Systématique et exploration du vivant
Philippe Grandcolas
Marie-Christine Maurel
Iste éditions
Introduction. Exploration de la biodiversité : la science doit s'emparer des 80 % encore inconnus
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Philippe Grandcolas et Marie-Christine Maurel
Chapitre 1. La symétrie des formes en biologie : de D'Arcy Thompson à la morphométrie7
Sylvain Gerber et Yoland Savriama
1.1. Introduction7
1.2. D'Arcy Thompson, symétrie et morphométrie8
1.3. Isométries et groupes de symétrie10
1.4. Asymétries biologiques11
1.5. Principes de morphométrie géométrique12
1.6. Le traitement de la symétrie en morphométrie13
1.7. Quelques exemples d'applications17
1.8. Conclusion18
1.9. Bibliographie19
Chapitre 2. Impact d'une mutation ponctuelle dans une structure protéique23
Mathilde Carpentier et Jacques Chomilier
2.1. Composition23
2.2. Repliement24
2.3. Substitution(s) dans les structures protéiques25
2.4. Effet sur la structure globale et la fonction26
2.5. Effet sur la stabilité27
2.6. Effet sur le squelette peptidique29
2.7. Conclusion33
2.8. Bibliographie34
Chapitre 3. Le rôle de la taxonomie et de l'histoire naturelle dans l'étude de l'évolution des grillons Eneopterinae37
Tony Robillard
3.1. Introduction37
3.2. La taxonomie dans les approches comparatives modernes39
3.3. Un groupe modèle40
3.4. Apport de la taxonomie pour les reconstructions phylogénétiques et la classification44
3.4.1. Monophylie44
3.4.2. Apports taxonomiques récents44
3.4.3. Phylogénie et taxonomie45
3.5. Apport de la taxonomie pour la biogéographie47
3.5.1. Nouvelle-Calédonie47
3.5.2. Asie du Sud-Est48
3.6. Exploration taxonomique et évolution des traits des espèces51
3.7. Conclusion55
3.8. Remerciements57
3.9. Bibliographie57
Chapitre 4. La systématique à l'ère (post)génomique : regard sur le modèle drosophile63
Amir Yassin
4.1. La drosophile : une star de la génétique mais une nébuleuse systématique63
4.2. Les sous-espèces : identification des « îlots génomiques de la divergence » ?65
4.3. Les complexes d'espèces : congruence entre arbres des espèces et arbres des gènes69
4.4. Les rangs supraspécifiques : phylogénie, génome et morphome72
4.5. Conclusion75
4.6. Remerciements76
4.7. Bibliographie76
Chapitre 5. Faire face à des environnements multiples : les défis du cycle de vie des trypanosomes81
Estefanía Calvo Alvarez et Philippe Bastin
5.1. Introduction : la trypanosomiase humaine africaine81
5.2. Biologie cellulaire de Trypanosoma brucei82
5.3. Survie et maturation de Trypanosoma brucei dans le vecteur tsé-tsé86
5.4. Adaptations de Trypanosoma brucei à l'hôte mammifère94
5.5. Conclusion101
5.6. Bibliographie101
Chapitre 6. Les défis inhérents à la systématique et à la taxinomie de genres ayant connu une radiation explosive récente : le cas des orchidées du genre Ophrys115
Joris Bertrand, Michel Baguette, Nina Joffard et Bertrand Schatz
6.1. Introduction116
6.2. La spéciation chez Ophrys : une divergence évolutive vue comme un continuum réticulé117
6.2.1. Difficulté d'appliquer le concept biologique de l'espèce dans le cas d'Ophrys117
6.2.2. Causes de l'isolement reproductif chez Ophrys119
6.2.3. Conséquences de la mise en place de l'isolement reproductif dans le cas particulier du genre Ophrys120
6.3. État des lieux des connaissances actuelles sur la systématique des Ophrys123
6.3.1. Systématique moléculaire : aperçu des connaissances actuelles123
6.3.2. Systématique moléculaire à l'ère de la phylogénomique125
6.4. Génomique et taxinomie intégrative : perspectives et enjeux127
6.4.1. Vers une généralisation des jeux de données à l'échelle génomique127
6.4.2. Démarche de taxinomie intégrative128
6.5. Conclusion130
6.6. Remerciements131
6.7. Bibliographie131
Chapitre 7. Diversité et origines de la biodiversité à Madagascar : le message des fougères137
Germinal Rouhan et Myriam Gaudeul
7.1. Introduction137
7.2. Madagascar : un contexte biogéographique complexe138
7.2.1. Un territoire insulaire continental pas si isolé138
7.2.2. Gradients, diversité d'écosystèmes et biodiversité139
7.3. Les fougères et lycophytes : modèle idéal pour la biogéographie de Madagascar140
7.4. Origines des lignées de fougères de Madagascar142
7.4.1. Des dispersions à longue distance multiples142
7.4.2. Les Néotropiques : un rôle non exclusif mais prépondérant143
7.4.3. L'Afrique : un rôle réellement minime, ou sous-estimé ?143
7.5. L'exemple de Rumohra : des dispersions vers Madagascar et autour du monde144
7.6. Conclusion145
7.7. Bibliographie146
Chapitre 8. Algues de Méditerranée et de l'Atlantique, une relation fraternelle ?149
Line Le Gall, Delphine Gey et Florence Rousseau
8.1. Introduction150
8.1.1. Les grandes algues marines150
8.1.2. La systématique des algues150
8.1.3. Distribution des algues à l'échelle globale151
8.1.4. Les macroalgues des côtes atlantiques et méditerranéennes152
8.1.5. Problématique de l'étude153
8.2. Matériel et méthodes154
8.2.1. Stratégie d'échantillonnage154
8.2.2. Acquisition des données moléculaires160
8.2.3. Analyse des relations phylogénétiques entre spécimens de l'Atlantique et de la Méditerranée160
8.3. Résultats161
8.4. Discussion165
8.5. Remerciements165
8.6. Bibliographie167
Chapitre 9. Ontogénie et évolution de l'hyperorgane des Delphinieae171
Florian Jabbour, Julie Zalk.0, Antoine Morel, Samuel Frachon et Isabelle Bouchart-Dufay
9.1. Introduction171
9.2. La synorganisation : un concept, des définitions172
9.2.1. AdolfRemane et la synorganisation de structures animales172
9.2.2. Un concept adopté par les botanistes, et par les spécialistes des fleurs en particulier172
9.2.3. Un concept à borner organiquement, et à placer dans un cadre phylogénétique173
9.3. Ontogénie et évolution de l'hyperorgane des Delphinieae173
9.3.1. Disparité de l'hyperorgane dans la tribu173
9.3.2. Ontogénie de la structure synorganisée176
9.3.3. Tendances et convergences évolutives176
9.4. L'étude de la synorganisation en biologie évolutive178
9.4.1. Les enseignements tirés de l'étude de la synorganisation178
9.4.2. La scientométrie pour mesurer l'impact du concept de synorganisation en biologie évolutive178
9.4.3. Synorganisation, intégration, coaptation, des concepts redondants ?178
9.5. Conclusion180
9.6. Remerciements180
9.7. Bibliographie181
Chapitre 10. Identification d'homologies chromosomiques interspécifiques : microdissection et peinture chromosomiques chez les téléostéens antarctiques Nototheniidae185
Juliette Auvinet, Agnès Dettaï, Olivier Coriton, Catherine Ozouf-Costaz et Dominique Higuet
10.1. Introduction185
10.1.1. Homologies, peinture et microdissection chromosomiques185
10.1.2. Recherche des HCI chez les Nototheniidae189
10.2. Matériel et méthodes190
10.2.1. Matériel190
10.2.2. Méthodes191
10.2.2.1. Microdissection et élaboration de la sonde de peinture191
10.2.2.2. Élaboration d'ADN compétiteur193
10.2.2.3. Peinture193
10.3. Résultats194
10.3.1. Microdissection194
10.3.2. Peinture196
10.3.2.1. Hybridations de la sonde de peinture chromosome- spécifique sur les chromosomes du même spécimen, T. pennellii (CE 4313) (témoin positif)196
10.3.2.2. Hybridations de la sonde de peinture chromosome- spécifique sur les chromosomes d'autres espèces de Nototheniidae : T. hansoni, N. coriiceps et D. mawsoni197
10.4. Discussion198
10.4.1. Aspects techniques mis au point et perspectives d'amélioration du signal de peinture198
10.4.2. La plus grande paire de chromosomes de T. pennellii, produit de deux fusions chromosomiques (roberstonienne et en tandem)201
10.5. Conclusion203
10.6. Bibliographie203
Liste des auteurs
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Index
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