En 1633, l'Abbaye de Saint-Denis quitta la Congrégation de Saint-Denis, qu'elle avait fondée (et qui dut changer de nom), pour adhérer à la Congrégation de Saint-Maur. En 1679, Louis XIV supprima la dignité d'abbé, ce dernier étant remplacé par un grand prieur. En 1691, la mense abbatiale fut unie à la Maison royale de Saint-Louis (Saint-Cyr-l'École, Yvelines)
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L'abbatiale fut fermée en 1793. Elle devint église paroissiale après la Révolution, et cathédrale en 1966. L'abbaye abrite la maison d'éducation de la Légion d'honneur fondée par Napoléon Ier