Bactériologie médicale Techniques usuelles
François Denis/Marie-Cécile Ploy/Christian Martin/Édouard Bingen/Roland Quentin
Elsevier Masson
Liste des collaborateurs
V
Abréviations
IX
Introduction
XV
Partie I
Technologies générales
Chapitre 1 Remarques liminaires
3
F. Denis
Chapitre 2 Démarche de l'examen
bactériologique
5
P. Lanotte, L. Mereghetti, R. Quentin
Prélèvements
5
Schéma de la démarche
5
Examen microscopique
5
Culture et isolement des bactéries
13
Tests biochimiques utilisés dans
l'identification des bactéries
20
Chapitre 3 Diagnostic rapide
en bactériologie par recherche
d'antigènes
35
F. Denis, M.-C. Ploy
Antigènes recherchés
35
Techniques utilisées
35
Trousses commerciales
37
Conclusion
41
Chapitre 4 Biologie moléculaire :
application à la détection, à
l'identification et au génotypage
43
F. Garnier, C. Burucoa, P. Lanotte
Organisation d'un laboratoire
de biologie moléculaire
43
Principes de la biologie moléculaire
44
Applications de la biologie moléculaire
en bactériologie médicale
54
Typage génétique des bactéries
59
Précautions
61
Évolutions
62
Chapitre 5 Automatisation
et laboratoire de bactériologie
65
C. Martin, F. Garnier
Généralités
65
Automates de coloration
65
Automates de cytologie urinaire
et de détection de la bactériurie
67
Gestion des hémocultures
67
Automates d'identification
et d'antibiogramme
67
Automates de détection des mycobactéries
et étude de la sensibilité
aux antibiotiques
70
De l'automate d'ensemencement à la chaîne
robotisée
73
Perspectives et conclusions
73
Chapitre 6 Stérilisation
75
A. Cubertafond, M. Mounier, F. Denis
Indications
75
Définitions
75
Étapes préliminaires
de la stérilisation
75
Autres méthodes de stérilisation
78
Chapitre 7 Informatique
et laboratoire de bactériologie
79
C. Martin
Généralités
79
Gestion du laboratoire
79
Logiciels d'épidémiologie
84
Chapitre 8 Internet et bactériologie
médicale
87
A. Philippon
Introduction
87
Quelles informations rechercher ?
87
Choix d'un méta-moteur de recherche
87
Carnet d'adresses
88
Conclusion
89
Chapitre 9 Sécurité biologique
au laboratoire de bactériologie
91
M. Mounier, N. Hidri, M.-C. Ploy, F. Denis
Risque infectieux
91
Conception du laboratoire
95
Protections individuelles
99
Gestes de routine
101
Risques particuliers : biologie
moléculaire, organismes
génétiquement modifiés (OGM)
101
Gestion des déchets
103
Conclusion
104
Chapitre 10 L'accréditation
au laboratoire de bactériologie
109
N. Hidri, V. Marzuck
Généralités
109
Particularités de la bactériologie
113
Conclusion
115
Chapitre 11 Rôle du laboratoire dans
le dépistage des porteurs de germes
à potentiel infectieux ou
multirésistants (staphylocoques,
salmonelles, Clostridium difficile,
BMR, ERV, etc.)
117
O. Barraud, N. Pestourie
Introduction
117
Germes à potentiel infectieux
ou multirésistants
117
Politique de dépistage
118
Outils de dépistage
119
Conduite à tenir du biologiste
devant la détection d'une BMR
127
Chapitre 12 Microbiologie
en post mortem
129
F. Denis, C. Piva, M. Mounier
Flore bactérienne ante mortem
et post mortem
129
Diagnostic microbiologique sur cadavre
131
Cas particulier de la mort «subite»
du nourrisson et de l'enfant
132
Précautions à respecter lors de la
conservation des corps des autopsies
et de la mise en bière
132
Conclusion
132
Partie II
Étude bactériologique des
produits pathologiques
Chapitre 13 Généralités
137
F. Denis
Chapitre 14 Hémocultures
139
F. Garnier, F. Denis
Vitalité des corps bactériens dans les
flacons d'hémocultures
139
Milieux d'hémocultures
139
Systèmes
140
Prélèvements
141
Traitement des flacons
ensemencés
144
Interprétation
145
Chapitre 15 Endocardites
149
P. Parize, J.-L. Mainardi
Introduction
149
Micro-organismes
149
Physiopathologie
151
Diagnostic
152
Traitement
154
Conclusion
156
Chapitre 16 Diagnostic bactériologique
et suivi biologique des méningites
bactériennes
159
P. Mariani-Kurkdjian, E. Bingen
Prélèvement de LCR
159
Démarche diagnostique
159
Autres examens biologiques
165
Chapitre 17 Analyse bactériologique
des selles
167
P. Mariani-Kurkdjian, E. Bingen
Introduction
167
Prélèvements
167
Démarche diagnostique
168
Chapitre 18 Examen cytobactériologique
des urines (ECBU)
179
S. Bonacorsi
Données physiopathologiques
179
Prélèvement et acheminement
179
Techniques d'analyse
au laboratoire
180
Interprétation des urocultures
184
Contextes particuliers
186
Chapitre 19 Examens bactériologiques
des sécrétions trachéobronchiques
(hors mycobactéries)
189
C. Martin, F. Garnier, M.-C. Ploy, F. Denis
Introduction
189
Rappels anatomocliniques
189
Pathogenèse
190
Diagnostic bactériologique direct
190
Diagnostic bactériologique indirect
194
Cas particuliers de la mucoviscidose
194
Conclusion
197
Chapitre 20 Analyse cytobactériologique
des pus
199
M.-C. Ploy, F. Denis
Introduction
199
Rappel anatomoclinique
199
Pathogenèse
199
Diagnostic bactériologique direct
199
Chapitre 21 Analyse bactériologique
des matériels
205
M.-C. Ploy
Introduction
205
Rappel anatomoclinique
205
Pathogenèse
205
Diagnostic bactériologique
direct
205
Chapitre 22 Liquides d'épanchement
209
M.-C. Ploy, C. Martin
Introduction
209
Rappels anatomopathologiques
209
Pathogenèse
209
Diagnostic bactériologique
direct
210
Chapitre 23 Prélèvements de la sphère
oropharyngée
215
P. Mariani-Kurkdjian, E. Bingen
Prélèvements pharyngés
215
Prélèvements auriculaires
218
Prélèvements nasal et rhinopharyngé,
pus de sinus
219
Chapitre 24 Infections oculaires
223
F. Denis, M.-C. Ploy, M. Mounier
Introduction
223
Rappel anatomoclinique
223
Diagnostic bactériologique
224
Conclusion
227
Chapitre 25 Prélèvements génitaux
chez l'homme
229
L. Mereghetti, P. Lanotte, R. Quentin
Introduction
229
Ulcérations génitales
229
Urétrites
232
Prostatites, épididymites
et orchiépididymites
235
Rôle du laboratoire dans la surveillance
de l'infection
236
Chapitre 26 Prélèvements génitaux
chez la femme
237
R. Quentin, P. Lanotte, L. Mereghetti
Introduction
237
Rappel anatomoclinique
237
Pathogenèse
239
Diagnostic bactériologique
240
Conclusion
253
Chapitre 27 Prélèvements
chez le nouveau-né
255
R. Quentin
Introduction
255
Rappel clinique
255
Pathogénie
255
Diagnostic bactériologique direct
257
Chapitre 28 Prélèvements
bactériologiques et assistance
médicale à la procréation
265
L. Mereghetti, P. Lanotte, R. Quentin
Introduction
265
Diagnostic bactériologique direct
chez l'homme
265
Diagnostic bactériologique direct
chez la femme
266
Diagnostic bactériologique indirect
267
Contrôle des milieux de culture
267
Chapitre 29 Incidents transfusionnels
d'origine bactérienne :
rôle du laboratoire
269
F. Garnier, F. Denis
Épidémiologie des accidents bactériens
269
Prise en charge de la poche au laboratoire
269
Prélèvement
270
Examen microscopique
270
Mise en culture
270
Résultats
271
Espèces bactériennes incriminées
271
Conclusion
274
Chapitre 30 Contrôle microbiologique
des tissus et des cellules à usage
thérapeutique
275
F. Garnier, M. Drouet, F. Denis
Produits thérapeutiques d'origine humaine
275
Étapes du procédé de production des
produits humains à usage thérapeutique
275
Contrôles microbiologiques
278
Partie III
Identification et
systématique bactérienne
Chapitre 31 Orientation générale
283
M.-C. Ploy, F. Denis
Chapitre 32 Cocci à Gram positif
287
F. Garnier, F. Denis
Famille des Micrococcaceae
287
Famille des Streptococcaceae
299
Chapitre 33 Cocci à Gram négatif
321
F. Garnier, M.-C. Ploy, F. Denis
Habitat, pouvoir pathogène
321
Diagnostic bactériologique direct
323
Prise en charge et prophylaxie des infections
invasives à méningocoque
329
Chapitre 34 Bacilles à Gram négatif
aérobies et aéro-anaérobies
331
Chapitre 34.1 Généralités
331
F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 34.2 Enterobacteriaceae (à l'exception
du genre Yersinia)
331
P. Bidet, E. Bingen
Généralités
331
Tribu des Escherichiae (entérobactéries VP -,
TDA - et uréase -)
336
Groupe KES (entérobactéries
VP +), tribu des Klebsiellae
350
Tribu des Proteae (entérobactéries TDA +)
353
Chapitre 34.3 Vibrionaceae - Aeromonadaceae -
Plesiomonas
361
O. Barraud, F. Denis, M.-C. Ploy
Généralités
361
Genre Vibrio
361
Genre Aeromonas
366
Genre Plesiomonas
367
Chapitre 34.4 Bacilles à Gram négatif
non fermentaires
368
C. Martin
Généralités
368
Genre Pseudomonas
372
P. aeruginosa et groupe «fluorescent»
372
Genres Burkholderia, Acidovorax, Comamonas,
Brevundimonas, Ralstonia, Pandoraea,
Sphingomonas, Stenotrophomonas
375
Genres Ralstonia et Pandoraea
377
Genres Stenotrophomonas, Acidovorax,
Comamonas et Brevundimonas
377
Famille des Flavobacteriaceae (Flavobacterium,
Chryseobacterium, Sphingobacterium,
Myroides, Weeksella, Empedobacter) et genres
Alcaligenes, Achromobacter, Agrobacterium,
Ochrobactrum, Shewanella et Weeksella
378
Chapitre 34.5 Acinetobacter
382
Bacilles à Gram négatif exigeants
385
Chapitre 34.6 Bordetella
385
F. Garnier, M.-C. Ploy
Chapitre 34.7 Moraxella et Oligella
388
F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 34.8 Francisella
390
F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 34.9 Pasteurella
392
F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 34.10 Autres bacilles à Gram négatifs
isolés de morsures
394
F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 34.11 Haemophilus
394
O. Barraud, F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 34.12 Yersinia
400
F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 34.13 Bactéries du groupe HACEK
404
P. Riegel
Chapitre 34.14 Afipia, Bartonella : agents de la maladie
des griffes du chat
411
F. Denis, C. Martin
Chapitre 34.15 Brucella
413
J.-P. Lavigne, D. O'Callaghan
Chapitre 34.16 Legionella
421
M. Mounier, F. Denis, N. Pestourie
Chapitre 35 Bacilles à Gram négatif
microaérophiles
429
Chapitre 35.1 Campylobacter
429
C. Burucoa
Chapitre 35.2 Helicobacter pylori
434
C. Burucoa
Chapitre 36 Bacilles à Gram positif
(à l'exception des anaérobies)
443
Chapitre 36.1 Corynebacterium et germes
apparentés
444
O. Barraud, F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 36.2 Erysipelothrix rhusiopathiae
ou bacille du rouget du porc
453
J. Tankovic
Chapitre 36.3 Lactobacillus
455
J. Tankovic
Chapitre 36.4 Listeria
458
F. Denis, F. Garnier, M.-C. Ploy
Chapitre 36.5 Nocardia
463
C. Martin
Chapitre 36.6 Tropheryma whipplei
467
C. Martin
Chapitre 36.7 Bacillus
470
F. Denis, M.-C. Ploy
Chapitre 37 Bactéries spiralées
475
B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun
Chapitre 37.1 Généralités sur les spirochètes
475
B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun
Chapitre 37.2 Genre Borrelia
476
B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun
Généralités
476
Épidémiologie
477
Clinique
478
Caractères bactériologiques
482
Traitement
486
Conclusion
487
Chapitre 37.3 Genre Leptospira
487
B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun
Généralités
487
Épidémiologie et pouvoir pathogène naturel
488
Caractères bactériologiques
489
Diagnostic bactériologique
489
Traitement
491
Chapitre 37.4 Genre Treponema
492
B. Jaulhac, S. de Martino, C. Le Brun
Généralités
492
Épidémiologie et pouvoir
pathogène naturel
492
Caractères bactériologiques
493
Diagnostic direct
493
Diagnostic indirect ou sérologique
494
Traitement
503
Conclusion
503
Chapitre 38 Mycobactéries
507
C. Martin, F. Denis
Généralités
507
Habitat et pouvoir pathogène
508
Démarche diagnostique
510
Règles de sécurité et législation
510
Prélèvements
512
Décontamination, fluidification,
concentration
513
Examen microscopique
514
Méthodes de culture
518
Identification
520
Détection génomique
526
Diagnostic immunologique rapide
533
Recherche du bacille de la lèpre
534
Chapitre 39 Mycoplasmes
537
C. Bébéar, C.M. Bébéar
Généralités
537
Pouvoir pathogène et habitat
537
Caractères généraux
538
Diagnostic bactériologique direct
538
Étude de la sensibilité aux antibiotiques
542
Sérologies
543
Chapitre 40 Bactéries cytoparasites
obligatoires
545
Chapitre 40.1 Chlamydia
545
B. de Barbeyrac
Chapitre 40.2 Coxiella burnetii
553
S. Ranger-Rogez
Chapitre 40.3 Rickettsies - Rickettsia conorii
558
S. Ranger-Rogez
Chapitre 40.4 Ehrlichia
562
S. Ranger-Rogez
Chapitre 41 Bactéries anaérobies
strictes
565
L. Dubreuil
Avant-propos
565
Flores humaines anaérobies
565
Habitat et pouvoir pathogène
565
Conduite de l'analyse bactériologique
566
Identification des anaérobies stricts
569
Partie IV
Rôle du laboratoire
dans l'instauration et la
surveillance d'un traitement
antibiotique
Chapitre 42 Instauration et surveillance
d'un traitement antibiotique
585
N. Hidri, M.-C. Ploy
Bactériostase et bactéricidie
585
Antibiogramme
587
Techniques génotypiques de détection
de la résistance
591
Étude des associations d'antibiotiques
591
Rôle du laboratoire de bactériologie dans la
surveillance d'un traitement antibiotique
593
Rôle du laboratoire dans la surveillance de la
résistance des bactéries aux antibiotiques
593
Chapitre 43 Dosage des antibiotiques :
pourquoi, comment ?
595
F. Jehl
Pourquoi
595
Comment
603
Conclusion
610
Partie V
Démarches, documentation
et adresses utiles
Chapitre 44 Liste des maladies
bactériennes à déclaration
obligatoire (MDO)
614
Chapitre 45 Centres nationaux
de référence (CNR 2006-2011)
616
Chapitre 46 Liste et adresses
des principales sociétés
620
Chapitre 47 Ouvrages et documents
de référence
623
Index
625