Les Pygmées sont considérés comme les descendants de très anciennes populations localisées au paléolithique dans les régions des Grands Lacs: le Rwanda, le Burundi, le Kenya, la Tanzanie, l'Ouganda. Ils descendent tous d'un même ancêtre dont le prototype serait représenté par le spécimen homo sapiens sapiens dit d'OMO I qui lui-même remonte d'après les datations absolues à plus de 130 000 ans. Leur existence est attestée dès la plus haute Antiquité. Pour les Égyptiens de l'époque pharaonique, il ne s'agissait pas de créatures légendaires, mais bien d'hommes à part entière qu'ils prenaient soin de représenter avec toutes leurs caractéristiques ethniques.

L'histoire des Pygmées fascine et trouble aussi bien les spécialistes que les populations qui se différencient d'eux ou qui s'en approchent par curiosité, afin de vérifier le bien-fondé des nombreux clichés accumulés depuis la nuit des temps. Cependant pour certains esprits attardés, il s'agirait toujours d'êtres imaginaires ou surnaturels, d'animaux, de nains, etc. et d'autres s'ingénient encore à nier purement et simplement leur existence. Ils apparaîtront enfin comme le possible révélateur de l'état du primitif paléolithique ou «le chaînon manquant». Pourtant, on a bel et bien à faire à des hommes dotés de toutes les capacités qui les élèvent au-dessus de l'animal. Au demeurant, les connaissances dont ils font preuve notamment dans les domaines de la biomédecine, de la zoologie, de la cosmogonie, les placent parmi les meilleurs experts. Les Aka furent également des acteurs économiques de premier plan qui prirent largement part aux échanges commerciaux trans-nilotiques avec les populations voisines.