du séquençage d'ADN64
  - 5 Puces à ADN67
  - 5.1 Introduction67
  - 5.2 Séquençage par hybridation69
  - 5.3 SBH et problème de la plus courte super-chaîne70
  - 5.4 SBH et problème du chemin eulérien73
  - 5.5 Probabilité d'une reconstruction de séquence unique76
  - 5.6 Réarrangements de chaînes78
  - 5.7 Cycles eulériens 2-optimaux82
  - 5.8 Séquençage positionnel par hybridation84
  - 5.9 Construction de puces à ADN85
  - 5.10 Puissance de résolution des puces à ADN87
  - 5.11 Puces multisondes contre puces uniformes88
  - 5.12 Fabrication de puces à ADN90
  - 5.13 Quelques autres problèmes et approches93
  - 5.13.1 SBH avec des bases universelles93
  - 5.13.2 SBH adaptatif93
  - 5.13.3 Séquençage shotgun de style SBH94
  - 5.13.4 Sondes de fidélité pour les puces à ADN94
  - 6 Comparaison de séquences95
  - 6.1 Introduction95
  - 6.2 Problème du plus long sous-mot commun97
  - 6.3 Alignement de séquences100
  - 6.4 Alignement de séquences local100
  - 6.5 Alignement avec pénalité de brèche102
  - 6.6 Alignement de séquences efficace en espace103
  - 6.7 Tableaux de Young104
  - 6.8 Longueur moyenne des plus longues sous-séquences communes108
  - 6.9 Alignement de séquences généralisé et dualité111
  - 6.10 Approche primale-duale de la comparaison de séquences114
  - 6.11 Alignement de séquences et programmation en nombres entiers116
  - 6.12 Appariement de chaînes approximatif116
  - 6.13 Recherche d'une séquence dans une base de données118
  - 6.14 Filtrage multiple119
  - 6.15 Quelques autres problèmes et approches121
  - 6.15.1 Alignement de séquences paramétrique121
  - 6.15.2 Statistiques d'alignement et transition de phase122
  - 6.15.3 Alignement de séquences sous-optimal122
  - 6.15.4 Alignement avec duplications en tandem123
  - 6.15.5 Résultats de la recherche dans des bases de données passées au crible123
  - 6.15.6 Distance statistique entre des textes123
  - 6.15.7 Repliement de l'ARN124
  - 7 Alignement multiple125
  - 7.1 Introduction125
  - 7.2 Score d'un alignement multiple127
  - 7.3 Assemblage d'alignements par paires128
  - 7.4 Algorithme d'approximation pour des alignements multiples129
  - 7.5 Assemblage de l-alignements130
  - 7.6 Matrices de points et reconstruction d'images132
  - 7.7 Alignement multiple via la multiplication de matrices de points133
  - 7.8 Quelques autres problèmes et approches134
  - 7.8.1 Alignement multiple par arbres évolutifs134
  - 7.8.2 Coupure des coins dans les graphes d'édition135
  - 8 Trouver des signaux dans l'ADN137
  - 8.1 Introduction137
  - 8.2 Edgar Allan Poe et la linguistique de l'ADN139
  - 8.3 Meilleur pari pour les naïfs141
  - 8.4 Équation de Conway142
  - 8.5 Mots fréquents dans l'ADN145
  - 8.6 Analyse des mots consensus147
  - 8.7 Îlots CG et le « casino équitable »148
  - 8.8 Modèles de Markov cachés149
  - 8.9 Le casino d'Elkhorn et l'estimation des paramètres HMM151
  - 8.10 Alignement de profils HMM152
  - 8.11 Échantillonnage de Gibbs154
  - 8.12 Quelques autres problèmes et approches155
  - 8.12.1 Trouver des signaux avec trous155
  - 8.12.2 Trouver des signaux dans des échantillons avec des fréquences truquées155
  - 8.12.3 Choix de l'alphabet dans la découverte de signaux156
  - 9 Prédiction génétique157
  - 9.1 Introduction157
  - 9.2 Approche statistique pour la prédiction génétique159
  - 9.3 Approche fondée sur la similitude pour la prédiction génétique161
  - 9.4 Alignement épissé162
  - 9.5 Découverte de gènes inversée et localisation d'exons dans l'ADNc171
  - 9.6 Le jeu des vingt questions avec les gènes173
  - 9.7 Épissage alternatif et cancer174
  - 9.8 Quelques autres problèmes et approches177
  - 9.8.1 Modèles de Markov cachés pour la prédiction génétique177
  - 9.8.2 Prédiction génétique bactérienne177
  - 10 Réarrangements génomiques179
  - 10.1 Introduction179
  - 10.2 Le graphe des points de rupture191
  - 10.3 Permutations « difficiles à trier »192
  - 10.4 Espérance de la distance d'inversion194
  - 10.5 Permutations signées196
  - 10.6 Graphes de chevauchements et obstacles197
  - 10.7 Transformations équivalentes de permutations200
  - 10.8 Recherche d'inversions solides205
  - 10.9 Franchissement des obstacles209
  - 10.10 Théorème de dualité pour la distance d'inversion214
  - 10.11 Algorithme de tri par inversions218
  - 10.12 Transformation d'hommes en souris219
  - 10.13 Coiffage de chromosomes224
  - 10.14 Coiffes et queues226
  - 10.15 Théorème de dualité pour la distance génomique229
  - 10.16 Duplications génomiques230
  - 10.17 Quelques autres problèmes et approches234
  - 10.17.1 Réarrangements génomiques et études phylogénétiques234
  - 10.17.2 Algorithme rapide pour le tri par inversions234
  - 11 Protéomique informatique235
  - 11.1 Introduction235
  - 11.2 Le problème du séquençage peptidique237
  - 11.3 Graphes spectraux238
  - 11.4 Apprentissage d'ion-types242
  - 11.5 Score des chemins dans les graphes spectraux244
  - 11.6 Chemins anti-symétriques et séquençage peptidique246
  - 11.7 Le problème de l'identification peptidique247
  - 11.8 Circonvolution spectrale247
  - 11.9 Alignement spectral249
  - 11.10 Alignement de peptides contre des spectres252
  - 11.11 Quelques autres problèmes et approches254
  - 11.11.1 De la protéomique à la génomique254
  - 11.11.2 Analyse protéique à grande échelle254
  - 12 Problèmes255
  - 12.1 Introduction255
  - 12.2 Cartographie de restriction255
  - 12.3 Assemblage de cartes258
  - 12.4 Séquençage260
  - 12.5 Puces à ADN261
  - 12.6 Comparaison de séquences263
  - 12.7 Alignement multiple268
  - 12.8 Trouver des signaux dans l'ADN269
  - 12.9 Prédiction génétique270
  - 12.10 Réarrangements génomiques271
  - 12.11 Protéomique informatique274
  - Annexe : introduction à la biologie moléculaire277
  - Bibliographie281
  - Index309
Origine de la notice:
- BNF