L'installation des Journées internationales du cinéma d'animation (Jica) en 1960 à Annecy est due en grande partie à l'existence sur le territoire savoyard d'un ciné-club très actif et à la rencontre de ses animateurs avec l'équipe des Journées du cinéma. C'est après deux éditions à Cannes que se déroule dans la «Venise des Alpes» le troisième millésime des Jica. Entre 1960 et 1967, tous ceux qui aiment le cinéma d'animation se pressent à Annecy. Progressivement, les codes d'un grand festival se mettent en place avec une sélection rigoureuse, des hommages et rétrospectives, des expositions, des invités spéciaux, et la présence de nombreuses délégations étrangères.

L'histoire d'Annecy n'est pas un long fleuve tranquille et celle-ci est marquée par des soubresauts et des évolutions importantes : interruption de la manifestation suite aux événements de 1968 ; rapatriement du secrétariat permanent de Paris à Annecy en 1982 ; création du marché du film en 1985 ; annualisation du Festival en 1997 ; transformation de l'association en Établissement public de coopération culturelle en 2006. Ces choix ont parfois divisé la communauté de l'animation mais ils ont cependant renforcé l'événement et l'ont rendu plus vivant. Avec plus de 7 000 amoureux du cinéma image par image, originaires de 70 pays qui viennent chaque année, le festival d'Annecy s'est imposé comme le premier festival mondial consacré à l'animation.