Traitement des données en santé
Marius Fieschi
iSTE
Avant-propos1
Introduction5
Chapitre 1. Comprendre la nature fondamentale de l'information et de son traitement19
1.1. Introduction19
1.2. Données, connaissances et informations19
1.2.1. Les données19
1.2.2. Les connaissances20
1.2.3. Les informations20
1.3. Structures de données22
1.4. Modèles de données23
1.5. Les qualités qui font la valeur de l'information25
1.5.1. Les dimensions intrinsèques de la qualité de l'information25
1.5.2. Les dimensions extrinsèques de la qualité de l'information26
1.6. L'amélioration de la qualité des données28
1.7. Les usages des données du patient28
1.8. Traitement de l'information, applications, composants et processus30
Chapitre 2. Quelques questions sur le partage de l'information33
2.1. Introduction33
2.2. Douze questions pour mieux définir le partage et ses objectifs34
2.3. L'organisation du partage de l'information est un préalable aux choix technologiques35
2.4. Résumé et conclusion38
Chapitre 3. La place des processus « métiers » dans les systèmes d'information39
3.1. Introduction39
3.2. Notion de processus40
3.2.1. Les processus métiers41
3.2.2. Les processus supports42
3.2.3. Les processus de pilotage42
3.2.4. La place des processus dans la refonte des systèmes d'information43
3.3. La modélisation et la représentation des processus43
3.3.1. La modélisation des processus43
3.3.2. La représentation schématique des processus44
3.3.3. Les objets46
3.3.4. UML (Unified Modeling Language)47
3.4. Processus et procédures48
3.5. Intérêt et limites de l'approche processus50
3.5.1. L'approche processus au coeur de l'urbanisation : révision de l'architecture des systèmes d'information50
3.5.2. L'amélioration de la connaissance de l'entreprise et des besoins des acteurs par l'analyse des processus50
3.5.3. L'analyse des processus : pilotage de la conduite du changement51
3.5.4. L'analyse des processus : influence du champ étudié sur les bénéfices attendus51
3.6. Conclusion52
Chapitre 4. La qualité de l'urbanisation du système d'information est au coeur de sa performance53
4.1. Introduction53
4.2. Anticipation des changements de périmètre des systèmes d'information55
4.2.1. Envisager l'interopérabilité des différents SI55
4.2.2. Recherche d'une cohérence sémantique entre les SI dès leur conception56
4.2.3. Les qualités recherchées pour développer des systèmes fiables et évolutifs57
4.2.4. Exemples de services applicatifs59
4.2.5. Le modèle HISA et le standard ISO 1296761
4.3. Les dimensions de l'interopérabilité63
4.3.1. Le niveau de l'infrastructure63
4.3.2. Le niveau applicatif63
4.4. L'interopérabilité est au coeur de l'évolution des pratiques67
4.4.1. L'interopérabilité : communication entre professionnels facilitée, fiabilité améliorée et coûts diminués68
4.4.2. Amélioration des prises en charge grâce à l'interopérabilité sémantique entre données et connaissances69
4.4.3. L'interopérabilité : développement des outils d'analyse décisionnelle et pilotage des établissements facilités69
4.5. Les référentiels partagés du système d'information70
4.5.1. Définition d'un référentiel, colonne vertébrale d'un système d'information70
4.5.2. Exemples de référentiels partagés71
4.5.3. Conformité d'un SI à un cadre d'interopérabilité national basé sur des standards internationaux71
4.5.4. Défi de l'accès à la connaissance et aux guides de bonnes pratiques applicables à un patient particulier72
4.6. Conclusion74
Chapitre 5. Les référentiels dans le système d'information de santé75
5.1. Introduction75
5.2. La gestion des référentiels doit obéir à des règles de bonnes pratiques76
5.2.1. Problématique générale de l'intégrité sémantique76
5.2.2. Assurer l'intégrité sémantique des données dans le temps77
5.2.3. La nécessité d'une définition d'une structure de pilotage sémantique du système d'information de santé78
5.2.4. Les principaux référentiels dans les systèmes d'information de santé78
5.3. Les référentiels spécialisés80
5.3.1. Les référentiels d'identification des structures80
5.3.2. Les référentiels des professionnels et des ressources humaines81
5.3.3. Les référentiels d'identification des patients81
5.3.4. Les référentiels de diagnostics82
5.3.5. Les référentiels d'actes83
5.3.6. Les référentiels de médicaments84
5.4. Les référentiels à visée générale85
5.4.1. MeSH (Medical Subject Headings)85
5.4.2. SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terminology)86
5.4.3. UMLS (Unified Medical Language System)88
5.5. La mise en oeuvre des référentiels dans le cadre de l'urbanisation des systèmes d'information88
5.5.1. Les serveurs de référentiels extérieurs au système d'information88
5.5.2. Les services de gestion des référentiels89
5.5.3. IHE (Integrating the Healthcare Enterprise)91
5.6. Conclusion92
Chapitre 6. L'identification du patient dans les systèmes d'information en santé93
6.1. Introduction93
6.2. Concepts de base pour l'identification des patients95
6.2.1. Les systèmes et sous-systèmes d'information centrés sur le patient95
6.2.2. Les traits d'identification : base de la construction des identifiants97
6.2.3. Les critères de constitution d'un identifiant unique sont déterminants pour sa qualité98
6.3. L'établissement d'un numéro identifiant unique, commun et universel, est une utopie100
6.3.1. Différences culturelles et sociétales : difficulté pour une identification systématique, sûre et universelle des individus100
6.3.2. Ne pas sous-estimer l'importance des contraintes logistiques et organisationnelles101
6.3.3. Les défauts de complétude et d'interopérabilité sont déterminants101
6.4. Solutions centrées sur un modèle d'identification simple et un rapprochement d'identité efficace et fiable102
6.4.1. Les traits et le modèle d'identification102
6.4.2. Signatures technologiques et/ou biologiques pour l'identification des personnes104
6.4.3. Les numéros et identifiants nationaux : des identifiants utilisables ?105
6.4.4. Chaînage anonyme des données106
6.4.5. Le rapprochement des identifiants107
6.5. La dé-identification des données107
6.5.1. Les méthodes heuristiques108
6.5.2. Les méthodes statistiques108
6.5.3. Les outils cryptographiques109
Chapitre 7. La sécurité du système d'information, la protection des données111
7.1. Introduction, le besoin de sécurité111
7.2. La politique de sécurité pour se protéger des menaces concernant les systèmes d'information112
7.2.1. L'intégrité des données113
7.2.2. La confidentialité114
7.3. L'évaluation des risques et le choix des mesures à prendre118
7.3.1. Les organisations sources de vulnérabilité119
7.3.2. Les vulnérabilités extérieures120
7.4. La protection des données à caractère personnel120
7.5. Conclusion122
Chapitre 8. Gestion de la connaissance et aide à la décision médicale123
8.1. Introduction123
8.2. Une brève présentation historique et les leçons apprises124
8.3. Les systèmes intelligents126
8.3.1. L'aide à la décision au LDS Hospital à Salt Lake City (Utah, États-Unis)127
8.3.2. Des outils et des résultats au LDS Hospital127
8.3.3. L'exemple du Brigham and Women's à Boston (Massachusetts États-Unis)129
8.4. La médecine basée sur les preuves : de la littérature à l'action clinique130
8.4.1. Les guides de bonnes pratiques cliniques131
8.4.2. Les méthodes de l'informatisation des guides de bonnes pratiques132
8.4.3. L'ingénierie de la connaissance pour les guides de bonnes pratiques133
8.5. Besoin de standards pour la représentation des connaissances pour intégrer les guides de bonnes pratiques dans les processus de soins139
8.6. Conclusion141
Chapitre 9. Gestion et intégration des données cliniques : le dossier de santé143
9.1. Introduction143
9.2. Une terminologie abondante pour désigner les données du patient et leurs modalités de gestion145
9.3. L'accès aux données du patient est un impératif pour améliorer les processus de soins147
9.4. La recherche de structuration a priori du dossier par les méthodologistes et les professionnels de la santé148
9.4.1. L'organisation suivant la source149
9.4.2. L'organisation suivant les problèmes150
9.5. La description des données, l'usage des référentiels et l'accès des professionnels150
9.6. Au centre de la conception du dossier de santé : interopérabilité des données et des connaissances151
9.7. Les caractéristiques des nouvelles générations des systèmes de gestion de dossiers de santé153
9.7.1. Les caractéristiques et les évolutions fonctionnelles153
9.7.2. Les caractéristiques et les évolutions industrielles156
9.8. Un modèle de la maturité de la continuité des soins158
9.9. Conclusion159
Chapitre 10. Gestion et intégration des données du laboratoire et des explorations fonctionnelles161
10.1. Introduction161
10.2. Le système d'information du laboratoire (SIL)162
10.3. Évolution du contexte réglementaire concernant les laboratoires de biologie164
10.4. Disposer d'un référentiel d'actes de biologie est au coeur de la conception du SIL165
10.5. Disposer d'une base de connaissance (moteur de règles de prescription, protocolisation des actes, etc.)167
10.6. Intégrer les données de biologie dans le dossier du patient167
Chapitre 11. Gestion et intégration des images médicales169
11.1. Introduction169
11.2. Le Picture Archiving and Communication System (PACS)170
11.3. Le management des images médicales171
11.4. La mutualisation de la gestion des images et des fonctions du PACS173
11.4.1. Pourquoi mutualiser un PACS ?174
11.4.2. Comment mener un projet de PACS mutualisé ?175
11.4.3. Initiatives dans différents pays176
Chapitre 12. Gestion et intégration de la télémédecine et de la télésanté177
12.1. Introduction177
12.2. La communication clinique et la télémédecine179
12.2.1. Les enjeux179
12.2.2. Quelques considérations techniques179
12.2.3. Des expériences remarquables dans de nombreux pays180
12.2.4. Le contexte réglementaire en France181
12.2.5. Du besoin d'intégration de la télémédecine à un projet médical sur le territoire183
12.2.6. Un SI adapté pour soutenir la télémédecine183
12.3. Les services de santé sur le Web, la e-santé184
12.3.1. Des services online pour aider à la décision et à la formation continue185
12.3.2. Accès des patients à de l'information de santé sur le Web186
12.3.3. La communication de l'information de santé bénéficie d'une diffusion rapide186
12.3.4. De nouveaux services concernant la santé émergent sur le Web187
12.4. Les plateformes régionales de télésanté187
12.5. Les outils de la santé connectée188
12.5.1. L'Internet des objets188
12.5.2. La standardisation du domaine émergent de la e-santé : le standard ONS 2.0 pour la gestion de l'Internet des objets190
12.6. Conclusion192
Chapitre 13. L'intégration des données de soins extrahospitaliers193
13.1. Introduction193
13.2. Quelques faits marquants aux États-Unis195
13.2.1. Des résultats contrastés avec le Meaningful Use (MU)195
13.2.2. Les réseaux de type SHIN (Statewide Health Information Network)195
13.3. Quelques initiatives et programmes en France196
13.3.1. Le DMP et le cadre d'interopérabilité196
13.3.2. Le dossier pharmaceutique (DP)197
13.3.3. Le dossier communicant de cancérologie199
13.3.4. La messagerie sécurisée en santé (MSSanté)200
13.3.5. L'intégration des applications et des objets connectés, la santé mobile (m-santé)200
13.4. Conclusion202
Chapitre 14. La réutilisation des données en santé203
14.1. Introduction203
14.2. Rendre les données de santé utilisables pour être utiles205
14.3. Un modèle de données standard compréhensible, interopérable207
14.4. Des moyens pour l'intégration des données208
14.4.1. L'organisation du partage des données de santé209
14.4.2. Les ontologies : une approche pour l'intégration sémantique des données209
14.5. Réutilisation des données massives, objets connectés, réseaux sociaux210
14.6. Conclusion211
Chapitre 15. L'intégration des données pour le pilotage et l'analyse décisionnelle213
15.1. Introduction213
15.2. La chaîne de traitement de l'analyse décisionnelle215
15.3. La constitution des entrepôts de données (data warehouse)216
15.4. Le tableau de bord de l'établissement ou de l'institution218
15.5. Le financement des hôpitaux et son pilotage national en France219
15.6. D'autres exemples d'indicateurs pour d'autres formes de pilotage : des expériences internationales pour une régulation par la qualité et l'efficience219
15.6.1. Les initiatives de la Joint Commission et le programme Top Performer on Key Quality Measures® aux États-Unis220
15.6.2. Les indicateurs du meaningful use220
15.7. Conclusion221
Chapitre 16. Les données pour l'épidémiologie, la santé publique et les Big Data223
16.1. Introduction223
16.2. Les systèmes de surveillance multi-sources225
16.2.1. Dispositifs de surveillance225
16.2.2. Le système français de surveillance sanitaire des urgences et des décès (SurSaUD)225
16.3. Les enjeux et opportunités des données massives pour la santé publique226
16.3.1. Remise en question des principes classiques de traitement des données par les Big Data226
16.3.2. Ouverture d'une voie pour une médecine sur mesure grâce aux données massives229
16.3.3. Améliorer la connaissance et le développement229
16.3.4. Traiter plus de données pour accélérer la recherche et le développement230
16.3.5. Réduire les dépenses de santé230
16.4. L'épidémiologie et les Big Data230
16.5. Les sources de données multiples et hétérogènes231
16.6. Contribution des Big Data et de la e-santé à la prévention, la surveillance et la vigilance sanitaire232
16.6.1. Surveillance et vigilance232
16.6.2. La contribution des données massives : une aide puissante au changement pour les chercheurs en épidémiologie et en santé publique233
16.7. Importance des standards pour l'interopérabilité soulignée par l'hétérogénéité intrinsèque des Big Data235
16.7.1. Adoption parcellaire des normes terminologiques : une grande partie des données inutilisable dans les systèmes informatiques isolés235
16.7.2. Des initiatives pour partager les données à des fins de recherche235
16.8. Conclusion239
Chapitre 17. L'intégration des données de la bio-informatique241
17.1. Introduction241
17.2. L'importance de l'intégration des bases de données en bio-informatique244
17.2.1. L'intégration des données et le workflow245
17.2.2. Les Web services en bio-informatique245
17.2.3. Les plateformes de recherche246
17.3. Les ontologies et l'annotation des gènes247
17.3.1. Les ontologies248
17.3.2. L'annotation248
17.4. Le consortium Gene Ontology (GO)249
17.5. Conclusion251
Chapitre 18. Les données de la recherche clinique253
18.1. Introduction253
18.2. La situation de la recherche clinique (RC)254
18.3. Différences entre les mondes des données de l'activité et de la recherche clinique256
18.3.1. Processus et contraintes de l'activité clinique en matière de traitement de l'information256
18.3.2. Les contraintes spécifiques de la recherche clinique et de ses systèmes d'information257
18.3.3. Le recrutement et l'identification des patients : des critères explicites et intangibles257
18.3.4. Le cadre législatif de la recherche clinique258
18.3.5. Le contrôle de la qualité des données258
18.3.6. Les défis de l'interopérabilité pour ces systèmes d'information258
18.4. Les outils et les méthodes qui contribuent à une approche synergique260
18.4.1. Certains outils sont d'ores et déjà implémentés dans les systèmes d'information les plus avancés260
18.4.2. Des initiatives pour partager les données pour la recherche261
18.4.3. Les standards en recherche clinique : la démarche de modélisation CDISC261
18.4.4. Le dossier source électronique262
18.4.5. BRIDG : Biomedical Research Information Domain Group264
18.4.6. Qualité et crédibilité des données264
18.5. Initiatives et outils des systèmes d'information en recherche clinique265
18.5.1. Informatics for integrating biology and the bedside (i2b2)265
18.5.2. La création de plateforme pour la recherche clinique265
18.5.3. L'exemple du Multi-Regional Clinical Trials (MRCT) du Brigham and Women's Hospital et Harvard267
18.6. Conclusion268
Chapitre 19. Évaluation des systèmes d'information269
19.1. Introduction269
19.2. Évaluation « pré-implémentation » d'un système d'information270
19.3. Évaluation des systèmes d'information « post-implémentation »272
19.3.1. L'évaluation de la performance, un champ d'investigation complexe273
19.3.2. Évaluation du succès du système d'information276
19.3.3. D'autres approches de l'évaluation, d'autres indicateurs277
19.4. Valeur patrimoniale et valeur d'usage des systèmes d'information279
19.5. Études de cas279
19.5.1. Exemple des objets connectés280
19.5.2. Exemple d'une évaluation du retour sur investissement au Brigham and Women's hospital de Boston280
19.5.3. La décision d'investissement consenti par Kaiser Permanente280
19.6. Quelques enseignements281
Chapitre 20. La gouvernance des systèmes d'information en santé, la contexte hospitalier, ambulatoire et industriel283
20.1. Introduction283
20.2. Aux États-Unis, le meaningful use, outil de gouvernance286
20.2.1. Le Health Information Technology for Economic and Clinical Health Act (Hitech)286
20.2.2. Le meaningful use, l'utilisation du dossier de santé informatisé286
20.3. Une gouvernance des systèmes d'information en santé émergente en France288
20.4. Besoin d'une mutation rapide des SI hospitaliers et ambulatoires et de leur gouvernance290
20.5. Une offre extrahospitalière trop centrée sur les métiers intégrant peu l'organisation sur le territoire294
20.6. L'offre industrielle295
20.7. Discussion298
20.7.1. La donnée, actif stratégique298
20.7.2. Faire évoluer et mobiliser les compétences est un impératif majeur298
20.7.3. Vers un cadre d'urbanisation commun298
20.7.4. La gouvernance299
Annexes301
Bibliographie323
Index331