Bioinformatique : de la séquence à la structure des protéines : cours et cas pratiques

Auteur(s) :

Deléage, Gilbert (1956-....) Découvrir l'auteur

Résumé

Présentation des taches courantes de la bioinformatique des protéines, interdiscipline à la frontière de la biologie, de l'informatique et des mathématiques, qui a pour but d'intégrer des données d'origines diverses pour modéliser les systèmes vivants afin de comprendre et de prédire leurs comportements. Avec des cas pratiques détaillés et des QCM corrigés. ©Electre 2021

Autre(s) auteur(s)
- Brevern, Alexandre de
- Gouy, Manolo Emmanuel
Éditeur(s)
- Dunod
- Dupliprint
Date
- DL 2021
Notes
- Bibliogr. Glossaire. Index
Langues
- Français
Description matérielle
- 1 vol. (XI-227 p.) : ill. ; 24 cm
Collections
- Sciences sup
Sujet(s)
- Manuels d'enseignement supérieur
- Bioinformatique
ISBN
- 9782100815159
Indice
- 574(07) Biologie générale. Manuels
Quatrième de couverture
- Bioinformatique
  La bioinformatique a pour but d'intégrer des données d'origines très diverses pour modéliser les systèmes vivants afin de comprendre et prédire leurs comportements (analyse du génome, modélisation de l'évolution d'une population animale, modélisation moléculaire, reconstruction d'arbres phylogénétiques...). Ce livre est axé sur la bioinformatique des protéines. Il aborde de manière simple les tâches courantes qu'un biologiste ou un biochimiste doit savoir traiter sans avoir recours au spécialiste.
  Cette nouvelle édition a été enrichie de nouvelles notions comme les réseaux de neurones, les machines à vecteurs de supports, l'apprentissage profond et les alphabets structuraux.
  Les plus
  
  Les méthodes, algorithmes et implémentations les plus courants
  
  Des cas pratiques détaillés
  
  Le public
  
  Étudiants en Licence 3 ou Master de biologie ou de biochimie
  
  Étudiants en IUT de génie biologique
  
  Élèves ingénieurs
Tables des matières
- - Bioinformatique
  - De la séquence à la structure des protéines
  - 3e Édition
  - Gilbert Deléage
  - Manolo Gouy
  - Alexandre de Brevern
  - Dunod
  - Comment utiliser cet ouvrage VII
  - Avant-propos IX
  - 1 La composition en acides aminés1
  - 1. Acides aminés et séquence1
  - 2. Informations déduites de la composition en acides aminés4
  - 2 Bases de données pour données de bases1
  - 1. Les banques de données généralistes7
  - 2. Une entrée SWISS-PROT14
  - 3. Les systèmes d'interrogation18
  - 3 La comparaison de deux séquences21
  - 1. Matrice de points21
  - 2. Matrice de substitution26
  - 4 Recherche dans les banques33
  - 1. Score de similitude entre séquences33
  - 2. Recherche globale ou locale36
  - 3. FASTA37
  - 4. BLAST42
  - 5 Alignement de séquences47
  - 1. Introduction47
  - 2. Comparaison de protéines homologues (algorithme global)49
  - 3. Meilleur chevauchement entre séquences (algorithme local)52
  - 4. Alignements multiples55
  - 5. Représentation « logo »58
  - 6 Bases théoriques de la phylogénie moléculaire59
  - 1. Arbres phylogénétiques59
  - 2. Arbre des espèces - arbres de gènes63
  - 3. Modèle markovien de l'évolution moléculaire66
  - 4. Choix des sites72
  - 5. Matrices de taux de substitution entre séquences protéiques74
  - 6. Distances évolutives entre paires de séquences75
  - 7 Algorithmes pour la phylogénie moléculaire79
  - 1. Parcimonie80
  - 2. Méthodes de distances87
  - 3. Maximum de vraisemblance91
  - 4. Estimation de la fiabilité d'un arbre par bootstrap96
  - 5. Choix des méthodes de calcul d'arbres99
  - 8 Recherche de fonctions101
  - 1. Définitions101
  - 2. Détection de signatures de séquence (PROSITE)102
  - 3. Recherche de fonction avec pondération par la fréquence106
  - 4. Méthodes à base de profils108
  - 9 Profils physico-chimiques113
  - 1. Pourquoi les profils physico-chimiques ?113
  - 2. Hydrophobie-paramètres-construction du profil - interprétation113
  - 3. Amphiphilie116
  - 4. Accessibilité au solvant117
  - 10 Prédictions de structures secondaires119
  - 1. Méthode « statistique empirique »122
  - 2. Méthode information directionnelle (GOR)125
  - 3. Méthode de recherche des plus proches voisins (NNM)129
  - 4. Méthode auto-optimisée (SOPM)132
  - 5. Méthode auto-optimisée avec alignements (SOPMA)134
  - 6. Méthodes d'apprentissage134
  - 7. Réseaux Neuronaux Artificiels136
  - 8. Machines à Vecteurs de Supports140
  - 9. Apprentissage profond142
  - 10. Mesures de qualité prédictive148
  - 11 Structures 3D151
  - 1. Principe des méthodes de détermination expérimentale151
  - 2. Le format PDB153
  - 3. Les différents modes de représentations154
  - 4. Classification de structures 3D157
  - 5. Comparaison de structures 3D158
  - 6. Énergétique moléculaire160
  - 7. Optimisation de structures 3D163
  - 12 Modélisation de structures 3D165
  - 1. Les méthodes d'enfilage des repliements (threading)165
  - 2. Modélisation par homologie167
  - 3. Les alphabets structuraux176
  - 4. Méthodes ab initio188
  - 13 Détection de sites 3D dans les protéines191
  - 1. Problématique191
  - 2. Méthode SuMO191
  - Cas pratique d'analyse de séquences 195
  - Cas pratique de modélisation moléculaire de protéine par homologie 207
  - Conclusion 215
  - Bibliographie 217
  - Glossaire 223
  - Index 225
Origine de la notice:
- FR-751131015 ;
- Electre