Crises sanitaires en agriculture
Les espèces invasives sous surveillance
C. Lannou, J.-Y. Rasplus, S. Soubeyrand, M. Gautier, J.-P. Rossi
Éditions Quae
Introduction : la vulnérabilité de l'agriculture face aux crises sanitaires
9
Christian Lannou
Émergences, invasions et crises sanitaires10
La fabrique des émergences11
Un système d'assurance qui ne tient plus14
Réduire la vulnérabilité sanitaire des territoires agricoles16
S'organiser face aux crises sanitaires17
Références bibliographiques20
Partie 1
Biologie de l'invasion
1. L'anthropocène : l'ère des invasions biologiques et des crises phytosanitaires
25
Jean-Claude Streito et Guillaume Fried
Les différentes étapes du processus d'invasion26
Pourquoi certaines populations deviennent-elles invasives ?29
Conséquences sur les patrons d'invasion et leur évolution34
Conclusion36
Références bibliographiques37
2. Reconstruire les routes d'invasion biologique par des approches de génétique des populations
39
Arnaud Estoup et Éric Lombaert
Reconstruire les routes d'invasion pour aborder des questions appliquées et académiques40
Des méthodes de reconstruction des routes d'invasion de plus en plus performantes41
Illustrations au travers de l'étude de deux envahisseurs emblématiques43
Que nous apprennent les routes d'invasion ?47
Limites et perspectives48
Conclusion50
Références bibliographiques51
3. Invasions et processus évolutifs
55
Benoit Facon, Ruth A. Hufbauer et Julien Foucaud
Le processus d'introduction : un facteur-clé du devenir évolutif des populations envahissantes56
Invasions et changements adaptatifs : où, quand et comment ?61
De l'étude de cas particuliers à la formalisation de scénarios d'invasion65
Conclusion67
Références bibliographiques68
4. Climat et invasions biologiques
71
Jean-Pierre Rossi
Qu'est-ce que le climat ?71
Le changement climatique73
Climat et aires de distributions potentielles74
Conclusion77
Références bibliographiques77
5. Les scolytes du genre Xylosandrus à la conquête de l'Europe
79
Teddy Urvois, Jean-Pierre Rossi, Charles Perrier, Alain Roques, Marie-Anne Auger-Rozenberg et Carole Kerdelhué
Biologie des Xyleborini et risques d'invasion80
Estimer l'aire de distribution potentielle sur la base des occurrences actuelles82
Déterminer l'origine des populations invasives à l'aide de marqueurs moléculaires85
Conclusion92
Références bibliographiques94
Partie 2
Détecter l'arrivée des envahisseurs et anticiper les prochains
6. Importance de la systématique pour anticiper et gérer les crises sanitaires
99
Jean-Yves Rasplus, Raphaëlle Mouttet et Astrid Cruaud
La taxonomie, science hypothético-déductive100
La taxonomie, le parent pauvre des sciences de la vie101
Les outils moléculaires de détection et d'identification et leur nécessaire validation par des taxonomistes102
Les taxonomistes doivent maîtriser les outils moléculaires et morphologiques de dernière génération104
La surveillance future nécessite que la systématique ait un futur105
Conclusion107
Références bibliographiques108
7. Séquençage à haut débit pour la surveillance du territoire en santé des plantes
111
Astrid Cruaud et Jean-Yves Rasplus
De quels outils disposons-nous traditionnellement
pour la surveillance du territoire ?112
Que sont les technologies de séquençage à haut débit ?114
Traitement bio-informatique des données et contrôles qualité119
Les technologies de séquençage à haut débit : de la recherche à la surveillance du territoire120
Conclusion121
Références bibliographiques122
8. Utilisation d'approches phylogénétiques pour mieux comprendre et prédire le potentiel invasif des espèces
125
Gael J. Kergoat, Christine N. Meynard, Guillaume Fried et Emmanuelle Jousselin
Vers une meilleure prise en compte de la diversité intraspécifique dans la prédiction du risque d'invasion126
Reconstruire l'histoire des espèces et de leurs caractéristiques biologiques pour prédire les invasions128
Intégration des phylogénies pour l'étude du potentiel invasif à l'échelle des communautés130
Conclusion133
Références bibliographiques133
9. Anticiper les invasions et les détecter précocement
137
Alain Roques et Marie-Anne Auger-Rozenberg
Une détection très problématique des nouvelles arrivées138
Les plantations sentinelles comme outil d'identification des envahisseurs potentiels139
Le piégeage avec des attractifs à vocation générique pour une détection précoce des espèces envahissantes144
Conclusion147
Références bibliographiques148
10. Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?
151
Jean-Claude Streito, Julien Papaix, Marguerite Chartois, Christophe Botella, Éric Pierre, Jean-Marc Armand, Jonathan Gaudin et Jean-Pierre Rossi
Utilisation des sciences participatives pour la surveillance des espèces exotiques envahissantes152
Sciences participatives : des moyens humains et d'analyse importants156
Spécificité de l'analyse des données158
Limites et perspectives des sciences participatives160
Conclusion161
Références bibliographiques161
Partie 3
Surveiller, analyser et anticiper
11. Les invasions biologiques à la lumière des modèles
167
Lionel Roques et Samuel Soubeyrand
Propagation spatiale167
Effet Allee et événements d'introduction172
Modèles épidémiques de type SIR174
Invasions adaptatives177
Conclusion181
Références bibliographiques182
12. Surveillance à l'échelle des territoires
187
Sylvain Poggi, Gaël Thébaud, Leyli Borner et Davide Martinetti
Surveiller pour prévenir l'introduction d'une espèce invasive dans un territoire188
Surveiller pour prévoir et limiter l'expansion d'une espèce envahissante191
Conclusion199
Références bibliographiques199
13. Des sentinelles sur les autoroutes aériennes d'agents phytopathogènes
203
Cindy E. Morris et Davide Martinetti
Une histoire déjà longue204
Mécanismes impliqués dans la dissémination aérienne à longue distance205
Modélisation de la DALD des agents phytopathogènes aéroportés208
Surveillance des agents phytopathogènes fondée sur les trajectoires probables de dissémination aérienne211
Conclusion212
Références bibliographiques214
14. Décrypter l'émergence de Xylella fastidiosa en Europe et surveiller son expansion
219
Marie-Agnès Jacques, Samuel Soubeyrand et Enora Dupas
Comment une faiblesse biologique peut être une force épidémiologique219
Xylella fastidiosa : une espèce génétiquement diverse et une gamme d'hôtes démesurément grande220
Une origine américaine pour Xylella fastidiosa221
Agrandissement de l'aire de distribution via des introductions multiples223
Réglementation européenne et mesures de surveillance225
Evaluation du risque d'expansion de Xylella fastidiosa en Europe227
Impact économique des maladies dues à Xylella fastidiosa229
Conclusion230
Références bibliographiques230
Partie 4
S'organiser contre les crises sanitaires
15. L'économie des invasions biologiques : vers une hiérarchisation des stratégies de gestion
237
Pierre Courtois, Charles Figuières, César Martinez, Gaël Thébaud et Alban Thomas
Les coûts des invasions et des stratégies de gestion238
Analyses coût-bénéfice et coût-efficacité239
Quatre principaux arbitrages240
Des outils de décision pour hiérarchiser les choix de gestion242
Les enjeux de la gestion privée : inefficacité et coordination247
Conclusion249
Références bibliographiques249
16. Un cadre réglementaire pour commercer librement tout en maîtrisant les introductions d'envahisseurs
251
David Caffier
Un cadre réglementaire international pour limiter les risques d introduction d envahisseurs252
Organismes nuisibles, végétaux et autres produits à réglementer254
Les principales mesures en place pour lutter contre les foyers d'organismes réglementés258
D'autres réglementations pour maîtriser les invasions biologiques262
Conclusion264
Références bibliographiques264
17. La surveillance active des menaces phytosanitaires émergentes : le défi de la mise en oeuvre opérationnelle
267
Lucie Michel, Marie Grosdidier, Ismaël Houillon et Virginie Ravigné
Définir les menaces270
Définir une stratégie d'échantillonnage271
Mettre en place une organisation efficace275
Gérer et exploiter les données277
Conclusion279
Références bibliographiques280
18. La prophylaxie pour gérer les crises sanitaires lorsqu'elles s'installent : vivre avec la flavescence dorée de la vigne
283
Sylvie Malembic-Maher, Xavier Foissac, Fiona Panziera et Marc Barbier
Emergence et installation de la flavescence dorée en Europe284
Panorama sur la gestion de la flavescence dorée à l'échelle européenne287
Fortes spécificités régionales des dispositifs d'épidémiosurveillance de la flavescence dorée en France289
Approches d'expérimentations collectives et multidisciplinaires pour le « vivre avec »292
De la gestion collective à la fabrique du consensus295
Conclusion296
Références bibliographiques296
19. Collaboration internationale contre les crises phytosanitaires : de la recherche aux normes
299
Baldissera Giovani, Sarah Brunei, Roger Day, Françoise Petter et Muriel Suffert
La coordination des activités de recherche en appui à la réglementation et aux activités de terrain300
Renforcer les systèmes d'alerte et d'intervention contre les organismes nuisibles302
Vers un réseau de laboratoires de diagnostic pour appuyer les pays dans l'identification des organismes nuisibles304
Développer les compétences nationales par des collaborations internationales305
Conclusion307
Références bibliographiques308
Conclusion générale
309
Glossaire
313
Liste des auteurs
323