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Livre

De l'analyse des réseaux expérimentaux à la méta-analyse : méthodes et applications avec le logiciel R pour les sciences agronomiques et environnementales

Résumé

Un guide méthodologique permettant de découvrir différentes méthodes statistiques pour analyser des données issues de réseaux expérimentaux et réaliser des méta-analyses dans le domaine de l'agronomie. ©Electre 2018


  • Autre(s) auteur(s)
  • Éditeur(s)
  • Date
    • DL 2018
  • Notes
    • Notes bibliogr.
  • Langues
    • Français
  • Description matérielle
    • 1 vol. (161 p.) : ill. ; 24 cm
  • Collections
  • Sujet(s)
  • ISBN
    • 978-2-7592-2815-7
  • Indice
    • 630.3 Bâtiments, machines et outillage agricoles et horticoles
  • Quatrième de couverture
    • L'analyse de données joue un rôle croissant dans la recherche agronomique, l'expertise scientifique et les études prospectives. Des sources de données multiples sont souvent disponibles pour estimer un paramètre clé ou pour tester une hypothèse d'intérêt scientifique ou sociétal. Ces données, obtenues dans différentes conditions environnementales ou basées sur différents protocoles expérimentaux, sont généralement hétérogènes. Parfois même, elles ne sont pas accessibles et il est nécessaire de les extraire d'articles scientifiques ou de rapports. Pourtant, une analyse globale des données disponibles est essentielle pour augmenter la précision des estimations, évaluer la robustesse des conclusions et comprendre l'origine de la variabilité de certains résultats. Une synthèse quantitative de l'ensemble des données disponibles permet de mieux comprendre les effets de facteurs expérimentaux et d'affiner les recommandations agronomiques.

      Conçu comme un guide méthodologique, cet ouvrage montre les intérêts et les limites de différentes méthodes statistiques permettant d'analyser des données issues de réseaux expérimentaux et de réaliser des méta-analyses. Il s'adresse aux ingénieurs, étudiants et chercheurs impliqués dans l'analyse de données agronomiques. Notre objectif est de présenter les principales méthodes statistiques permettant de réaliser une synthèse quantitative des données issues des réseaux expérimentaux et des publications scientifiques. Chaque chapitre expose une ou plusieurs méthodes et les illustre à l'aide d'exemples traités avec le logiciel R. Les données et les codes R sont fournis et commentés afin de faciliter leur adaptation à d'autres situations pratiques. Ils peuvent être utilisés à partir du « package » R KenSyn associé à ce livre.


  • Tables des matières
      • De l'analyse des réseaux expérimentaux à la méta-analyse

      • Méthodes et applications avec le logiciel R pour les sciences agronomiques et environnementales

      • David Makowski, François Piraux, François Brun

      • Quae

      • Chapitre 1. Introduction et exemples9
      • Objectifs de l'analyse de réseaux d'expérimentations et de la méta-analyse9
      • Données11
      • Le type de données11
      • La collecte des données11
      • La validation des données11
      • Analyse13
      • Principales étapes13
      • Présentation des hypothèses testées13
      • Collecte des données13
      • Validation des données13
      • Analyse des données14
      • Validation de l'analyse14
      • Communication des résultats14
      • Objectifs de l'ouvrage14
      • Un exemple simple de modèle mixte15
      • Définition15
      • Données15
      • Définition du modèle17
      • Estimation17
      • Comparaison avec le modèle sans effet aléatoire19
      • Références22
      • Partie I
        Analyse des réseaux expérimentaux
      • Chapitre 2. Notions de base25
      • Expérimentation agronomique25
      • Réseau d'expérimentations25
      • Définition25
      • Exemples de réseau d'expérimentations26
      • Notion d'environnement27
      • Objectifs d'un réseau d'expérimentations28
      • Notion de population d'environnements28
      • Notion d'interaction29
      • Références31
      • Chapitre 3. Analyse d'un réseau d'expérimentations en blocs aléatoires complets à un facteur étudié33
      • Objectif du chapitre33
      • Exemple « blé »34
      • Modélisation35
      • Modèle avec un effet expérimentation aléatoire35
      • Modèle avec un effet expérimentation fixe36
      • Exemple37
      • Comment choisir entre un modèle avec un effet expérimentation fixe et un modèle avec un effet expérimentation aléatoire ?40
      • Évaluation du modèle41
      • Normalité41
      • Homoscédasticité41
      • Indépendance42
      • Données suspectes42
      • Comparaisons de moyennes43
      • Tests d'hypothèse : tests d'égalité43
      • Intervalles de confiance44
      • Tests d'hypothèse : tests d'équivalence46
      • Exemple48
      • Exemple « blé » script R et analyse commentée51
      • Références61
      • Chapitre 4. Méthodes avancées pour l'analyse des réseaux63
      • Analyse des données moyennes63
      • Étape 1 : analyse des expérimentations individuelles pour estimer les moyennes des traitements64
      • Étape 2 : analyse des données moyennes64
      • Exemple65
      • Une variante : analyse des données moyennes avec un modèle fixe69
      • Estimation de la variance d'interaction traitement-expérimentation70
      • Script R71
      • Expérimentations avec variances hétérogènes73
      • Introduction73
      • Exemple « blé »74
      • Pour aller plus loin78
      • Données manquantes81
      • Origine des données manquantes81
      • Moyennes ajustées83
      • Les facteurs lieu et année88
      • Objectif88
      • Exemple « blé_pluri »88
      • Modèle pour l'analyse des données moyennes89
      • Estimation de la variance de l'interaction traitement-année-lieu90
      • Variance de la différence entre deux traitements91
      • Analyse de l'exemple « blé_pluri » et script R91
      • Références97
      • Chapitre 5. Planification d'un réseau d'expérimentations99
      • Objectif99
      • Comparaison de deux traitements100
      • Cas d'un réseau multilocal100
      • Cas d'un réseau multilocal et pluriannuel102
      • Autres contrastes104
      • Comparaison à la moyenne de plusieurs témoins104
      • Comparaison à la moyenne générale105
      • Références106
      • Partie II
        La méta-analyse
      • Chapitre 6. Notions de base pour la méta-analyse109
      • Définition, origine et principales étapes de la méta-analyse109
      • Estimation d'une taille d'effet moyenne111
      • Objectif111
      • Recherche systématique des études, sélection des références et extraction de données113
      • Estimation de la taille d'effet moyenne avec un modèle sans effet aléatoire115
      • Estimation de la taille d'effet moyenne avec un modèle à effets aléatoires118
      • Métarégression122
      • Objectif122
      • Exemple122
      • Modèles de régression avec et sans effet aléatoire124
      • Exemple (suite)125
      • Analyse critique des résultats127
      • Références130
      • Chapitre 7. Problèmes statistiques spécifiques pour la méta-analyse133
      • Définition de la taille d'effet133
      • Correction des biais liés à l'utilisation de ratios133
      • Différence entre moyennes d'observations134
      • Tailles d'effet pour les données binaires134
      • Coefficient de corrélation136
      • Tailles d'effet basées sur la variance136
      • Modèles linéaires généralisés pour l'analyse de données discrètes137
      • Modèle binomial logit à effets aléatoires pour analyser l'effet d'un traitement137
      • Exemple138
      • Modèles non linéaires mixtes141
      • Intérêt et définition141
      • Exemple142
      • Modèles bayésiens145
      • Définition145
      • Exemple : méta-analyse avec MCMCglmm146
      • Références151
      • Annexe. Ressources R pour mettre en oeuvre les méthodes d'analyse des réseaux et de méta-analyse153
      • Package KenSyn : code R et jeux de données des exemples présentés dans les différents chapitres153
      • Installation153
      • Contenu et utilisation154
      • Mettre en oeuvre le modèle mixte sous R157
      • Ajuster un modèle mixte157
      • Manipuler les résultats des modèles mixtes sous R158
      • La package metafor, dédié à la réalisation de méta-analyses sous R160
      • Approche bayésienne avec le modèle mixte160
      • Package MCMCglmm160
      • Package coda160
      • Références161

  • Origine de la notice:
    • FR-751131015 ;
    • Electre
  • Disponible - 630.3 MAK

    Niveau 3 - Techniques