Le peuple des humains
Sur les traces génétiques des migrations, métissages et adaptations
Lluís Quintana-Murci
Odile Jacob
Préambule - D'où venons-nous ? Que sommes-nous ?
Où allons-nous ?7
Partie I
De Darwin à la génomique
Natura non facit saltús : l'évolution graduelle de Darwin24
Naissance de la génétique des populations27
Découverte du matériel héréditaire : l'ADN29
Reconstruire les sources de la diversité génétique32
Facteurs génomiques (33) - Facteurs démographiques (35) - Facteurs sélectifs (37) - Reconstituer le passé des populations (38)
Une histoire à 3 milliards : le projet Génome humain38
La génomique, révélateur de la diversité : chaque individu est unique40
L'homme ne descend pas du singe... il est un singe !44
Dater la séparation entre primates humains et primates non humains46
Un singe pas comme les autres48
Populations humaines : similitudes et différences49
La révolution paléogénomique53
Ce 2 % de Neandertal qu'il y a en nous59
Métissage de Sapiens avec des espèces humaines aujourd'hui disparues : l'introgression archaïque61
Partie II
Conquêtes et peuplement
La lignée humaine et les « grands singes de petite taille »69
Homo : une histoire vieille de 2 millions d'années71
À la recherche du berceau perdu : l'avènement de Sapiens73
Les indices fossiles : de l'apparition aux premières sorties d'Afrique (73) - Une origine ancestrale unique, ou plusieurs ? (75) - Les limites de l'archéologie et de la paléoanthropologie (77)
Homo sapiens est africain79
Outt-of-Africa : quand Sapiens sort de l'Afrique82
La longue et riche histoire du continent africain84
Différents berceaux pour Homo sapiens ? (84) - Des métissages anciens (85) - Histoire génomique des chasseurs-cueilleurs (86) - Emergence de l'agriculture et expansion des langues bantoues (88) - La diffusion des pratiques d'élevage : archéologie et génomique (90) - Métissages en Afrique de l'Est (91) - L'Afrique du Nord, carrefour de migrations (92)
Une Europe hautement métissée94
Quatre grandes étapes de peuplement (94) - Un métissage tripartite (96) - Carte géographique, carte génétique (98) - De l'Angleterre à la France : frontières, brassages et isolement en Europe (99)
Les « Asies » : terres de contrastes et de rencontres101
Ce que les gènes révèlent de l'histoire de l'Asie (103) - L'effet des migrations : remplacement versus continuité génétique (104) - Paléogénomique et histoire de l'Asie de l'Est et du Sud-Est (105) - La complexité de l'Asie centrale (107) - L'Asie du Sud et le gradient indien (108)
Océanie : la dernière frontière109
Australiens et Papous (110) - Naviguer sans carte ni boussole dans les mers du Sud (111) - Un puzzle complexe de migrations et de métissages (113) - L'écheveau des génomes océaniens (114) - Le Kon-Tiki : des échanges entre l'Amérique et la Polynésie ? (115) - Territoires dénisoviens (117) - Des métissages archaïques multiples (119)
À la conquête des Amériques : la traversée du détroit de Béring.121
La culture Clovis (121) - Familles linguistiques et migrations : des signatures génétiques (123) - Peuplement en quatre temps (124) - L'héritage génétique de l'esclavage et de la période coloniale (127) - Cataclysme colonial aux Antilles (130)
Une longue histoire de métissages130
Partie III
Adaptation à l'environnement
Les défis de l'adaptation139
La sélection naturelle : ses principes et ses formes141
La sélection négative : purge des mutations délétères (144) - La sélection positive : quand les humains se mettent à parler (147)
Adaptation locale des populations à leur milieu149
Digérer le lait : un cas emblématique de sélection positive (152) - Le soleil à fleur de peau : le climat et la pigmentation humaine (154) - Le froid et les oméga-3 (157) - Grandir dans la forêt tropicale ? L'humidité et la taille (161) - Questions de taille en Europe : sélection polygénique ? (165) - Le mal des montagnes : hypoxie en altitude... (166) - ... et en apnée (168)
Et l'adaptation continue169
La sélection balancée : les bienfaits de la diversité171
Hommes et chimpanzés contre le chou de Bruxelles (172) - La sélection balancée : un mécanisme courant ? (173)
Partie IV
Hommes et microbes
Alice et la Reine Rouge : une course aux armements179
Maladies infectieuses, mortalité et sélection naturelle181
Louis Pasteur, père de la théorie microbienne (182) - Génétique humaine des maladies infectieuses (183)
Humains et chimpanzés face aux pathogènes185
Empreintes des pathogènes passés sur nos génomes actuels189
Un héritage précieusement gardé191
L'amour au temps du paludisme194
Entre la peste et le choléra196
Mortui vivos docent : les morts enseignent les vivants198
De l'ADN fossile à la tuberculose200
Quand la perte d'un gène se révèle bénéfique201
Le cas du paludisme (202) - Le cas du sida (204) - Norovirus et gastroentérite (205) - Perte totale d'un gène et septicémie (207)
Sélection naturelle et pertinence immunologique208
Ensemble, c'est mieux211
Partie V
Métissage, culture et médecine
« Rien n'a de sens en biologie si ce n'est à la lumière de l'évolution »217
Nous sommes tous des métis218
Le métissage : accélérateur de l'adaptation et facteur de sume222
Chez les plantes et les animaux (223) Métissage et adaptation chez l'homme (224) - Métissage adaptatif en Afrique : le cas des Bantous (225) - Survivre au paludisme : le cas des Pygmées et des Peuls (226) - Une réponse immunitaire également métissée (227)
Ce que nous devons aux humains « archaïques »228
Les bénéfices de l'introgression néandertalienne (230) - Dénisoviens en altitude (231) - Introgression archaïque et immunité (231) - Les défenses ' des dénisoviens dans le Pacifique (233) - Des variants archaïques protecteurs contre les virus (234) - Un héritage à double tranchant... sur les phénotypes contemporains (235) - De l'homme de Neandertal à la pandémie de COVJD-19 (237) - Les Asiatiques de l'Est sont-ils plus « adaptés » aux coronavirus ? (239)
Pratiques culturelles et diversité génétique : comment la culture modifie nos gènes241
Échanger des mots, échanger des gènes (242) - Des migrations différentes selon le sexe (243) - Effets génétiques des règles d'alliance et de filiation (246) - Le système des castes en Inde (248) - Et l'homme s'habilla (249) - L'avènement de l'agriculture : un exemple de coévolution gène-culture (250) - Devenir fermier : cause ou conséquence de l'explosion démographique ? (252) - Chasseurs-cueilleurs et agriculteurs : une adaptation différente aux pathogènes (254) - Vie rurale, vie urbaine : effets sur l'immunité (256) - Des liens entre statut social et réponse immunitaire ? (257)
Épigénétique : une autre réponse aux changements environnementaux258
La méthylation de l'ADN et la variabilité phénotypique (260) - Ce que la méthylation de l'ADN nous révèle des populations (261) - Épigénétique et modes de vie en Afrique (262)
Sélection naturelle par le passé et réponse immunitaire d'aujourd'hui264
Diversité génétique et immunité : l'apport des études de l'expression génique (265) - Réponse inflammatoire : différences entre populations européennes et africaines (267) - Sélection naturelle et différences immunitaires entre populations (268) - Dommages collatéraux : auto-immunité, inflammation et obésité (269)
De Claude Bernard à l'immunologie des systèmes : vers une médecine de précision273
Épilogue279
Bibliographie289
Remerciements323