Aménagé dans un ancien hospice d'Amsterdam datant de la fin du XVIIe siècle, l'Amstelhof, situé au bord du canal Nieuwe Herengracht, le musée a été réhabilité en deux temps. Le bâtiment Neerlandia a jusqu'en juin 2009 accueilli de petites expositions. En juin 2009, c'est l'ensemble de l'Amstelhof qui a été ouvert au public. L'Hermitage Amsterdam est la seule antenne du musée russe, à être gérée de façon autonome, et financée par des organismes néerlandais