Principes fondamentaux de chimie thérapeutique
médicaments, propriétés physico-chimiques, prodrogues, pharmacophore
Roland Barret
iSTE
Avant-propos1
Chapitre 1. Le médicament5
1.1. Définition d'un médicament5
1.2. Quelques dates importantes dans l'histoire des médicaments5
1.3. Les différents types de médicaments6
1.4. Classement des médicaments10
1.4.1. Classification ATC10
1.4.2. Classement BCB10
1.4.3. Thesorimed®11
1.4.4. Theriaque11
1.5. Quelques données sur l'industrie pharmaceutique11
1.6. Cycle de vie du médicament13
1.6.1. Modélisation moléculaire13
1.6.2. Études chimiques, synthèses et premiers « filtres pharmacologiques »14
1.6.3. Études cliniques15
1.6.4. Études d'ingénierie15
1.6.5. Études règlementaires15
1.7. Dossier d'autorisation de mise sur le marché (AMM)16
1.8. La chimie, la recherche et développement (RetD) et le drug design17
Chapitre 2. Importance et évaluation du pKa21
2.1. Définition du pKa et conséquences21
2.2. Exemples26
2.3. Cas des zwitterions27
2.4. Influence de la structure28
2.4.1. Facteurs structuraux modifiant le pKa28
2.4.1.1. L'effet inducteur29
2.4.1.2. L'effet mésomère30
2.4.2. Conséquences des effets électroniques31
2.4.2.1. Acidité des acides benzoïques31
2.4.2.2. Basicité des anilines31
2.5. Évaluation du pKa33
2.5.1. Méthodes physicochimiques33
2.5.2. Méthode par incrémentation rapide33
2.5.2.1. Cas des acides aliphatiques34
2.5.2.2. Cas des amines35
2.5.2.3. Quelques exemples de calcul37
2.5.3. Méthode par les corrélations de Hammett39
2.5.3.1. Substitution en méta et para39
2.5.3.2. Substitution en position ortho41
2.5.3.3. Cas des hétérocycles42
2.5.3.4. Systèmes alicycliques et cycliques saturés : équation de Taft44
2.5.3.5. Limitations des calculs45
2.6. Quelle est l'importance du pKa sur l'absorption lors de l'administration orale ?47
Chapitre 3. Importance et évaluation de la lipophilie51
3.1. Passage de membrane51
3.1.1. La membrane fluide51
3.1.2. Diffusion passive des amines53
3.2. Évaluation de la lipophilie55
3.2.1. Méthode expérimentale par mélanges rapides ou flash-shaking method55
3.2.2. Méthode chromatographique56
3.2.3. Méthode par incréments57
3.2.3.1. Méthode par incrémentation II de Hansch57
3.2.3.2. Méthode par fragments de Rekker60
3.3. Utilisation des logiciels62
3.4. Généralisation : logD64
3.4.1. Définitions64
3.4.2. Variation de logD en fonction du pH67
3.4.3. Efficacité lipophilique67
3.5. Balance hydrophilie-lipophilie (HLB) : un problème galénique69
3.5.1. Définition69
3.5.2. Calcul de HLB69
3.5.2.1. Indice de saponification : IS70
3.5.2.2. Indice d'acide : IA70
3.5.2.3. Indice d'ester : IE71
3.6. Obtention par incréments71
Chapitre 4. Importance et évaluation de la solubilité75
4.1. Définitions75
4.2. Évaluation de la solubilité à partir de la lipophilie76
4.2.1. Méthode utilisant le logP76
4.2.2. Comparaison des différentes méthodes de calcul78
4.2.3. Méthodes par contribution de groupes ou de fragments79
4.2.4. Cas des substrats ionisables81
4.3. Solubilité et « drogabilité »82
4.4. Comment modifier la solubilité ?82
Chapitre 5. Importance et évaluation de la surface polaire (PSA et TPSA)83
5.1. Définitions83
5.2. Évaluation de la surface polaire (PSA)83
5.2.1. Évaluation de la TPSA par sommation84
5.2.2. Cas des hétérocycles86
5.3. Influences de la PSA et TPSA sur différentes propriétés physicochimiques87
5.3.1. TPSA et drug design87
5.3.2. Passage de la BHE et du tractus gastro-intestinal88
5.4. Utilisation de logiciels89
Chapitre 6. Paramètres de Lipinski91
6.1. Que disent les règles de Lipinski ?91
6.2. Règles de Veber92
Chapitre 7. Principe de prodrogue95
7.1. Introduction95
7.2. Bioprécurseur96
7.3. La prodrogue à vecteur98
7.3.1. Définition98
7.3.2. Premier objectif : rendre hydrosoluble100
7.3.3. Deuxième objectif : rendre plus lipophile102
7.3.4. Libération lente de la drogue par hydrolyse en cascade103
7.3.5. Libération programmée de la drogue par hydrolyse par assistance anchimérique104
7.3.6. Utilisation moderne du principe de prodrogue : théorie ADEPT105
7.3.6.1. Description du système105
7.3.6.2. Gene-Directed Enzyme Prodrug Therapy109
Chapitre 8. La pharmacophore111
8.1. Définition111
8.2. Pharmacophore 3D113
8.3. Métabophore et toxicophore115
8.4. Modification de la structure116
8.4.1. Notion de bio-isostérie116
8.4.2. Homologation120
8.4.3. Inversion de fonctions121
Chapitre 9. La Pharmacopée européenne125
9.1. Introduction125
9.2. Description d'une monographie126
9.2.1. Les réactions d'identification126
9.2.1.1. Premier groupe de tests : propriétés physicochimiques126
9.2.1.2. Deuxième groupe de tests : réactions colorées127
9.2.1.3. Tests complémentaires129
9.2.2. Groupe de réactions appelé « essais »129
9.2.2.1. Essai des métaux dissouts129
9.2.2.2. Essai des cendres sulfuriques130
9.2.2.3. Mesure de la teneur en eau résiduelle (perte à la dessiccation)130
9.2.3. Réactions de dosage130
9.2.4. Recherche d'impuretés131
Glossaire135
Bibliographie139
Index145