VIH
Les virus et le nouveau visage moléculaire de la pandémie
François-Charles Javaugue
Hermann
Préface
7
Introduction
9
Première partie : Les virus
Chapitre I. Historique de la découverte du VIH
13
Chapitre II. Classification des rétrovirus
19
Chapitre III. Structure et organisation génomique des VIH
23
I. Structure des VIH-123
II. Structure du provirus VIH-124
III. Particularités structurales du VIH-227
Chapitre IV. Cycle de réplication virale et thérapeutiques antirétrovirales (1)
29
I. Les inhibiteurs de fusion (IF)33
II. Les inhibiteurs du co-récepteur CCR534
1. Tropisme viral au cours de l'infection à VIH
34
2. Tests de tropisme pour le choix du traitement antirétroviral
37
2.1 Les tests phénotypiques (Trofile®, Phenoscript®, Trofile-ES®, TTT)37
2.2 Les tests génotypiques (algorithme 11/25, règle des charges nettes, algorithme
11/24/25, WetCat, Geno2Pheno, WebPSSM, etc.)40
2.2.1 Validation clinique des tests génotypiques
43
2.2.2 Validation technique et optimisation des tests génotypiques
44
2.2.2.1 Importance des outils informatiques d'interprétation des séquences V3
44
2.2.2.2 Utilisation de plusieurs algorithmes ou d'algorithmes composites associant
des paramètres clinico-biologiques (Geno2PhenoClin par exemple)
46
2.2.2.3 Choix du matériel amplifié (ARN plasmatique ou ADN proviral)
46
2.2.2.4 Choix de la séquence cible (V3 seule ou V3 + V2)
47
2.2.2.5 Utilisation de PCR dupliquées («duplicate PCR») ou tripliquées
(«triplicate PCR»)
48
2.2.2.6 Méthode de séquençage utilisée (séquençage conventionnel
ou «bulk-sequencing» versus «deep sequencing» ou «pyrosequencing»)
48
3. Le maraviroc (Celsentri®)
52
Chapitre V. Cycle de réplication virale et thérapeutiques antirétrovirales (2)
57
I. Les inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse (INTI ou NRTI)58
II. Les inhibiteurs non-nucléosidiques de la transcriptase inverse (INNTI ou NNRTI)59
Chapitre VI. Cycle de réplication virale et thérapeutiques antirétrovirales (3)
63
Chapitre VII. Cycle de réplication virale et thérapeutiques antirétrovirales (4)
71
Chapitre VIII. De l'origine du VIH aux origines de la pandémie
79
I. Les lentivirus des primates80
II. Lignée SIVcpz/VIH-188
III. Lignée SIVsm/VIH-298
IV. Préhistoire du VIH : l'origine des SIV101
V. Pathogénicité des lentivirus simiens108
VI. Les risques d'une nouvelle zoonose111
VII. Les origines de la pandémie114
Chapitre IX. Origines de la diversité génétique des VIH
125
I. Infidélité de la transcriptase inverse et dynamique de la réplication virale126
II. Recombinaison127
III. Pression de sélection138
Chapitre X. Classification des VIH et prévalence globale
des différentes formes génétiques
141
I. Les virus VIH-1 du groupe M141
1. Sous-types et sous-sous-types
141
1.1 Le sous-type C149
1.2 Le sous-type A152
1.3 Le sous-type B156
1.4 Le sous-type G163
1.5 Le sous-type D166
1.6 Les sous-types F, H, J et K167
2. Formes recombinantes circulantes ou CRF
170
2.1 CRF01_AE174
2.2 CRF02_AG181
2.3 CRF03_AB188
2.4 CRF04_cpx190
2.5 CRF05_DF190
2.6 CRF06_cpx191
2.7 CRF07_BC et CRF08_BC194
2.8 CRF09_cpx202
2.9 CRF11_cpx203
2.10 CRF12_BF et apparentés (CRF12, 17, 28, 29, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 47)204
2.11 CRF13_cpx206
2.12 CRF14_BG206
2.13 CRF18_cpx et CRF19_cpx208
2.14 CRF20_BG, CRF23_BG et CRF24_BG208
2.15 CRF25_cpx210
2.16 CRF35_AD210
2.17 CRF36_cpx et CRF37_cpx211
2.18 CRF43_02G212
2.19 CRF48_01B et apparentés (CRF15, 33, 34, 48, 51, 52, 53, 54, 55)212
2.20 CRF49_cpx214
3. Formes recombinantes uniques ou URF
214
II. Les virus VIH-1 du groupe O220
III. Les virus VIH-1 du groupe N226
IV. Les virus VIH-1 du groupe P228
V. Les VIH-2230
Chapitre XI. Outils d'épidémiologie moléculaire
241
I. Techniques de sérotypage (sérotypie V3)241
II. Techniques de génotypage244
1. Test de mobilité des hétéroduplex ou HMA («Heteroduplex Mobility Assay»)
244
2. Analyse des séquences nucléotidiques
248
2.1 Notion de phylogénie256
2.2 Calcul des distances génétiques257
2.3 Analyses phylogénétiques et méthodes d'inférence phylogénétique258
2.3.1 La méthode du plus proche voisin ou «Neighbor-Joining» (NJ)
259
2.3.2 La méthode de parcimonie
259
2.3.3 La méthode du maximum de vraisemblance ou «Maximum Likelihood» (ML)
260
2.4 Support statistique des résultats : le «bootstrap»260
2.5 L'inférence Bayésienne en phylogénie moléculaire262
2.6 Analyse des formes recombinantes : le «bootscanning»265
2.7 Méthodes de sous-typage rapide : les programmes «BLAST»267
2.8 Conclusion268
III. Caractérisation du phénotype biologique269
Deuxième partie : La pandémie
Chapitre XII. L'épidémie de SIDA aujourd'hui à travers le monde
275
Chapitre XIII. Distribution globale et régionale des différents sous-types
et formes recombinantes du VIH-1 dans le monde
279
Chapitre XIV. Données générales sur le visage moléculaire
de l'épidémie de VIH en Afrique Subsaharienne
287
Chapitre XV. Épidémiologie moléculaire du VIH en Afrique de l'Ouest
301
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Côte d'Ivoire304
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Ghana310
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Togo310
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Bénin311
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Nigeria312
VI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Niger313
VII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Burkina Faso314
VIII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Mali315
IX. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Sénégal et au Cap-Vert316
X. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Gambie et Guinée-Bissau320
XI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Guinée, en Sierra Leone et au Liberia322
XII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Mauritanie323
Chapitre XVI. Épidémiologie moléculaire du VIH en Afrique Centrale
331
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Cameroun338
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Gabon347
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Guinée Équatoriale348
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en République démocratique du Congo349
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Angola355
VI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en République du Congo357
VII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en République de Centrafique358
VIII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Tchad362
Chapitre XVII. Épidémiologie moléculaire du VIH en Afrique de l'Est
371
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Ouganda377
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Kenya381
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en République-Unie de Tanzanie389
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Rwanda392
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Burundi392
Chapitre XVIII. Épidémiologie moléculaire du VIH en Afrique du Sud
405
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en République d'Afrique du Sud413
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Lesotho et au Swaziland420
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Namibie et au Botswana421
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Zimbabwe422
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Mozambique424
VI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Malawi et en Zambie426
Chapitre XIX. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays de la corne
de l'Afrique
433
Chapitre XX. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les territoires
ou nations insulaires d'Afrique du Sud
441
Chapitre XXI. Données générales sur l'épidémiologie et le visage moléculaire
du VIH en Amérique du Nord, en Europe de l'Ouest et en Europe Centrale
445
Chapitre XXII. Épidémiologie moléculaire du VIH en Amérique du Nord
451
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 aux États-Unis d'Amérique451
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Canada456
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Groenland459
Chapitre XXIII. Épidémiologie moléculaire du VIH en Europe Occidentale
et Centrale
461
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en France479
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Royaume-Uni et en Irlande498
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Belgique, au Luxembourg,
en Allemagne, en Autriche et en Suisse501
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 dans les pays d'Europe du Nord505
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Espagne et au Portugal510
VI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Italie520
VII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Grèce et à Chypre526
VIII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Europe Centrale
et dans les autres pays d'Europe du Sud530
Chapitre XXIV. Épidémiologie moléculaire du VIH aux Caraïbes,
aux Antilles et en Guyane
537
Chapitre XXV. Données générales sur l'épidémiologie et le visage moléculaire
du VIH en Amérique Latine
549
I. L'épidémie de VIH/SIDA en Amérique Latine549
II. Visage moléculaire de l'épidémie de VIH/SIDA en Amérique Latine552
1. Données générales
552
2. Le sous-type B
555
3. Le sous-type F
556
4. Les recombinants B/F
557
5. Le sous-type C
559
Chapitre XXVI. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays
d'Amérique Latine
563
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Mexique563
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Honduras,
Guatemala, Belize, Salvador, Nicaragua, Costa Rica et Panama564
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Colombie565
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Venezuela565
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Bolivie, en Équateur et au Pérou566
VI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Brésil567
VII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Argentine579
VIII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Paraguay et en Uruguay582
IX. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Chili583
Chapitre XXVII. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays
d'Europe de l'Est et d'Asie Centrale
587
Chapitre XXVIII. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays
d'Asie du Sud et du Sud-Est
607
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Vietnam613
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Thaïlande615
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Cambodge620
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Laos622
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Myanmar622
VI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Indonésie625
VII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Malaisie625
VIII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 à Singapour628
IX. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 aux Philippines629
Chapitre XXIX. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays
d'Asie de l'Est
631
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Chine et à Taïwan632
1. Bases épidémiologiques et moléculaires de la naissance de l'épidémie de VIH/SIDA
en Chine
632
2. Aspects épidémiologiques et moléculaires de l'épidémie de VIH/SIDA en Chine
selon le mode de contamination
636
3. Autres caractéristiques moléculaires régionales de l'épidémie de VIH/SIDA en Chine
643
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Japon, en Corée du Nord
et en Corée du Sud648
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Mongolie649
Chapitre XXX. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays
du sous-continent indien
651
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Inde651
1. Modèle épidémiologique de l'infection à VIH/SIDA en Inde
652
2. Visage moléculaire de l'épidémie de VIH/SIDA en Inde
654
2.1 VIH-1 de sous-type C : un virus hégémonique en Inde654
2.2 Formes recombinantes en Inde658
2.3 VIH-1 de sous-type B et recombinants B/C659
2.4 VIH-1 de sous-type A et recombinants A/C661
2.5 Autres variants VIH-1 et circulation du VIH-2 en Inde662
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Népal662
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Bengladesh663
Chapitre XXXI. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays d'Océanie
665
Chapitre XXXII. Épidémiologie moléculaire du VIH dans les pays
d'Afrique du Nord et du Moyen-Orient
669
I. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Algérie674
II. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Maroc, en Tunisie et en Libye677
III. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Égypte680
IV. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Soudan et au Sud-Soudan680
V. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Afghanistan681
VI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Pakistan684
VII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Iran687
VIII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Arabie Saoudite691
IX. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Koweït, aux Émirats Arabes Unis,
au Qatar, au Royaume de Bahreïn, dans le Sultanat d'Oman et au Yémen691
X. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Turquie692
XI. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 au Liban693
XII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Israël693
XIII. Épidémiologie moléculaire du VIH-1 en Jordanie, en Cisjordanie,
dans les Territoires Palestiniens, en Syrie et en Iraq694
Troisième partie : Conséquences de la diversité
génétique du VIH
Chapitre XXXIII. Le problème de la variabilité génétique du VIH
pour le laboratoire de Virologie
699
I. Diversité génétique et diagnostic de l'infection à VIH702
1. Encadrement réglementaire actuel des trousses de dépistage de l'infection à VIH
en France
702
2. Tests de dépistage de l'infection à VIH en France : évaluation
et recommandations actuelles
704
3. Tests de dépistage de l'infection à VIH : impact de la variabilité génétique
et autres facteurs susceptibles d'en altérer les performances
705
3.1 Tests ELISA706
3.2 Tests de quantification de l'antigène p24713
3.3 Tests rapides d'orientation diagnostique (TROD)714
3.4 Tests de confirmation : Western Blot ou Immuno-Blot722
4. Cas particulier de l'infection aiguë dans les pays à ressources limitées
et tests rapides dits «de quatrième génération»
728
5. Techniques de sérotypage
730
II. Diversité génétique et techniques de mesure de la charge virale731
1. Mesure du taux d'ARN VIH-1 plasmatique par biologie moléculaire
735
2. Détermination qualitative ou quantitative du taux d'ADN proviral
742
3. Particularités des groupes O, N et P du VIH-1
744
4. Mesure de la charge virale VIH-2
745
5. Mesure de la charge virale dans les pays à faibles ressources et techniques alternatives
747
5.1 Détection ultra-sensible de l'antigène p24 (Perkin Elmer Ultra sensitive p24®)750
5.2 Mesure directe de l'activité RT plasmatique (Cavidi ExaVir® Load Reverse
Transcriptase Assay)751
5.3 RT-PCR «maison» et techniques moléculaires alternatives751
5.4 «Dried blood spots» (DBS) : sang total imprégné sur papier buvard752
III. Diversité génétique et tests génotypiques de détermination des résistances
aux antirétroviraux755
1. Données générales sur les méthodes de détermination génotypique de la résistance
aux antirétroviraux
755
2. Les techniques disponibles : description, performances et impact
de la variabilité génétique
758
3. Les algorithmes d'interprétation des résistances génotypiques aux antirétroviraux
765
4. Techniques alternatives et stratégies dans les pays à ressources limitées
771
5. Cas particulier des infections mixtes : co-infections et super-infections
773
Chapitre XXXIV. Diversité génétique du VIH et transmission virale
775
I. Transmission sexuelle du VIH-1776
II. Transmission parentérale du VIH-1783
III. Transmission de la mère à l'enfant du VIH-1783
IV. Transmission des variants rares du VIH-1786
V. Transmission du VIH-2788
Chapitre XXXV. Conséquences biologiques et cliniques
de la diversité génétique du VIH
789
I. Déterminisme génétique de la pathogénicité de l'infection par le VIH789
1. Facteurs génétiques et immunogénétiques de susceptibilité
789
2. Influence du groupe ethnique
798
II. Déterminisme viral de la pathogénicité de l'infection par le VIH802
1. Données observationnelles
802
2. Données biologiques in vitro : capacité réplicative, «fitness» viral
et polymorphisme génétique804
2.1 Classification phénotypique805
2.2 «Fitness» réplicatif et pathogénicité ou «fitness pathogénique»805
2.3 «Fitness» réplicatif et polymorphisme génétique809
2.3.1 Polymorphisme de la région gag810
2.3.2 Polymorphisme de l'enveloppe virale
810
2.3.3 Polymorphisme de la protéase virale
811
2.3.4 Polymorphisme de la transcriptase inverse
811
2.3.5 Polymorphisme de l'intégrase
811
2.3.6 Polymorphisme des gènes codant les protéines accessoires Vif, Rev, Nef, Tat
811
2.3.7 Polymorphisme de la région promotrice du LTR en 5'
812
2.4 «Fitness» réplicatif et résistance aux antirétroviraux815
3. Tropisme viral, cytopathogénicité et pathogénicité
816
4. Charge virale plasmatique au cours de l'infection chronique («viral load sept-point»)825
III. Histoires naturelles comparées de l'infection par les différents variants viraux827
1. Sous-types et recombinants du VIH-1 du groupe M
827
1.1 Comparaison directe «B versus non-B»828
1.2 Virulence accrue pour les isolats de sous-type D
et les recombinants A/D ou C/D829
1.3 Virulence accrue pour les isolats CRF01_AE830
1.4 Sous-type A et CRF02_AG : des variants moins pathogènes ?832
1.5 Évaluation de la pathogénicité relative du sous-type C834
1.6 Pathogénicité du sous-type G et des recombinants B/G dont le CRF14_BG835
1.7 Variants géographiques : cas du variant B brésilien835
1.8 Sous-types VIH-1 et troubles neurocognitifs836
1.9 Conclusion836
2. Particularités biologiques, immunovirologiques et cliniques de l'infection
par les variants rares du VIH-1 : groupes O, N et P
837
3. Particularités biologiques, immunovirologiques et cliniques de l'infection par le VIH-2
839
Chapitre XXXVI. Diversité génétique du VIH-1
et réponse aux traitements antirétroviraux
843
Chapitre XXXVII. Impact de la diversité génétique du VIH sur la susceptibilité
et les profils de résistance aux antirétroviraux
865
I. Diversité génétique du VIH et sensibilité naturelle aux antirétroviraux867
1. Sensibilité naturelle des VIH aux inhibiteurs nucléosidiques et nucléotidiques
de la transcriptase inverse (INTI)
872
1.1 Données d'efficacité sur les VIH-1872
1.2 Données d'efficacité sur le VIH-2873
2. Sensibilité naturelle des VIH aux inhibiteurs non-nucléosidiques
de la transcriptase inverse (INNTI)
874
2.1 Données d'efficacité des inhibiteurs non-nucléosidiques de la transcriptase
inverse de première génération sur les VIH-1 (éfavirenz, névirapine)874
2.2 Données d'efficacité des inhibiteurs non-nucléosidiques de la transcriptase
inverse de deuxième génération sur les VIH-1 (étravirine, rilpivirine)875
2.3 Résistance naturelle du VIH-2 aux inhibiteurs non-nucléosidiques
de la transcriptase inverse878
3. Sensibilité naturelle des VIH aux inhibiteurs de protéase (IP)
879
3.1 Polymorphisme naturel de la protéase et sensibilité des VIH-1
aux inhibteurs de protéase879
3.2 Polymorphisme naturel de la protéase et hypersensibilité de certains variants
aux inhibteurs de protéase886
3.3 Données d'efficacité in vivo (chapitre XXXVI) et cas particulier du darunavir
et du tipranavir887
3.4 Impact des mutations de polymorphisme sur le calcul des scores
de sensibilité génotypique aux inhibiteurs de protéase890
3.5 Données d'efficacité sur le VIH-2891
4. Polymorphisme de la région gag et susceptibilité aux inhibiteurs de protéase892
5. Sensibilité naturelle des VIH aux inhibiteurs d'intégrase (INI)
893
5.1 Données génétiques et structurales de l'intégrase des rétrovirus (chapitre VI)894
5.2 Mécanismes de la résistance aux inhibiteurs d'intégrase (chapitre VI)895
5.3 Données cliniques d'efficacité selon le sous-type VIH-1 (chapitre XXXVI)901
5.4 Polymorphisme naturel et sensibilité des VIH-1 aux inhibiteurs d'intégrase901
5.5 Données d'efficacité sur le VIH-2 et le VIH-1 de groupe O909
6. Sensibilité naturelle des VIH aux inhibiteurs de fusion (IF, enfuvirtide ou T-20)
910
7. Sensibilité naturelle des VIH aux inhibiteurs du co-récepteur CCR5 (maraviroc)
913
7.1 Sous-type VIH-1 et tropisme viral913
7.2 Performances des outils génotypiques de détermination du tropisme915
7.3 Polymorphisme de la boucle V3 et données d'efficacité chez les VIH-1916
7.4 Données d'efficacité chez le VIH-2918
8. Sensibilité naturelle des VIH-1 aux autres antirétroviraux
919
8.1 Sensibilité naturelle aux inhibiteurs de maturation (bévirimat)919
8.2 Sensibilité naturelle aux inhibiteurs d'attachement (BMS-626529)920
9. Résistances transmises aux antirétroviraux et sous-types VIH-1
921
II. Mécanismes génétiques d'acquisition de la résistance923
1. Diversité génétique et résistance aux inhibiteurs nucléosidiques et nucléotidiques
de la transcriptase inverse (INTI)
926
1.1 Mutation K65R926
1.1.1 Mutation K65R : données générales
926
1.1.2 Mutation K65R : prévalences régionales
928
1.1.3 Mutation K65R : déterminants thérapeutiques
929
1.1.4 Mutation K65R : influence du suivi virologique
930
1.1.5 Mutation K65R : des interactions mutationnelles complexes
931
1.1.6 K65R : une mutation sous l'influence de nombreux déterminants (synthèse)
933
1.1.7 Mécanisme moléculaire de la prédisposition génétique à la sélection
de la mutation K65R chez les virus de sous-type C
933
1.1.8 Mutation K65R et sous-type C : implications thérapeutiques
937
1.2 Autres mécanismes de résistance potentiellement influencés par le sous-type viral :
TAMs, T69N, Q151M938
1.3 Mutations dans la région C-terminale de la transcriptase inverse943
1.4 Résistance du VIH-2 aux inhibiteurs nucléosidiques et nucléotidiques
de la transcriptase inverse944
2. Diversité génétique et résistance aux inhibiteurs non-nucléosidiques
de la transcriptase inverse (INNTI)
947
2.1 Éfavirenz et névirapine : des profils mutationnels différents947
2.2 Les virus de sous-type C sélectionnent plus fréquemment une mutation
de résistance à la névirapine monodose948
2.3 V106M : une mutation spécifiquement sélectionnée par le sous-type C
après exposition à l'éfavirenz948
2.4 Spécificités inter-sous-types des mutations G190A et A98S950
2.5 Résistance aux inhibiteurs non-nucléosidiques de seconde génération
(étravirine, rilpivirine)951
3. Diversité génétique et résistance aux inhibiteurs de protéase (IP)
955
3.1 Polymorphisme naturel de la protéase et résistance des VIH-1 aux inhibiteurs
de protéase955
3.2 D30N/N88D et L90M/N88S : deux profils de résistance au nelfinavir
sous la dépendance du sous-type viral957
3.3 Polymorphisme 89M et résistance au nelfinavir et à l'atazanavir959
3.4 V82M : une mutation de résistance du sous-type G et du CRF14_BG
aux inhibiteurs de protéase961
3.5 Impact des polymorphismes L10I et M36I sur les voies de résistance
aux inhibiteurs de protéase962
3.6 Autres voies mutationnelles sous la dépendance du sous-type viral : L76V,
I54L/V, T74P/S963
3.7 Résistance des VIH-1 au darunavir et au tipranavir965
3.8 Résistance du VIH-2 aux inhibiteurs de protéase967
4. Mutations dans la région gag et résistance aux inhibiteurs de protéase968
5. Diversité génétique et résistance aux inhibiteurs d'intégrase (INI)
970
6. Tableau récapitulatif : principales voies mutationnelles influencées
par le sous-type viral pour l'acquisition d'une résistance aux INTI, INNTI, IP et INI
975
7. Diversité génétique et résistance aux inhibiteurs de fusion (IF, enfuvirtide ou T-20)
982
8. Diversité génétique et résistance aux inhibiteurs du co-récepteur CCR5 (maraviroc)
983
9. Point particulier de la résistance à la névirapine utilisée dans les pays
en développement dans le cadre de la prophylaxie de la transmission mère-enfant (TME)
985
III. Conclusion, implications cliniques et perspectives991
Chapitre XXXVIII. Diversité génétique du VIH-1 et vaccin anti-VIH
999
I. Les premières approches vaccinales : les anticorps neutralisants1001
II. Les vaccins inducteurs d'immunité cellulaire1002
III. Les stratégies actuelles1006
IV. Autres approches et nouvelles perspectives1012
1. Les espoirs d'un vaccin préventif : anticorps neutralisants à large spectre
et immunité muqueuse
1012
2. L'immunisation thérapeutique
1016
Conclusion
1019
Annexes
Annexe I. Antirétroviraux disponibles en 2013, posologies usuelles, principales
précautions d'emploi et principaux effets secondaires
1025
Annexe II. Algorithme ANRS 2012 pour l'interprétation génotypique
de la résistance aux antirétroviraux, version N° 22
1031
Annexe III. Formes recombinantes circulantes (CRF) inscrites
à la nomenclature, septembre 2013
1037
Annexe IV. Liste des pays étudiés dans chaque région
1047
Bibliographie
1049
Index
1383
Abréviations - acronymes
1413
Liste des figures
1421
Liste des tableaux
1437
Descriptif des auteurs
1453
Résumé
1455
Résumé en anglais (Summary)
1457
Remerciements
1459