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Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique

Résumé

Sous forme de fiches, explique le principe théorique des techniques de biologie moléculaire employées dans les laboratoires : enzymes de restriction, clonage, DNA chips, cartes génétiques, criblage, marquage d'acides nucléiques, hybridation, transformation génétique. ©Electre 2018


  • Contributeur(s)
  • Éditeur(s)
  • Date
    • 2018
  • Notes
    • Bibliogr.
  • Langues
    • Français
  • Description matérielle
    • 1 vol. (176 p.) : illustrations en noir et blanc ; 24 x 16 cm
  • Collections
  • Sujet(s)
  • ISBN
    • 978-2-7592-2885-0
  • Indice
  • Quatrième de couverture
    • Cet ouvrage très didactique présente, sous forme de fiches, les principales techniques utilisées dans les laboratoires pour étudier le fonctionnement du vivant via les acides nucléiques.

      Après quelques définitions et généralités sur la structure des gènes, on y décrit les techniques de base en biologie moléculaire et génomique. Ces techniques consistent à extraire les acides nucléiques, à les découper, à récupérer des fragments d'intérêt et à les visualiser. Il s'agit également de les manipuler grâce aux techniques de clonage et de PCR (Polymerase Chain Reaction).

      Parmi les applications, le séquençage est une technique qui a grandement évolué ces quinze dernières années et qui n'est toujours pas stabilisée : nous aborderons ici les techniques de séquençage actuellement commercialisées et accessibles via des plateformes publiques ou privées.

      Autre application majeure, la manipulation des gènes par transformation génétique et mutagenèse permet une étude fine de leur fonctionnement. Plusieurs techniques de transformation génétique existent dont la nouvelle technique d'édition des génomes (CRISPR-Cas9) qui est décrite dans cet ouvrage.

      Enfin, la plupart des approches font maintenant appel à des stratégies dites « haut débit ». L'analyse des données ainsi générées nécessite de recourir à la bioanalyse et à la bioinformatique : cet ouvrage ne vise pas à donner toutes les bases de ces analyses, mais quelques applications y sont détaillées.

      Cette 3e édition revue et augmentée s'adresse aux étudiants et aux enseignants, ainsi qu'aux personnels travaillant dans des laboratoires manipulant les acides nucléiques.


  • Tables des matières
      • Avant-propos7
      • Remerciements9
      • Liste des rédacteurs11
      • Partie 1
        Les bases
      • Fiche 1. Structure et expression d'un gène eucaryote codant un ARNm et une protéine18
      • Fiche 2. Définition des ARN non codants20
      • Fiche 3. Paramètres de description d'un génome22
      • Fiche 4. Enzymes de restriction24
      • Fiche 5. Électrophorèse des acides nucléiques26
      • Fiche 6. PCR (Polymerase Chain Reaction)28
      • Fiche 7. Description d'un plasmide et d'un phagemide30
      • Fiche 8. Description d'un YAC et autres grands vecteurs34
      • Fiche 9. Clonage moléculaire36
      • Fiche 10. Transformation génétique des bactéries et des levures39
      • Fiche 11. Construction de banques d'acides nucléiques41
      • Fiche 12. Extraction d'ADN45
      • Fiche 13. Extraction d'ARN48
      • Fiche 14. Marquage des acides nucléiques (ADN et ARN)51
      • Fiche 15. Hybridation moléculaire54
      • Fiche 16. Hybridation in situ d'ARN58
      • Fiche 17. La cytogénétique moléculaire : FISH, GISH61
      • Fiche 18. Électrophorèse en champ pulsé65
      • Partie 2
        Caractérisation d'un gène
      • Fiche 19. Séquençage d'ADN par le technique Sanger70
      • Fiche 20. RT-PCR (Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction)75
      • Fiche 21. PCR quantitative78
      • Fiche 22. Amplification rapide d'extrémités d'ADNc : RACE86
      • Fiche 23. Transcription in vitro89
      • Fiche 24. Détermination du site d'initiation de la transcription91
      • Fiche 25. Gel-retard93
      • Fiche 26. Production de protéines recombinantes95
      • Fiche 27. Système du double hybride105
      • Partie 3
        Analyse de la fonction d'un gène par mutagenèse ou transgenèse
      • Fiche 28. Grands principes de la transgenèse et de la mutagenèse112
      • Fiche 29. Transfert de gènes114
      • Fiche 30. Transgènese chez la souris118
      • Fiche 31. Analyse de la fonction d'un gène par mutagenèse ou transgenèse chez les poissons123
      • Fiche 32. Transgènese chez Drosophila melanogaster128
      • Fiche 33. Transgenèse de Caenorhabditis elegans135
      • Fiche 34. Transgenèse stable des plantes par les agrobactéries138
      • Fiche 35. Techniques de ARNi (ARN interférence)145
      • Fiche 36. Transformation des plantes par agro-infiltration par Agrobacterium tumefaciens151
      • Fiche 37. Analyse fonctionnelle de promoteurs153
      • Fiche 38. Mutagenèse chimique du génome de drosophile158
      • Fiche 39. Mutagenèse d'insertion161
      • Fiche 40. Le TILLING (Targeting-Induced Local Lesions IN Genomes)166
      • Fiche 41. Mutagenèse dirigée par le système CRISPR-Cas9173
      • Partie 4
        Approches haut débit
      • Fiche 42. Séquencer un génome : généralités184
      • Fiche 43. Séquençage d'ADN par la technique Illumina186
      • Fiche 44. Séquençage d'ADN par la technique Single Molecule Real Time (SMRT) : PacBio190
      • Fiche 45. Séquençage d'ADN grande longueur par la technique Nanopore193
      • Fiche 46. Séquençage d'ADN par la technique Ion TorrentTM197
      • Fiche 47. Séquençage d'ADN grande longueur « synthétique » par la technique 10X Genomics®201
      • Fiche 48. Cartographie optique de génomes (Optical Mapping)204
      • Fiche 49. La capture d'exons208
      • Fiche 50. Métagénomique et métatranscriptomique212
      • Fiche 51. Barcoding et métabacroding215
      • Fiche 52. Analyse des données RNA-seq (RNA-sequencing)218
      • Fiche 53. Interactions protéines-ARN à la résolution du nucléotide (iCLIP)225
      • Fiche 54. Méthodes d'analyse du traductome229
      • Fiche 55. Structure de la chromatine : introduction232
      • Fiche 56. Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP)234
      • Fiche 57. Analyse tridimensionnelle de la chromatine par Chromosome Conformation Capture : les techniques 3C, 4C-seq et Hi-C236
      • Fiche 58. Techniques d'identification de régions génomiques accessibles à des régulateurs : FAIRE et ATAC240
      • Fiche 59. Méthode de détermination du positionnement des nucléosomes : MAINE243
      • Fiche 60. La méthylation de l'ADN245
      • Partie 5
        Étude du polymorphisme d'un génome
      • Fiche 61. Les principaux types de polymorphisme252
      • Fiche 62. Microsatellites, répétitions de séquences simples : SSR255
      • Fiche 63. Génotypage SNP (Single Nucleotide Polymorphism)258
      • Fiche 64. Utilisation des polymorphismes : QTL, GWAS et scans génomiques266
      • Fiche 65. Détermination du polymorphisme par séquençage de nouvelle génération271
      • Fiche 66. Approches populationnelles par séquençage en pools (Pool-Seq)276
      • Fiche 67. Détection génomique de CNV par nouvelles technologies de séquençage280
      • Fiche 68. Étude du polymorphisme par séquençage d'ADN associé à des sites de restriction (RAD-seq)286
      • Fiche 69. Génotypage par séquençage : GBS (Genotyping By Sequencing)292
      • Partie 6
        Bioanalyses
      • Fiche 70. Assemblage de génomes298
      • Fiche 71. Annotation de génomes303
      • Fiche 72. Galaxy305
      • Fiche 73. La programmation308

  • Origine de la notice:
    • Electre
  • Disponible - 577.5 PRI

    Niveau 2 - Sciences