Alimentation, sécurité et contrôles microbiologiques
Alain Branger
Marie-Madeleine Richer
Sébastien Roustel
Introduction7
Préambule9
Partie 1 : Les contrôles : cadres et organisation13
Chapitre 1 : Les objets microbiens15
1. Les micro-organismes dans le monde vivant15
1.1. Principes généraux15
2. Les virus19
2.1. Le cycle viral20
2.2. Éléments de classification des virus21
3. Les bactéries23
3.1. Les critères de classification23
3.1.1. Les critères phénotypiques23
3.1.2. Les critères génétiques25
3.2. Quelles classifications utiliser en bactériologie ?26
3.2.1. Adaptation de la classification à l'identification26
3.2.2. Adaptations aux industries alimentaires28
4. Les champignons ou Mycètes29
4.1. Un règne très particulier29
4.1.1. Qu'appelle-t-on champignon ?29
4.1.2. La reproduction chez les champignons30
4.1.3. Importance dans les bio-industries34
4.2. Classification des champignons37
4.3. Culture et identification des micromycètes38
4.3.1. Méthodes de culture38
4.3.2. Identification des micromycètes39
4.3.3. L'application aux contrôles des ferments fongiques43
Chapitre 2 : L'analyse au laboratoire45
1. L'analyse, étapes et problèmes
45
1.1. Observation de deux analyses au laboratoire45
1.2. Analyse des différentes étapes45
1.2.1. Choix de la technique à utiliser45
1.2.2. Préparation des réactifs et du matériel46
1.2.3. Échantillonnage47
1.2.4. Préparation des individus à analyser48
1.2.5. Réalisation de la manipulation et lecture50
1.2.6. Présentation des résultats50
1.2.7. Conditions de travail50
2. Les lieux d'analyse : les laboratoires
50
2.1. Les laboratoires extérieurs51
2.2. Qu'est-ce que l'accréditation ?52
2.3. Conception des laboratoires55
2.3.1. Démarche générale55
2.3.2. Exemple d'étude pour un laboratoire d'entreprise55
3. La métrologie : une nécessité
57
3.1. Le vocabulaire de la métrologie57
3.2. La fonction métrologique59
3.3. Inventaire des équipements60
3.4. Besoins métrologiques60
3.5. Opérations métrologiques61
3.6. Sous-traitance métrologique61
3.7. Suivi des équipements63
Chapitre 3 : Pour une analyse de qualité65
1. Qu'est-ce qu'une méthode ou une technique ?
65
2. Évaluation des méthodes d'analyse
67
2.1. Critères pratiques67
2.2. Critères économiques67
2.3. Le principe67
2.4. Critères analytiques68
3. Les incertitudes attachées aux résultats
69
3.1. Expression générale de l'incertitude69
3.2. Estimation de l'incertitude d'un système d'analyse70
3.3. Analyse en double72
3.4. Évaluation analytique d'une méthode72
3.4.1. Estimation de la fidélité73
3.4.2. Estimation de la justesse73
3.5. Cas particuliers des dénombrements en microbiologie75
3.5.1. Imprécision des méthodes de numération en milieu liquide75
3.5.2. Imprécision de la numération sur boîtes de Petri75
3.6. Les essais interlaboratoires75
Partie 2 : Contrôler pour évaluer la qualité79
Chapitre 4 : L'analyse en microbiologie81
1. Les méthodes microscopiques
82
1.1. Observations qualitatives83
1.2. Quantification par comptage visuel84
1.2.1. Utilisation de lames de comptage84
1.2.2. Utilisation de la lame de Breed85
1.2.3. La technique DEFT86
1.3. Quantifications par comptages automatisés87
1.3.1. Le COBRA87
1.3.2. La cytométrie en flux88
2. Méthodes de recherche de traces d'activité ou de présence microbienne
90
2.1. Présentation générale90
2.2. Détections de métabolites92
2.2.1. Généralités92
2.2.2. Analyses d'une méthode : le dosage de l'ATP92
2.3. Mesure ou dosage des modifications chimiques, physico-chimiques ou physiques du milieu sous l'effet du développement microbien95
2.3.1. Généralités95
2.3.2. Exemples95
2.4. Détection des molécules de structure96
2.4.1. Utilisation de la spectroscopie infrarouge (IRTF)97
2.4.2. Techniques immunologiques97
3. Les méthodes de culture
99
3.1. Les milieux de culture100
3.1.1. Les types de milieux100
3.1.2. Utilisation des milieux de culture101
3.2. Techniques de dénombrement102
3.2.1. Exemples de milieux différentiels d'isolement104
Chapitre 5 : Les apports de la biologie moléculaire107
1. L'hybridation moléculaire
108
1.1. Présentation générale108
1.2. Caractéristiques physico-chimiques de l'hybridation108
1.2.1. Facteurs influençant la Tm108
1.2.2. Facteurs influençant l'hybridation109
1.2.3. La spécificité des amorces et des sondes moléculaires109
1.3. Les acteurs d'une hybridation110
1.3.1. Séquences nucléotidiques cibles110
1.3.2. Les sondes110
1.3.3. Les amorces111
1.4. Les différents types d'hybridation111
1.4.1. L'hybridation sur support112
1.4.2. L'hybridation in situ115
2. Les techniques d'amplification
116
2.1. La PCR conventionnelle116
2.1.1. Principe de la PCR (polymerase chain reaction)116
2.1.2. Spécificité de la PCR117
2.1.3. Les principaux composants de la réaction118
2.1.4. Limites et problèmes de la technique PCR119
2.1.5. Utilisation de la PCR conventionnelle pour l'identification ou le typage121
2.2. Autres types de PCR121
2.2.1. La PCR-RFLP121
2.2.2. La PCR-ELISA121
2.2.3. La PCR quantitative en temps réel (QRT-PCR)122
3. Les techniques de séparation
125
3.1. Les techniques électrophorétiques125
3.2. La chromatographie127
Chapitre 6 : Méthodes et techniques en analyse sensorielle129
1. L'analyse sensorielle en agroalimentaire
129
1.1. Définition de l'analyse sensorielle129
1.2. Intérêts de l'analyse sensorielle dans l'agroalimentaire129
2. Les bonnes pratiques de l'analyse sensorielle
130
2.1. Définition de la problématique130
2.2. Le jury130
2.3. L'analyste sensoriel131
2.4. Le lieu d'interrogation des dégustateurs131
2.5. Les produits étudiés131
2.6. Méthodologie du choix du test sensoriel133
2.7. Le questionnaire133
2.8. Le traitement des données134
3. Premier cas concret d'épreuve analytique : le test triangulaire
134
4. Deuxième cas concret d'épreuve analytique : le test de classement analytique
137
Partie 3 : Les bases de la sécurité alimentaire143
Chapitre 7 : La sécurité sanitaire des aliments145
1. Définitions et cadre réglementaire
145
1.1. Le paquet hygiène146
1.2. Le plan de maîtrise sanitaire146
1.3. La traçabilité, un outil de gestion de la crise148
1.3.1. Concept148
1.3.2. Historique149
1.3.3. Réglementation149
1.3.4. Vocabulaire149
1.3.5. Mise en place en entreprise150
2. Étude de cas
153
2.1. Contexte153
2.1.1. L'entreprise153
2.1.2. Le diagramme de fabrication153
2.2. Analyse des dangers154
3. Description des différents dangers
157
3.1. Le danger microbiologique157
3.2. Le danger allergène160
3.2.1. L'intolérance alimentaire160
3.2.2. Allergies alimentaires161
3.3. Le danger chimique168
3.4. Le danger physique168
4. Gestion de la crise et responsabilités
171
4.1. Alerte et évaluation de la situation171
4.2. Gestion proprement dite de la situation d'alerte171
4.3. Sortie de la situation d'alerte172
5. Conclusion
173
Chapitre 8 : Une voie biologique de prévention : les vaccins175
1. Qu'est-ce qu'un vaccin ?
175
2. Les différents types de vaccins et leur fabrication
177
2.1. Vaccins classiques179
2.1.1. Les vaccins vivants bactériens et viraux179
2.1.2. Les vaccins inactivés bactériens ou viraux (appelés aussi vaccins tués)180
2.1.3. Les vaccins inactivés détoxifiés (toxines détoxifiées)181
2.2. Les nouveaux vaccins181
2.2.1. Vaccins sous-unitaires obtenus par purification directe de sous-unités virales181
2.2.2. Les produits d'ADN recombinants ou fractions antigéniques élaborées à l'aide du génie génétique184
2.3. Critères de qualité et composition des vaccins187
2.3.1. Caractères recherchés187
2.3.2. Les adjuvants188
2.4. Les vaccins de demain et du futur189
2.4.1. L'avenir proche190
2.4.2. La vaccination par l'ADN190
2.4.3. Des vaccins préventifs aux vaccins thérapeutiques191
2.4.4. Espoirs et prudence191
Bibliographie193
Index197
Table des matières201
Crédits photographiques205