Le manuscrit clandestin représente un genre très particulier de la communication philosophique : on peut envisager le Colloquium Heptaplomeres de Jean Bodin comme l'archétype du genre, mais les quelques 200 textes répertoriés et correspondant à près de 2000 copies remontent pour la plupart à la deuxième partie du XVII^e et au siècle suivant. L'ancêtre véritable de cette littérature foisonnante s'avère être le Theophrastus redivivus qui, à une date assez précoce (1659), fixe le paradigme du traité philosophique clandestin, dans ses traits les plus radicaux : rigoureux anonymat, critique rationaliste de la philosophie et de la religion, mise en valeur de traditions alternatives, classiques et de la Renaissance, lecture symptômale des textes de référence de la culture officielle.

De l'âge libertin au plein épanouissement des Lumières, ces traités traversent toute une époque de transformations culturelles importantes : on ne saurait donc parler de philosophie clandestine sinon au pluriel. Ces textes en appellent tour à tour au scepticisme de Montaigne et de Bayle, au rationalisme de Descartes ou de Malebranche, à la métaphysique spinoziste ou au mécanisme de Hobbes, à la méthodologie empiriste de Locke. Surtout, ils essayent des voies nouvelles, par la combinaison de parcours philosophiques parfois hétéroclites, dans la conviction que l'histoire culturelle européenne devrait être lue «entre les lignes», à la recherche d'une vérité cachée au-dessous des professions officielles de foi des écoles ou des auteurs.