Résumé
Fait le point sur l'analyse des génomes entiers (génomique), qui se distingue de l'analyse génétique traditionnelle (classique et moléculaire), ainsi que sur les perspectives qu'elle ouvre sur le plan méthodologique pour l'étude du vivant.
- Autre(s) auteur(s)
- Éditeur(s)
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Date
- 2004
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Notes
- La couv. porte en plus : "3e cycle LMD sciences de la vie"
- Notes bibliogr. Glossaire. Index
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Langues
- Français
- , traduit de : Anglais
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Description matérielle
- XII-347 p. : ill. en noir et en coul., couv. ill. en coul. ; 24 cm
- Titre(s) en relation
- Sujet(s)
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ISBN
- 2-8041-4334-1
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Indice
- 575 Génétique générale
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Quatrième de couverture
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S'ouvrant par les objectifs et la réalisation concrète des divers projets génomiques, ce volume en couleurs couvre les bases de l'analyse des génomes, tant chez les procaryotes que chez les eucaryotes, et expose les outils informatiques et statistiques auxquels elle fait appel. Basée sur des techniques d'archivage et d'analyse des résultats, cette nouvelle méthode d'analyse génétique globale permet, au départ des séquences génomiques, de repérer des gènes, de leur attribuer une fonction potentielle, de créer des atlas de l'expression génique au cours du cycle cellulaire, de caractériser la diversité génétique au sein d'espèces.
Ce Précis de génomique montre combien cette discipline en plein essor complète les approches de la génétique et de la biologie moléculaire. Structurée en 6 chapitres comportant chacun un résumé, des questions pouvant susciter une réflexion philosophique et des problèmes nécessitant l'utilisation d'Internet, cette excellente synthèse des connaissances actuelles de la discipline a l'ambition d'intégrer et de définir les unes par rapport aux autres les notions de génome, de transcriptome et de protéome, mais aussi de métabolome.
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Tables des matières
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Précis de génomique
Greg Gibson/Spencer V. Muse
De boeck
- Avant-propos vii
- Table des matières ix
- Chapitre 1 Les projets d'étude des génomes : organisation et objectifs 1
- Quels objectifs pour la génomique ?1
- La cartographie des génomes4
- Les cartes génétiques 4
- Les cartes physiques 7
- Cartes chromosomiques 8
- Génomique comparative 10
- Le Projet Génome Humain13
- Les objectifs 13
- La composition du génome humain 16
- Les ressources de l'Internet 21
- Les projets concernant les génomes animaux26
- Les projets concernant le génome de la souris 26
- Autres vertébrés modèles en recherche biomédicale 30
- Les projets d'amélioration d'espèces animales 31
- Les organismes invertébrés modèles 32
- Les projets concernant les génomes de plantes37
- Arabidopsis thaliana37
- Les graminées et les plantes potagères 40
- Les autres plantes à fleurs 45
- Les projets génomiques concernant des micro-organismes46
- Le génome minimum 46
- Les Bactéries et les Archées 51
- La levure 53
- L'analyse génomique des parasites 55
- Chapitre 2 Le séquençage des génomes et leur annotation 63
- Le séquençage automatique63
- Le principe de la méthode de séquençage de Sanger 63
- Le séquençage à haut débit 64
- La lecture des fichiers traces de séquençage 66
- Assemblage d'un contig 69
- Les méthodes de séquençage en voie de développement 76
- Le séquençage des génomes78
- Le séquençage ordonné 78
- Le séquençage en vrac, ou shotgun 84
- Vérification de la séquence 90
- L'annotation du génome91
- Séquençage d'EST 91
- Découverte de gènes ab initio93
- Les gènes transcrits mais non traduits 98
- Les caractéristiques structurales des séquences génomiques 101
- Les séquences répétitives101
- Le contenu en GC103
- Les répétitions de motifs de séquence104
- Duplication de segments104
- La structure des centromères et des télomères104
- L'annotation fonctionnelle et le regroupement de gènes en familles105
- Le regroupement de gènes par homologie de séquence 106
- Les groupes de gènes orthologues 109
- Classification phylogénétique des gènes 112
- L'ontologie des gènes 112
- Chapitre 3 L'expression génique et le transcriptome 123
- L'analyse en parallèle de l'expression des gènes : micro-alignements123
- La technologie des micro-alignements d'ADNc 123
- Le choix et l'amplification des EST124
- Le dépôt ou impression du micro-alignement126
- Le marquage et l'hybridation d'ADNc128
- L'analyse statistique des données de micro-alignements d'ADNc et les protocoles expérimentaux 132
- L'utilisation d'un échantillon de référence132
- Approche par analyse de variance (ANOVA)135
- La technologie des micro-alignements d'oligonucléotides 137
- L'exploitation des données de micro-alignements 141
- SAGE, microbilles et représentation différentielle148
- Analyse en série de l'expression génique 148
- La technologie des microbilles 152
- La représentation différentielle 156
- Analyse individuelle de gènes157
- Les transferts de Northern et la protection contre la RNase 158
- La PCR quantitative 159
- Les propriétés des transcriptomes160
- Chez la levure 161
- Application à l'étude du cancer 166
- Les organismes modèles 170
- Les banques d'expression génique 174
- Chapitre 4 Protéomique et génomique fonctionnelle 183
- La protéomique fonctionnelle183
- L'annotation des protéines 183
- La séparation des protéines et les gels 2D-PAGE 188
- La spectrométrie de masse et l'identification des protéines 193
- Les micro-alignements de protéines 198
- Les cartes d'interactions protéiques 202
- La protéomique structurale204
- Objectifs de la protéomique structurale 204
- La détermination de la structure protéique 207
- La prédiction de la structure des protéines et leur ajustement 210
- La génomique fonctionnelle212
- La génétique directe : mutagenèse à saturation 213
- La génétique inverse à haut débit 218
- La mutagenèse systématique218
- Les remplacements ou knock-ins221
- Les criblages avec des ARNi221
- La mutagenèse avec gain de fonction224
- La transfection par un vecteur viral226
- Les phénocopies226
- La génétique structurale approfondie 227
- La mutagenèse régionale227
- Le criblage des gènes modificateurs228
- Les pièges à amplificateurs et la stimulation transcriptionnelle par GAL-4229
- Le floxage230
- L'empreinte génétique 233
- Chapitre 5 SNP et Variation 241
- La nature des polymorphismes de nucléotides uniques241
- Nomenclature 241
- La répartition des SNP 244
- Applications de la technologie des SNP251
- Génétique des populations 251
- Cartographie de recombinaison 256
- La cartographie des QTL 258
- La cartographie par déséquilibre de liaison 261
- Les écueils des études d'association262
- Echantillonnage témoin dans une population affectée265
- L'analyse familiale268
- Découverte de SNP271
- Par reséquençage 271
- L'identification de SNP271
- La vérification des SNP275
- La détection de polymorphisme sans séquençage 277
- Génotypage des SNP279
- Les méthodes de basse technologie 280
- Les méthodes basées sur une hybridation 282
- Les méthodes de mini-séquençage 284
- L'extension de base unique284
- La SBE sur micro-alignements286
- Le pyroséquençage287
- Les méthodes à émission de fluorescence directe 288
- TaqMan288
- Les balises moléculaires289
- La ligature d'oligonucléotides suivie à l'aide d'un chromophore290
- La méthode par invasion «Invader»290
- Détermination des associations haplotypiques 292
- Chapitre 6 Génomique intégrée 299
- L'analyse du métabolome301
- L'analyse des constituants cellulaires 301
- Bases de données sur les voies métaboliques et biochimiques 306
- Génomique in silico308
- L'analyse du contrôle métabolique 308
- Modélisation des réseaux de gènes à l'échelle de systèmes entiers 313
- Glossaire 321
- Liste des sigles et abréviatons 331
- Index 333
- Note sur les auteurs 347
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Origine de la notice:
- BNF
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Disponible - 575 GIB
Niveau 2 - Sciences
