Avant-propos7
Remerciements9
Liste des rédacteurs11
Partie 1
Les bases
Fiche 1. Structure et expression d'un gène eucaryote codant un ARNm et une protéine18
Fiche 2. Définition des ARN non codants20
Fiche 3. Paramètres de description d'un génome22
Fiche 4. Enzymes de restriction24
Fiche 5. Électrophorèse des acides nucléiques26
Fiche 6. PCR (Polymerase Chain Reaction)28
Fiche 7. Description d'un plasmide et d'un phagemide30
Fiche 8. Description d'un YAC et autres grands vecteurs34
Fiche 9. Clonage moléculaire36
Fiche 10. Transformation génétique des bactéries et des levures39
Fiche 11. Construction de banques d'acides nucléiques41
Fiche 12. Extraction d'ADN45
Fiche 13. Extraction d'ARN48
Fiche 14. Marquage des acides nucléiques (ADN et ARN)51
Fiche 15. Hybridation moléculaire54
Fiche 16. Hybridation in situ d'ARN58
Fiche 17. La cytogénétique moléculaire : FISH, GISH61
Fiche 18. Électrophorèse en champ pulsé65
Partie 2
Caractérisation d'un gène
Fiche 19. Séquençage d'ADN par le technique Sanger70
Fiche 20. RT-PCR (Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction)75
Fiche 21. PCR quantitative78
Fiche 22. Amplification rapide d'extrémités d'ADNc : RACE86
Fiche 23. Transcription in vitro89
Fiche 24. Détermination du site d'initiation de la transcription91
Fiche 25. Gel-retard93
Fiche 26. Production de protéines recombinantes95
Fiche 27. Système du double hybride105
Partie 3
Analyse de la fonction d'un gène par mutagenèse ou transgenèse
Fiche 28. Grands principes de la transgenèse et de la mutagenèse112
Fiche 29. Transfert de gènes114
Fiche 30. Transgènese chez la souris118
Fiche 31. Analyse de la fonction d'un gène par mutagenèse ou transgenèse chez les poissons123
Fiche 32. Transgènese chez Drosophila melanogaster128
Fiche 33. Transgenèse de Caenorhabditis elegans135
Fiche 34. Transgenèse stable des plantes par les agrobactéries138
Fiche 35. Techniques de ARNi (ARN interférence)145
Fiche 36. Transformation des plantes par agro-infiltration par Agrobacterium tumefaciens151
Fiche 37. Analyse fonctionnelle de promoteurs153
Fiche 38. Mutagenèse chimique du génome de drosophile158
Fiche 39. Mutagenèse d'insertion161
Fiche 40. Le TILLING (Targeting-Induced Local Lesions IN Genomes)166
Fiche 41. Mutagenèse dirigée par le système CRISPR-Cas9173
Partie 4
Approches haut débit
Fiche 42. Séquencer un génome : généralités184
Fiche 43. Séquençage d'ADN par la technique Illumina186
Fiche 44. Séquençage d'ADN par la technique Single Molecule Real Time (SMRT) : PacBio190
Fiche 45. Séquençage d'ADN grande longueur par la technique Nanopore193
Fiche 46. Séquençage d'ADN par la technique Ion TorrentTM197
Fiche 47. Séquençage d'ADN grande longueur « synthétique » par la technique 10X Genomics®201
Fiche 48. Cartographie optique de génomes (Optical Mapping)204
Fiche 49. La capture d'exons208
Fiche 50. Métagénomique et métatranscriptomique212
Fiche 51. Barcoding et métabacroding215
Fiche 52. Analyse des données RNA-seq (RNA-sequencing)218
Fiche 53. Interactions protéines-ARN à la résolution du nucléotide (iCLIP)225
Fiche 54. Méthodes d'analyse du traductome229
Fiche 55. Structure de la chromatine : introduction232
Fiche 56. Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP)234
Fiche 57. Analyse tridimensionnelle de la chromatine par Chromosome Conformation Capture : les techniques 3C, 4C-seq et Hi-C236
Fiche 58. Techniques d'identification de régions génomiques accessibles à des régulateurs : FAIRE et ATAC240
Fiche 59. Méthode de détermination du positionnement des nucléosomes : MAINE243
Fiche 60. La méthylation de l'ADN245
Partie 5
Étude du polymorphisme d'un génome
Fiche 61. Les principaux types de polymorphisme252
Fiche 62. Microsatellites, répétitions de séquences simples : SSR255
Fiche 63. Génotypage SNP (Single Nucleotide Polymorphism)258
Fiche 64. Utilisation des polymorphismes : QTL, GWAS et scans génomiques266
Fiche 65. Détermination du polymorphisme par séquençage de nouvelle génération271
Fiche 66. Approches populationnelles par séquençage en pools (Pool-Seq)276
Fiche 67. Détection génomique de CNV par nouvelles technologies de séquençage280
Fiche 68. Étude du polymorphisme par séquençage d'ADN associé à des sites de restriction (RAD-seq)286
Fiche 69. Génotypage par séquençage : GBS (Genotyping By Sequencing)292
Partie 6
Bioanalyses
Fiche 70. Assemblage de génomes298
Fiche 71. Annotation de génomes303
Fiche 72. Galaxy305
Fiche 73. La programmation308