Génétique statistique

Auteur(s) :

Morgenthaler, Stephan (1955-....) Découvrir l'auteur

Résumé

Présentation des diverses méthodes statistiques applicables à la génétique. Propose des exemples tirés de cette discipline biologique pour faire découvrir des modèles statistiques dans un contexte familier aux biologistes. Des exercices à la fin des chapitres.

Éditeur(s)
- Springer
Date
- 2008
Notes
- Bibliogr. Index
Langues
- Français
Description matérielle
- 150 p. ; 24 x 16 cm
Collections
- Statistique et probabilités appliquées
Sujet(s)
ISBN
- 978-2-287-33910-3
Indice
- 575 Génétique générale
Quatrième de couverture
- Génétique statistique
  Cet ouvrage expose plusieurs concepts fondamentaux des statistiques et de la modélisation stochastique appliqués à la génétique. Les dispositifs analysés - tests de signification, méthodes d'analyse fondées sur la fonction de vraisemblance, algorithme EM, modélisations, analyse de la variance, classifications hiérarchiques, comparaisons multiples, etc. - se révèlent tous utiles pour comprendre nombre de phénomènes de cette discipline biologique.
  L'un des chapitres propose un éclairage sur la carcinogenèse grâce à la modélisation stochastique et diverses méthodes d'estimation ; un autre, tourné vers la génétique des populations, expose l'équilibre de Hardy-Weinberg et livre une interprétation statistique de la sélection naturelle, des processus de mutation et de l'héritabilité. Le modèle génétique de Wright-Fisher et les processus de coalescences sont eux-aussi analysés. Le processus de l'évolution, la comparaison des séquences d'ADN et la construction d'arbres phylogénétiques font l'objet du dernier chapitre.
  Cet ouvrage s'adresse autant aux mathématiciens qu'aux biologistes. Les premiers y trouveront un ensemble d'études de cas tirés de la génétique ; les seconds pourront se familiariser avec les outils d'analyse et de modélisation mathématique de leur discipline. Rédigé avec un grand souci de clarté, il est également accessible aux non-spécialistes qui pourront ainsi renforcer leur base théorique et surtout développer leur savoir-faire grâce à des applications très concrètes.
Tables des matières
- - Génétique statistique
  - Stephan Morgenthaler
  - Springer
  - Avant-proposVII
  - 1 Introduction1
  - 1.1 Données génétiques2
  - 1.1.1 Expérience de Mendel3
  - 1.1.2 Test de Pearson5
  - 1.1.3 Gènes, allèles, phénotypes et génotypes5
  - 1.2 Modèles stochastiques6
  - 1.3 Exercices7
  - 2 Carcinogenèse9
  - 2.1 Modèles à une frappe10
  - 2.1.1 Survie et risque12
  - 2.1.2 Modèles en temps discret13
  - 2.2 Modèle à multiples (m) frappes15
  - 2.2.1 Modèles à deux frappes en temps continu15
  - 2.2.2 Temps de survie16
  - 2.2.3 Modèle à (m) frappes en temps continu18
  - 2.2.4 Modèle à deux frappes en temps discret20
  - 2.3 Modèles à deux étapes23
  - 2.3.1 Initiation24
  - 2.3.2 Expansion clonale25
  - 2.3.3 Expansion clonale en temps discret26
  - 2.3.4 Expansion clonale en temps continu27
  - 2.3.5 Apparition de cellules néoplasiques dans une expansion clonale29
  - 2.3.6 Taux d'incidence du cancer33
  - 2.4 Risque génétique35
  - 2.4.1 Risque génétique dû à un seul gène37
  - 2.5 Exercices38
  - 3 Maintien de la diversité génétique41
  - 3.1 Équilibre de Hardy-Weinberg41
  - 3.1.1 Équilibre pour des gènes sur le chromosome sexuel46
  - 3.2 Estimer les fréquences d'allèles48
  - 3.2.1 La méthode du maximum de la vraisemblance49
  - 3.2.2 Estimer les fréquences d'allèles54
  - 3.2.3 Algorithme EM : motivation et exemple55
  - 3.2.4 Algorithme EM : définition et exemple57
  - 3.2.5 Algorithme EM : propriétés58
  - 3.3 Populations stratifiées et unions consanguines59
  - 3.3.1 Calcul de F64
  - 3.4 Liaison entre gènes et méiose65
  - 3.4.1 Méiose66
  - 3.4.2 Fraction de recombinaison67
  - 3.4.3 Déséquilibre de la liaison68
  - 3.4.4 LOD score70
  - 3.5 Exercices72
  - 4 Création et destruction de la diversité génétique77
  - 4.1 Mutations77
  - 4.1.1 Mutation neutre (« non-deleterious »)78
  - 4.1.2 Mutation dommageable et récessive (« recessive deleterious »)80
  - 4.1.3 Mutation dommageable dominante (« dominant deleterious »)81
  - 4.2 Sélection81
  - 4.2.1 Équilibres82
  - 4.2.2 Équilibres démographiques85
  - 4.3 Populations finies89
  - 4.3.1 Simuler le modèle de Wright-Fisher92
  - 4.3.2 Identité par descendance (IBD)92
  - 4.3.3 Le processus de coalescence94
  - 4.4 Les arbres généalogiques du processus de Wright-Fisher95
  - 4.5 Combiner mutations et dérive génétique98
  - 4.5.1 Le modèle de Wright-Fisher avec mutations98
  - 4.5.2 Mutations neutres99
  - 4.5.3 Nombre infini d'allèles100
  - 4.6 Exercices104
  - 5 La génétique quantitative107
  - 5.1 Élevage108
  - 5.2 Décompositions additives113
  - 5.3 Estimation de l'héritabilité116
  - 5.3.1 Estimation à l'aide de couples parent/descendant116
  - 5.3.2 Le cas général117
  - 5.4 Exercices119
  - 6 Génétique moléculaire121
  - 6.1 ADN, protéines et méthodes expérimentales121
  - 6.1.1 Méthodes expérimentales124
  - 6.2 Variation génétique au niveau moléculaire126
  - 6.2.1 Polymorphismes des nucléotides126
  - 6.2.2 Arbres phylogénétiques128
  - 6.3 L'épidémiologie moléculaire137
  - 6.3.1 Génome scan139
  - 6.4 Exercices144
  - Bibliographie147
  - Index149
Origine de la notice:
- Electre