Créé en 1942 au sein de la Faculté de droit, afin de développer l'enseignement du droit pénal général, du droit pénal spécial et de la procédure pénale, l'Institut de droit pénal fut transformé en 1956 en Institut de sciences criminelles par le Professeur R. Vouin afin de développer l'étude de la criminologie et de la science pénitentiaire, orientation poursuivie à partir de 1961 par le Professeur J.-P. Delmas Saint-Hilaire dans le cadre du certificat de sciences criminelles.

A partir de 1995, et sous l'impulsion du Professeur Ph. Conte, l'Institut de sciences criminelles devint une unité de recherche orientée prioritairement vers le droit et la procédure pénale, accueillant le diplôme d'études approfondies de droit pénal et sciences criminelles, et permettant l'éclosion de nombreuses thèses de doctorats en droit, dont celles des professeurs V. Malabat et J.-C. Saint-Pau qui assument, depuis 2004, la direction scientifique de l'Institut.

Depuis 2011, et l'obtention d'une nouvelle habilitation nationale, l'Institut de sciences criminelles et de la Justice est composé de 22 enseignants-chercheurs pénalistes, mais aussi processualistes, historiens et philosophes. Il constitue le centre d'accueil de nombreux doctorants français et étrangers, du master recherche en droit pénal, du master professionnel contentieux judiciaire et du certificat de sciences criminelles. Doté d'une vaste bibliothèque spécialisée (2500 ouvrages), il permet le développement de la recherche individuelle et collective, et de nombreuses publications, selon trois axes : Norme, responsabilité et infraction ; Internationalisation, coopération et droits de l'homme ; Justice, procès et sanction.