Expliquer la vie
De l'âme à la molécule
André Pichot
Quae
Introduction5
1. L'objet et la méthode5
2. L'explication et l'expérience15
Animisme et mécanisme
(Autonomie et lois naturelles)29
I. La vie comme parfaite existence30
1. La natura medicatrix (Hippocrate)30
2. La vie comme acte (Aristote)34
A. La vie entre le mouvement et l'acte34
B. L'âme et la chaleur38
C. Le pneuma42
a. Les origines de la notion de pneuma43
b. Le pneuma chez Aristote47
c. Le mode d'action du pneuma57
d. Le pneuma dans la sensibilité et la motricité60
II. La vie comme fonctionnement (Galien)65
1. Les facultés naturelles67
2. Âme et « nature »80
3. Le pneuma vital et le pneuma psychique84
4. Âme et pneuma après Galien88
5. La finalité biologique Chez Aristote et chez Galien106
6. Logos et lois naturelles120
7. Science du général et science du nécessaire129
III. La vie comme mécanisme (Descartes)133
1. L'âme, la glande pinéale et les esprits animaux135
2. Physiologie et embryologie142
A. Physiologie, machinisme et mécanisme142
B. L'embryologie cartésienne148
3. La fonction et l'organe150
4. La préformation159
Mécanisme et chimie (organes et fonctions)165
I. L'animal-machine, la science et la théologie167
II. L'organisation biologique et la chimie177
1. L'organisation biologique177
A. L'animal-machine cartésien et l'organisation177
B. Vie et organisation chez Leibniz180
2. La chimie à la fin du XVIIe siècle185
III. Influence de la physique de Newton192
1. L'attraction193
2. L'éther200
3. Les fluides impondérables en biologie206
IV. Les deux voies d'évolution de la biologie214
1. De la chimie vers l'organisation216
A. La matière organique et le moule intérieur216
B. La matière organique et la génération spontanée229
C. La nature de la matière organique235
D. Animisme et vitalisme240
E. Vitalisme et embryologie248
F. La fin du vitalisme et des théorie chimiques de la vie256
2. L'animal-machine chimique272
A. L'explication chimique des fonctions physiologiques272
a. La digestion273
b. La respiration278
B. L'articulation des fonctions282
C. L'animal-machine mécanique, l'animal-machine chimique et le vitalisme284
3. De l'organisation vers la chimie291
A. La primauté de l'organisation291
B. Vers la physiologie générale302
C. Les niveaux d'organisation (organes, fibres et tissus)308
a. Fibres, irritabilité et sensibilité312
b. Les tissus319
4. Organisation et autonomie326
A. Claude Bernard et le milieu intérieur329
B. Walter Cannon et l'homéostasie338
C. Pierre Vendryès et l'autonomie343
Forme et temps (explication physique et explication historique)349
I. L'évolution des espèces352
1. La classification des êtres vivants et l'ordre de la nature352
2. La critique des classifications379
3. L'échelle de la nature390
4. Premières formes de l'évolution des espèces410
A. Maupertuis, Diderot et De Maillet411
B. Jean-Baptiste Robinet415
C. Erasmus Darwin426
5. Lamarck433
A. Les raisons de l'évolutionnisme439
B. Le mécanisme de l'évolution452
C. La mécompréhension du lamarckisme466
6. Cuvier et Geoffroy Saint-Hilaire470
A. Georges Cuvier, ou l'anti-évolutionnisme471
B. Étienne Geoffroy Saint-Hilaire, ou le fixisme contrarié485
a. Le principe des analogues et ses dérives485
b. Unité de plan et transformisme514
7. La place de l'homme dans la nature avant Darwin525
A. Tyson, Linné, Buffon, Bonnet et Blumenbach526
B. Robinet et Camper535
C. Cuvier et Lamarck542
D. Virey, Bory et Saint-Vincent, Prichard et Serres547
8. Darwin et les deux darwinismes578
A. Darwin et l'origine des espèces578
B. Le darwinisme anglo-saxon602
C. Le darwinisme allemand606
II. Le temps du développement618
1. Phylogenèse et ontogenèse619
A. Meckel et la philosophie de la nature619
B. Von Baer et l'embryologie descriptive632
C. Serres et l'anatomie transcendante636
D. F. Müller, Haeckel et la loi de récapitulation644
2. L'hérédité654
A. Approche générale de la notion d'hérédité656
B. La formation de la notion d'hérédité664
a. Le même et l'autre670
b. L'hérédité selon Prosper Lucas682
c. Les premières théories de l'hérédité689
C. Hérédité et pathologie696
a. Les maladies héréditaires698
b. De la maladie héréditaire au caractère héréditaire719
c. Hérédité et psychologie730
C. De l'hérédité à la génétique735
a. L'hérédité comme fonction séparée735
b. La génétique comme science autonome757
Cellules et molécules771
I. La théorie cellulaire771
1. Multiples origines de la théorie cellulaire771
2. Mirbel, Dutrochet, Raspail et Turpin780
3. La théorie cellulaire de Matthias Schleiden et Theodor Schwann790
A. Matthias Schleiden791
B. Theodor Schwann805
a. Cellules végétales et cellules animales805
b. La formation des cellules809
c. Classification des cellules816
d. Cellules, cristallisation organique et métabolisme820
e. Cellules, vitalisme et génération spontanée831
4. Les cellules germinales844
5. Les micro-organismes856
6. La scissiparité869
7. Les critiques de la théorie cellulaire886
A. Les critiques françaises888
B. Les critiques allemandes899
II. De la chimie biologique
À la biologie moléculaire920
1. La chimie biologique921
A. Les fermentations923
B. Approches chimiques de la physiologie934
2. La biochimie938
A. Protéines et enzymes939
a. Identification et terminologie939
b. Les premières enzymes949
c. Ferments solubles et ferments figurés957
B. Enzymes et catalyse970
C. Derniers obstacles avant la biologie moléculaire978
a. Le mode d'action des enzymes979
b. L'état colloïdal et les micelles984
3. La biologie moléculaire994
A. La forme des molécules997
a. La nature des protéines997
b. Isomérie optique et stéréochimie1007
c. La modèle « clé-serrure »1014
B. L'animal-machine moléculaire1017
C. La régulation allostérique1028
D. La génétique moléculaire1036
a. Les acides nucléiques et l'hérédité 1037
b. L'information génétique1054
c. La synthèse des protéines1071
d. Hérédité et synthèse des protéines1093
E. Les limites de la biologie moléculaire1121
Bibliographie1147